PDB-8von: Double phenylalanine Apex domain mutant of bacteriophage P2 centr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8von

タイトル

Double phenylalanine Apex domain mutant of bacteriophage P2 central spike protein, membrane-piercing module

要素

Spike protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Membrane-piercing / phage / baseplate / trimer

機能・相同性

機能・相同性情報

virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteriophage P2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Leiman, P.G. / Miller, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Function of the bacteriophage P2 baseplate central spike Apex domain in the infection process.
著者: Miller, J.M. / Knyazhanskaya, E.S. / Buth, S.A. / Prokhorov, N.S. / Leiman, P.G.

履歴

登録	2024年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8von.cif.gz	465.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8von.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8von.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/8von ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/8von	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8volC 8vomC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Spike protein

B: Spike protein

C: Spike protein

D: Spike protein

E: Spike protein

F: Spike protein

ヘテロ分子

72.9 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Spike protein

B: Spike protein

C: Spike protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Spike protein

E: Spike protein

F: Spike protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.570, 49.510, 89.540
Angle α, β, γ (deg.)	106.490, 89.740, 112.340
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Spike protein / Baseplate assembly protein gpV / Gene V protein / GpV 分子量: 12028.461 Da / 分子数: 6 / 変異: H197F, H199F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Disordered C-terminus / 由来: (組換発現) Bacteriophage P2 (ファージ) / 株: Vir1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31340
#2: 化合物	ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE 分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₈₀NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 942 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 26-33% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) aka PEE-797, 100 mM Bis-Tris or MES pH 6.0-6.5 PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月3日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 489332 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.81 % / B_iso Wilson estimate: 10.75 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 13.62
反射シェル	解像度: 1.15→1.18 Å / 冗長度: 4.33 % / Mean I/σ(I) obs: 5.55 / Num. unique obs: 34586 / CC_1/2: 0.96 / R_rim(I) all: 0.267 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.15→34.77 Å / SU ML: 0.0628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 9.5751
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1276	7338	1.5 %
R_work	0.1143	481854	-
obs	0.1145	489192	98.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→34.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4363	0	50	942	5355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0092	4704
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0977	6442
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0997	828
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.023	815
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.2955	751

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.16	0.1405	210	0.1212	14113	X-RAY DIFFRACTION	86.83
1.16-1.17	0.1201	248	0.109	16227	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.17-1.19	0.138	248	0.1068	16185	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.19-1.2	0.1288	247	0.103	16347	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.2-1.22	0.1113	244	0.0998	16027	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.22-1.23	0.1148	252	0.0995	16428	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.23-1.25	0.126	244	0.0967	16048	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.25-1.27	0.1288	250	0.0957	16364	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.27-1.29	0.0978	246	0.093	16109	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.29-1.31	0.1121	246	0.0968	16157	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.31-1.33	0.1339	249	0.0993	16311	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.33-1.36	0.1294	244	0.0977	16012	X-RAY DIFFRACTION	99.05
1.36-1.38	0.0995	244	0.0937	16143	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.38-1.41	0.1102	242	0.0959	15836	X-RAY DIFFRACTION	97.57
1.41-1.44	0.1138	241	0.0922	15938	X-RAY DIFFRACTION	98.13
1.44-1.48	0.1023	248	0.0873	16313	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.48-1.51	0.11	248	0.0841	16328	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.51-1.56	0.1027	248	0.0855	16166	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.56-1.6	0.1145	248	0.0834	16234	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.6-1.65	0.1	248	0.0875	16291	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.65-1.71	0.105	248	0.0899	16242	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.71-1.78	0.1115	245	0.0942	16161	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.78-1.86	0.114	245	0.0994	16216	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.86-1.96	0.1094	248	0.0971	16184	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.96-2.08	0.1119	247	0.0983	16128	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.08-2.24	0.1213	244	0.1074	16030	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.24-2.47	0.1079	238	0.1155	15670	X-RAY DIFFRACTION	96.32
2.47-2.83	0.1472	244	0.1272	15979	X-RAY DIFFRACTION	98.31
2.83-3.56	0.1507	245	0.1321	16035	X-RAY DIFFRACTION	98.38
3.56-34.77	0.1636	239	0.1709	15632	X-RAY DIFFRACTION	96.29

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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