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万見
- PDB-8voi: HADDOCK models of active human alphaM I-domain bound to the the C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8voi
タイトルHADDOCK models of active human alphaM I-domain bound to the the C-terminal domain of the cytokine pleiotrophin
要素
  • Integrin alpha-M
  • Pleiotrophin
キーワードCELL ADHESION / integrin / Mac-1 / pleiotrophin
機能・相同性
機能・相同性情報


dendrite regeneration / ossification involved in bone remodeling / ectodermal cell differentiation / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / chondroitin sulfate binding / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin ...dendrite regeneration / ossification involved in bone remodeling / ectodermal cell differentiation / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / chondroitin sulfate binding / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / MDK and PTN in ALK signaling / dendrite arborization / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / response to auditory stimulus / complement-mediated synapse pruning / positive regulation of stem cell differentiation / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / positive regulation of axon regeneration / tissue regeneration / positive regulation of leukocyte chemotaxis / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of ossification / positive regulation of hepatocyte proliferation / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / cargo receptor activity / positive regulation of dendrite development / regulation of myelination / regulation of hemopoiesis / negative regulation of neuroblast proliferation / Signaling by ALK / negative regulation of dopamine metabolic process / phagocytosis, engulfment / cell adhesion mediated by integrin / oogenesis / protein phosphatase inhibitor activity / receptor clustering / bone mineralization / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of cell division / decidualization / negative regulation of long-term synaptic potentiation / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / response to mechanical stimulus / Integrin cell surface interactions / positive regulation of bone mineralization / forebrain development / estrous cycle / specific granule membrane / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / molecular function activator activity / positive regulation of superoxide anion generation / cell-matrix adhesion / response to ischemia / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / learning / growth factor activity / microglial cell activation / cell-cell adhesion / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of neuron projection development / Schaffer collateral - CA1 synapse / memory / integrin binding / nervous system development / response to estradiol / heparin binding / amyloid-beta binding / carbohydrate binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / external side of plasma membrane / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pleiotrophin/Midkine heparin-binding growth factor, conserved site / PTN/MK heparin-binding protein family signature 1. / PTN/MK heparin-binding protein family signature 2. / Midkine heparin-binding growth factor / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine disulphide-rich domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain superfamily / PTN/MK heparin-binding protein family, C-terminal domain ...Pleiotrophin/Midkine heparin-binding growth factor, conserved site / PTN/MK heparin-binding protein family signature 1. / PTN/MK heparin-binding protein family signature 2. / Midkine heparin-binding growth factor / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine disulphide-rich domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain superfamily / PTN/MK heparin-binding protein family, C-terminal domain / PTN/MK heparin-binding protein family, N-terminal domain / Pleiotrophin / midkine family / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-M / Pleiotrophin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, X. / Nguyen, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118518 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL063199 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: alpha M I-domain of integrin Mac-1 binds the cytokine pleiotrophin using multiple mechanisms.
著者: Nguyen, H. / Podolnikova, N.P. / Ugarova, T.P. / Wang, X.
履歴
登録2024年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-M
B: Pleiotrophin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6453
ポリマ－27,6212
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-M / CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit ...CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit alpha / Leukocyte adhesion receptor MO1 / Neutrophil adherence receptor


分子量: 21148.152 Da / 分子数: 1 / 断片: I-domain, residues 148-331 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAM, CD11B, CR3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11215
#2: タンパク質 Pleiotrophin / PTN / Heparin-binding brain mitogen / HBBM / Heparin-binding growth factor 8 / HBGF-8 / Heparin- ...PTN / Heparin-binding brain mitogen / HBBM / Heparin-binding growth factor 8 / HBGF-8 / Heparin-binding growth-associated molecule / HB-GAM / Heparin-binding neurite outgrowth-promoting factor / HBNF / Heparin-binding neurite outgrowth-promoting factor 1 / HBNF-1 / Osteoblast-specific factor 1 / OSF-1


分子量: 6472.498 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 90-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTN, HBNF1, NEGF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21246
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic14D 13C-HSQC-NOESY-15N-HMQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HN(COCA)CB
142isotropic13D HN(CA)CB
152isotropic13D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] active human alphaM I-domain, 90% H2O/10% D2OActive alphaM I-domain90% H2O/10% D2O
solution21.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] The C-terminal Domain of Pleiotrophin, 90% H2O/10% D2OThe C-terminal Domain of Pleiotrophin90% H2O/10% D2O
solution31.0 mM The C-terminal Domain of Pleiotrophin, 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] active human alphaM I-domain, 90% H2O/10% D2OActive alphaM I-domain bound to C-terminal domain of pleiotrophin90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMactive human alphaM I-domain[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.0 mMThe C-terminal Domain of Pleiotrophin[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1.0 mMThe C-terminal Domain of Pleiotrophinnatural abundance3
0.2 mMactive human alphaM I-domain[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]3
試料状態イオン強度: 0.1 M / Label: HEPES / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJBruce Johnsonchemical shift assignment
HADDOCKBonvinstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: The Integrin alpha-M starting structure is 1IDO. The Pleiotrophin starting structure is 2N6F.
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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