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- PDB-8voh: HADDOCK models of human alphaM I-domain bound to the the N-termin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8voh
タイトルHADDOCK models of human alphaM I-domain bound to the the N-terminal domain of the cytokine pleiotrophin
要素
  • Integrin alpha-M
  • Pleiotrophin
キーワードCELL ADHESION / integrin / Mac-1 / pleiotrophin
機能・相同性
機能・相同性情報


dendrite regeneration / ossification involved in bone remodeling / ectodermal cell differentiation / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / chondroitin sulfate binding ...dendrite regeneration / ossification involved in bone remodeling / ectodermal cell differentiation / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / chondroitin sulfate binding / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / regulation of stem cell population maintenance / dendrite arborization / MDK and PTN in ALK signaling / positive regulation of stem cell differentiation / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / response to auditory stimulus / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of dopamine metabolic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / tissue regeneration / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of ossification / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of dendrite development / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cargo receptor activity / positive regulation of leukocyte chemotaxis / regulation of myelination / protein phosphatase inhibitor activity / regulation of hemopoiesis / negative regulation of neuroblast proliferation / cell adhesion mediated by integrin / Signaling by ALK / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / phagocytosis, engulfment / oogenesis / positive regulation of axon regeneration / bone mineralization / amyloid-beta clearance / receptor clustering / plasma membrane raft / tertiary granule membrane / positive regulation of cell division / decidualization / negative regulation of long-term synaptic potentiation / estrous cycle / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / positive regulation of bone mineralization / specific granule membrane / response to mechanical stimulus / forebrain development / heat shock protein binding / cell-matrix adhesion / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of superoxide anion generation / learning / molecular function activator activity / response to ischemia / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / growth factor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / regulation of synaptic plasticity / memory / positive regulation of neuron projection development / cell-cell adhesion / integrin binding / response to estradiol / nervous system development / heparin binding / amyloid-beta binding / carbohydrate binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / external side of plasma membrane / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pleiotrophin/Midkine heparin-binding growth factor, conserved site / PTN/MK heparin-binding protein family signature 1. / PTN/MK heparin-binding protein family signature 2. / Midkine heparin-binding growth factor / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine disulphide-rich domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain superfamily / PTN/MK heparin-binding protein family, C-terminal domain ...Pleiotrophin/Midkine heparin-binding growth factor, conserved site / PTN/MK heparin-binding protein family signature 1. / PTN/MK heparin-binding protein family signature 2. / Midkine heparin-binding growth factor / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine disulphide-rich domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain superfamily / PTN/MK heparin-binding protein family, C-terminal domain / PTN/MK heparin-binding protein family, N-terminal domain / Pleiotrophin / midkine family / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-M / Pleiotrophin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, X. / Nguyen, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118518 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL063199 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR structure of alphaM I-domain of integrin Mac-1 in complex with the Cytokine Pleiotrophin
著者: Wang, X. / Nguyen, H.
履歴
登録2024年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-M
B: Pleiotrophin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6702
ポリマ－28,6702
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1370 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area14160 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-M / CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit ...CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit alpha / Leukocyte adhesion receptor MO1 / Neutrophil adherence receptor


分子量: 22238.340 Da / 分子数: 1 / 断片: I-domain, residues 147-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAM, CD11B, CR3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11215
#2: タンパク質 Pleiotrophin / PTN / Heparin-binding brain mitogen / HBBM / Heparin-binding growth factor 8 / HBGF-8 / Heparin- ...PTN / Heparin-binding brain mitogen / HBBM / Heparin-binding growth factor 8 / HBGF-8 / Heparin-binding growth-associated molecule / HB-GAM / Heparin-binding neurite outgrowth-promoting factor / HBNF / Heparin-binding neurite outgrowth-promoting factor 1 / HBNF-1 / Osteoblast-specific factor 1 / OSF-1


分子量: 6431.449 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 33-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTN, HBNF1, NEGF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21246

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D F1-13C-edited/F3-13C,15N-filtered HSQCNOESY
122isotropic13D (H)CCH-TOCSY
133isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.2 mM [U-13C; U-15N] human alphaM I-domain, 1 mM The N-terminal domain of pleiotrophin, 90% H2O/10% D2O13C,15N-alphaM I-domain, unlabeled PTN-NTD90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-13C; U-15N] human alphaM I-domain, 90% H2O/10% D2O13C,15N-alphaM I-domain90% H2O/10% D2O
solution30.5 mM [U-13C; U-15N] The N-terminal domain of pleiotrophin, 90% H2O/10% D2O13C,15N-PTN-NTD90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMhuman alphaM I-domain[U-13C; U-15N]1
1 mMThe N-terminal domain of pleiotrophinnatural abundance1
0.5 mMhuman alphaM I-domain[U-13C; U-15N]2
0.5 mMThe N-terminal domain of pleiotrophin[U-13C; U-15N]3
試料状態イオン強度: 0.1 M / Ionic strength err: 0.01 / Label: HEPES / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJBruce Johnsonchemical shift assignment
HADDOCKBonvinstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: The Integrin alpha-M starting structure is 1JLM. The Pleiotrophin starting structure is 2N6F.
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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