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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vnt | ||||||||||||
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タイトル | Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 1800s | ||||||||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / Intron encoded homing endonuclease I-PpoI / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chang, C. / Gao, Y. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction with 500 uM Mg2+ for 160s 著者: Chang, C. / Gao, Y. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vmoC ![]() 8vmpC ![]() 8vmqC ![]() 8vmrC ![]() 8vmsC ![]() 8vmtC ![]() 8vmuC ![]() 8vmvC ![]() 8vmwC ![]() 8vmxC ![]() 8vmyC ![]() 8vmzC ![]() 8vn0C ![]() 8vn1C ![]() 8vn2C ![]() 8vn3C ![]() 8vn4C ![]() 8vn5C ![]() 8vn6C ![]() 8vn7C ![]() 8vn8C ![]() 8vn9C ![]() 8vnaC ![]() 8vnbC ![]() 8vncC ![]() 8vndC ![]() 8vneC ![]() 8vnfC ![]() 8vngC ![]() 8vnhC ![]() 8vnjC ![]() 8vnkC ![]() 8vnlC ![]() 8vnmC ![]() 8vnnC ![]() 8vnoC ![]() 8vnpC ![]() 8vnqC ![]() 8vnrC ![]() 8vnsC ![]() 8vnuC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 4分子 CDcd
#1: DNA鎖 | 分子量: 3916.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: DNA鎖 | 分子量: 2475.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 17680.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q94702, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-非ポリマー , 4種, 411分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES / PH範囲: 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月26日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1271 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.62→33.02 Å / Num. obs: 165081 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 16.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→33.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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