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- PDB-8vmp: Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vmp
タイトルHoming endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 10s
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
  • Intron-encoded endonuclease I-PpoI
キーワードHYDROLASE / Intron encoded homing endonuclease I-PpoI
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Zinc-binding loop region of homing endonuclease / Homing endonuclease, His-Me finger superfamily / Zinc-binding loop region of homing endonuclease / His-Me finger superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Intron-encoded endonuclease I-PpoI
類似検索 - 構成要素
生物種Physarum polycephalum (真核生物)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Chang, C. / Gao, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR190046 米国
Welch FoundationC-2033-20200401 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008280 米国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Observing one-divalent-metal-ion-dependent and histidine-promoted His-Me family I-PpoI nuclease catalysis in crystallo.
著者: Chang, C. / Zhou, G. / Gao, Y.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Observing one-divalent-metal-ion dependent and histidine-promoted His-Me family I-PpoI nuclease catalysis in crystallo
著者: Chang, C. / Zhou, G. / Gao, Y.
履歴
登録2024年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
A: Intron-encoded endonuclease I-PpoI
B: Intron-encoded endonuclease I-PpoI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,00315
ポリマ－48,2344
非ポリマー76811
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13240 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.580, 113.580, 87.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-741-

HOH

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要素

-
DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 4分子 CDAB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6437.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Intron-encoded endonuclease I-PpoI / I-Ppo


分子量: 17680.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physarum polycephalum (真核生物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q94702, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 4種, 409分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2023年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→42.93 Å / Num. obs: 224615 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 10.01
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.45-1.540.617356340.7690.7031
1.54-1.640.377343650.9120.4251
1.64-1.770.227320630.9640.2561
1.77-1.940.158295100.9780.1791
1.94-2.170.11265090.9870.1241
2.17-2.50.087234780.9910.0981
2.5-3.070.072196610.9940.0811
3.07-4.330.06151100.9950.0681
4.33-42.930.04882850.9960.0541

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→42.93 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1851 5775 5 %
Rwork0.1793 --
obs0.1796 115462 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2490 854 36 398 3778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0675030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9951323
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.460.26831750.23513135X-RAY DIFFRACTION85
1.46-1.480.22182000.22333629X-RAY DIFFRACTION100
1.48-1.50.21321780.21783681X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.520.22151810.20593661X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.540.23111570.21313679X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.560.24471760.20133660X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.580.20182390.1973669X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.60.21872110.19753605X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.630.20431960.17743670X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.660.18662090.17123625X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.690.21822030.17273657X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.720.17111930.16323706X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.17041720.16763666X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.780.21671690.1773643X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.820.1821850.17773725X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.870.16931830.18483697X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.910.19841920.19273678X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.960.20151660.19363669X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.020.19322160.18523671X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.090.16551890.18943677X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.160.2031690.18623719X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.250.21942050.18463646X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.350.19472030.18693676X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.470.21471970.19183687X-RAY DIFFRACTION99
2.47-2.630.18261960.1973672X-RAY DIFFRACTION99
2.63-2.830.18661760.19783710X-RAY DIFFRACTION99
2.83-3.120.2071900.1973680X-RAY DIFFRACTION99
3.12-3.570.16912300.18163650X-RAY DIFFRACTION98
3.57-4.490.15572050.15093690X-RAY DIFFRACTION98
4.5-42.930.15762140.14013754X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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