PDB-8vpj: UIC-11-BPE extension of UIC-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vpj

タイトル

UIC-11-BPE extension of UIC-1

要素

UIC-11-BPE

キーワード

DE NOVO PROTEIN / synthetic construct

機能・相同性

ACETONITRILE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ganatra, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Diverse Proteomimetic Frameworks via Rational Design of pi-Stacking Peptide Tectons.
著者: Ganatra, P. / Wang, D.F. / Ganatra, V. / Dang, V.T. / Nguyen, A.I.

履歴

登録	2024年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vpj.cif.gz	19.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vpj.ent.gz	11.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vpj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vpj_validation.pdf.gz	408.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vpj_full_validation.pdf.gz	408.4 KB	表示
XML形式データ	8vpj_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	8vpj_validation.cif.gz	2.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/8vpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/8vpj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vogC 8vp7C 8vpcC 8vpdC 8vpeC 8vpsC 8vptC 8vpxC 8vpyC 8vpzC 8vq0C 8vsfC 8vt8C 8vw7C 8vw8C 8vxsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UIC-11-BPE

ヘテロ分子

1.57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.132, 36.182, 8.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.360, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	UIC-11-BPE 分子量: 1530.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル分子量: 41.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃N
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: Acetonitrile, water

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.6199 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→24.3 Å / Num. obs: 2458 / % possible obs: 97.89 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.36 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.44
反射シェル	解像度: 1.5→1.554 Å / Num. unique obs: 234 / CC_1/2: 0.925

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→24.3 Å / SU ML: 0.1615 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 39.9381
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2335	473	9.98 %
R_work	0.217	4265	-
obs	0.22	2458	97.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	92	0	22	3	117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0101	114
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.7865	160
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0568	9
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	18
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	36.6536	31

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.72	0.3685	160	0.3209	1375	X-RAY DIFFRACTION	95.58
1.72-2.16	0.2517	155	0.2476	1478	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.16-24.3	0.2234	158	0.2006	1412	X-RAY DIFFRACTION	97.15

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)