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- PDB-8vou: Human glutathione transferase M1-1 in complex with the adduct bet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vou
タイトルHuman glutathione transferase M1-1 in complex with the adduct between glutathione and nitrooleic acid
要素Glutathione S-transferase Mu 1
キーワードTRANSFERASE/PRODUCT / Complex / Nitroalkene fatty acid / Glutathione / TRANSFERASE / TRANSFERASE-PRODUCT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / Glutathione conjugation / Paracetamol ADME / Azathioprine ADME / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase ...nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / Glutathione conjugation / Paracetamol ADME / Azathioprine ADME / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / xenobiotic catabolic process / intercellular bridge / glutathione metabolic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Mu class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, Mu class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase Mu 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Larrieux, N. / Steglich, M. / Dalla Rizza, J. / Buschiazzo, A. / Turell, L.
資金援助ウルグアイ, 1件
組織認可番号国
Comision Sectorial de Investigacion Cientifica, Universidad de la Republicaウルグアイ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Human glutathione transferases catalyze the reaction between glutathione and nitrooleic acid.
著者: Steglich, M. / Larrieux, N. / Zeida, A. / Dalla Rizza, J. / Salvatore, S.R. / Bonilla, M. / Moller, M.N. / Buschiazzo, A. / Alvarez, B. / Schopfer, F.J. / Turell, L.
履歴
登録2024年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase Mu 1
B: Glutathione S-transferase Mu 1
C: Glutathione S-transferase Mu 1
D: Glutathione S-transferase Mu 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8349
ポリマ－102,9874
非ポリマー2,8465
水1,60389
1
A: Glutathione S-transferase Mu 1
B: Glutathione S-transferase Mu 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7634
ポリマ－51,4942
非ポリマー1,2702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase Mu 1
D: Glutathione S-transferase Mu 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0715
ポリマ－51,4942
非ポリマー1,5773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.383, 84.025, 213.321
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase Mu 1 / GST HB subunit 4 / GST class-mu 1 / GSTM1-1 / GSTM1a-1a / GSTM1b-1b / GTH4


分子量: 25746.842 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTM1, GST1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09488, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-A1AWW / L-gamma-glutamyl-S-[(8R,9S)-1-carboxy-9-nitroheptadecan-8-yl]-L-cysteinylglycine


分子量: 634.782 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H50N4O10S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.1M Hepes-Na pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: VMXi / 波長: 0.7749 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→78.18 Å / Num. obs: 34465 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 41.47 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.417 / Rpim(I) all: 0.122 / Rrim(I) all: 0.436 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 4.479 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1699 / CC1/2: 0.314 / Rpim(I) all: 1.307 / Rrim(I) all: 4.679 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
xia2.multiplexデータ削減
xia2.multiplexデータスケーリング
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.55→78.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.739 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.745 / SU Rfree Blow DPI: 0.271 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.275
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 1028 3.07 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
obs0.1957 33498 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.7123 Å20 Å20 Å2
2--6.0623 Å20 Å2
3---4.65 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→78.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7216 0 192 89 7497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0077620HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8210258HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2771SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1275HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7620HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion925SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5877SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.06
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.57 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4201 19 -
Rwork0.3313 --
obs0.3338 670 87.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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