PDB-8vm1: Structural Elucidation of the Mesothelin Mucin16 CA125 Interaction

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vm1

タイトル

Structural Elucidation of the Mesothelin Mucin16 CA125 Interaction

要素

Mesothelin, cleaved form,Mucin-16

キーワード

CELL ADHESION / linked complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Dectin-2 family / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Rupert, P.B. / Strong, R.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01A\|176563	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P30CA015704	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural elucidation of the mesothelin-mucin-16/CA125 interaction.
著者: Rupert, P.B. / Buerger, M. / Friend, D.J. / Strong, R.K.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vm1.cif.gz	93 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vm1.ent.gz	68.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vm1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/8vm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/8vm1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mesothelin, cleaved form,Mucin-16

ヘテロ分子

22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.203, 73.237, 75.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Mesothelin, cleaved form,Mucin-16 / MUC-16 / Ovarian cancer-related tumor marker CA125 / CA-125 / Ovarian carcinoma antigen CA125

分子量: 21898.006 Da / 分子数: 1
断片: residues 296-359 of mesothelin (Uniprot numbering),SEA 10 domain of mucin-16
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSLN, MPF, MUC16, CA125 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13421, UniProt: Q8WXI7

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris, NH4CL, PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 9868 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 2.697 / Net I/σ(I): 20.9 / Num. measured all: 52276

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.65-2.7	5.8	0.628	480	0.822	0.95	0.283	0.691	1.229	100
2.7-2.74	6.4	0.679	477	0.906	0.975	0.287	0.738	0.866	100
2.74-2.8	6.4	0.497	501	0.911	0.977	0.213	0.542	0.973	99.8
2.8-2.85	6.4	0.434	477	0.919	0.979	0.186	0.473	1.126	100
2.85-2.92	6.3	0.37	488	0.938	0.984	0.161	0.404	1.208	100
2.92-2.98	6.1	0.322	488	0.946	0.986	0.142	0.353	1.664	100
2.98-3.06	6	0.261	489	0.975	0.994	0.117	0.287	1.939	100
3.06-3.14	5.8	0.21	486	0.983	0.996	0.095	0.232	2.315	99.2
3.14-3.23	5.1	0.158	486	0.987	0.997	0.077	0.176	2.653	98.6
3.23-3.34	5.5	0.163	480	0.988	0.997	0.076	0.181	2.909	99.8
3.34-3.46	5.8	0.12	500	0.992	0.998	0.055	0.132	3.265	99.8
3.46-3.6	5.3	0.1	491	0.994	0.998	0.048	0.111	3.697	100
3.6-3.76	4.2	0.071	484	0.99	0.998	0.041	0.083	4.304	97.8
3.76-3.96	4.3	0.074	493	0.994	0.999	0.04	0.084	4.23	97.4
3.96-4.21	4.3	0.062	487	0.995	0.999	0.032	0.07	4.382	99.2
4.21-4.53	4.6	0.054	496	0.996	0.999	0.028	0.062	4.334	98.6
4.53-4.99	4.8	0.05	500	0.996	0.999	0.025	0.057	4.295	98.6
4.99-5.71	4.6	0.051	503	0.996	0.999	0.026	0.057	4.238	98.6
5.71-7.19	4.2	0.051	515	0.995	0.999	0.027	0.058	4.307	98.3
7.19-50	4.2	0.048	547	0.997	0.999	0.026	0.055	4.467	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→33.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 24.55 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.487 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29849	480	5 %	RANDOM
R_work	0.24781	-	-	-
obs	0.25049	9117	98.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.5 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.65→33.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1469	0	67	8	1544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.551	1.72	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.148	1.632	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.057	5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.779	21.974	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.762	15	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.719	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.116	6.668	739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.102	6.665	738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.553	10.003	922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.552	10.005	923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.154	7.496	837
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.153	7.497	837
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.297	11.11	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.323	80.266	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.324	80.242	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.419	46	-
R_work	0.287	656	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0923	1.3831	1.1917	5.0308	-0.1512	2.6244	-0.0119	-0.1626	0.1554	0.6454	0.0511	-0.2135	-0.5653	0.1466	-0.0392	0.2015	-0.0463	-0.0136	0.1083	-0.0194	0.0277	-49.4092	-7.7553	-5.5096
2	3.7173	-1.0715	-0.1289	4.9193	0.6632	3.6602	0.0306	0.0037	0.0854	-0.3521	0.0369	-0.2341	-0.2082	0.2859	-0.0675	0.0751	-0.0608	0.0333	0.0713	-0.0209	0.0182	-23.581	-3.5357	7.8181

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	299 - 361
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	362 - 483

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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