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- PDB-8vol: Apex domain deletion mutant of bacteriophage P2 central spike pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vol
タイトルApex domain deletion mutant of bacteriophage P2 central spike protein, membrane-piercing module
要素Spike protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Membrane-piercing / phage / baseplate / trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phage spike trimer / Phage spike trimer / Phage baseplate assembly protein V/Gp45 / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Spike protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteriophage P2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Leiman, P.G. / Miller, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM139034 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Function of the bacteriophage P2 baseplate central spike Apex domain in the infection process.
著者: Miller, J.M. / Knyazhanskaya, E.S. / Buth, S.A. / Prokhorov, N.S. / Leiman, P.G.
履歴
登録2024年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein
B: Spike protein
C: Spike protein
D: Spike protein
E: Spike protein
F: Spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8807
ポリマ－64,1466
非ポリマー7341
水21,1861176
1
A: Spike protein
B: Spike protein
C: Spike protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0733
ポリマ－32,0733
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19250 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
2
D: Spike protein
E: Spike protein
F: Spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8074
ポリマ－32,0733
非ポリマー7341
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20920 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.520, 49.910, 72.930
Angle α, β, γ (deg.)91.610, 88.250, 111.650
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Spike protein / Baseplate assembly protein gpV / Gene V protein / GpV


分子量: 10691.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Exogenous C-terminal leucine was added by mutagenesis.
由来: (組換発現) Bacteriophage P2 (ファージ) / 株: Vir1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31340
#2: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 26-33% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) aka PEE-797, 100 mM Bis-Tris or MES pH 6.0-6.5
PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.7749 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.9→26.73 Å / Num. obs: 821847 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.33 % / Biso Wilson estimate: 7.29 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 9.69
反射 シェル解像度: 0.9→0.93 Å / 冗長度: 3.15 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 55324 / CC1/2: 0.861 / Rrim(I) all: 0.544 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.9→26.73 Å / SU ML: 0.0611 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 11.8634
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.127 8211 1 %
Rwork0.1163 813076 -
obs0.1164 821287 94.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9→26.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4446 0 50 1176 5672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00764916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07836771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0942874
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0209863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6824820
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.9-0.920.22642420.234524000X-RAY DIFFRACTION83.81
0.92-0.930.1842570.204138201X-RAY DIFFRACTION86.94
0.93-0.940.18852480.19425350X-RAY DIFFRACTION89.07
0.94-0.950.20032650.184626021X-RAY DIFFRACTION90.22
0.95-0.960.16822660.172926228X-RAY DIFFRACTION91.1
0.96-0.970.15282630.161726130X-RAY DIFFRACTION91.43
0.97-0.990.17672630.157526394X-RAY DIFFRACTION91.99
0.99-10.13252680.147326373X-RAY DIFFRACTION92.01
1-1.020.14972670.136126586X-RAY DIFFRACTION92.44
1.02-1.040.13192720.124926699X-RAY DIFFRACTION92.76
1.04-1.050.13522690.117526542X-RAY DIFFRACTION92.66
1.05-1.070.12712740.114126934X-RAY DIFFRACTION93.87
1.07-1.090.12192780.110727414X-RAY DIFFRACTION95.74
1.09-1.120.12812770.102127459X-RAY DIFFRACTION95.1
1.12-1.140.10342730.100127015X-RAY DIFFRACTION94.34
1.14-1.170.10972710.098527084X-RAY DIFFRACTION94.32
1.17-1.20.11562860.096228331X-RAY DIFFRACTION98.39
1.2-1.230.10142860.095128247X-RAY DIFFRACTION98.51
1.23-1.260.11852870.096928235X-RAY DIFFRACTION98.54
1.26-1.310.12162860.096828271X-RAY DIFFRACTION98.4
1.31-1.350.10642870.101128264X-RAY DIFFRACTION98.32
1.35-1.410.10542830.099828052X-RAY DIFFRACTION98.19
1.41-1.470.10382850.100428171X-RAY DIFFRACTION97.91
1.47-1.550.10562840.099528000X-RAY DIFFRACTION97.85
1.55-1.640.11042830.100527983X-RAY DIFFRACTION97.39
1.64-1.770.12122820.105427929X-RAY DIFFRACTION97.19
1.77-1.950.11082680.107526698X-RAY DIFFRACTION93.32
1.95-2.230.11932730.104726967X-RAY DIFFRACTION93.61
2.23-2.810.11732850.115728409X-RAY DIFFRACTION98.94
2.81-26.730.15992830.137128156X-RAY DIFFRACTION98.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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