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- PDB-8vlw: TolQ-TolR inner membrane protein complex from Acinetobacter baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vlw
タイトルTolQ-TolR inner membrane protein complex from Acinetobacter baumannii
要素
  • Tol-Pal system protein TolQ
  • Tol-Pal system protein TolR
キーワードMEMBRANE PROTEIN / inner membrane protein complex / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin transport / protein import / transmembrane transporter activity / protein transport / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tol-Pal system, TolQ / Tol-Pal system protein TolR / : / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family
類似検索 - ドメイン・相同性
Tol-Pal system protein TolR / Tol-Pal system protein TolQ
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Guo, Y. / Borek, D. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Structural architecture of TolQ-TolR inner membrane protein complex from opportunistic pathogen .
著者: Elina Karimullina / Yirui Guo / Hanif M Khan / Tabitha Emde / Bradley Quade / Rosa Di Leo / Zbyszek Otwinowski / D Tieleman Peter / Dominika Borek / Alexei Savchenko
要旨: Gram-negative bacteria harness the proton motive force (PMF) within their inner membrane (IM) to uphold the integrity of their cell envelope, an indispensable aspect for both division and survival. ...Gram-negative bacteria harness the proton motive force (PMF) within their inner membrane (IM) to uphold the integrity of their cell envelope, an indispensable aspect for both division and survival. The IM TolQ-TolR complex is the essential part of the Tol-Pal system, serving as a conduit for PMF energy transfer to the outer membrane. Here we present cryo-EM reconstructions of TolQ in apo and TolR- bound forms at atomic resolution. The apo TolQ configuration manifests as a symmetric pentameric pore, featuring a trans-membrane funnel leading towards a cytoplasmic chamber. In contrast, the TolQ-TolR complex assumes a proton non-permeable stance, characterized by the TolQ pentamer's flexure to accommodate the TolR dimer, where two protomers undergo a translation-based relationship. Our structure-guided analysis and simulations support the rotor-stator mechanism of action, wherein the rotation of the TolQ pentamer harmonizes with the TolR protomers' interplay. These findings broaden our mechanistic comprehension of molecular stator units empowering critical functions within the Gram-negative bacterial cell envelope.
TEASER: Apo TolQ and TolQ-TolR structures depict structural rearrangements required for cell envelope organization in bacterial cell division.
履歴
登録2024年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tol-Pal system protein TolQ
E: Tol-Pal system protein TolQ
D: Tol-Pal system protein TolQ
C: Tol-Pal system protein TolQ
B: Tol-Pal system protein TolQ
F: Tol-Pal system protein TolR
G: Tol-Pal system protein TolR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,5077
ポリマ－129,5077
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
32A
42D
53A
63C
74A
84B
95E
105D
116E
126C
137E
147B
158D
168C
179D
189B
1910C
2010B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRVALVALAA8 - 2252 - 219
221THRTHRVALVALEB8 - 2252 - 219
332THRTHRVALVALAA8 - 2252 - 219
442THRTHRVALVALDC8 - 2252 - 219
553SERSERGLYGLYAA7 - 2261 - 220
663SERSERGLYGLYCD7 - 2261 - 220
774THRTHRVALVALAA8 - 2252 - 219
884THRTHRVALVALBE8 - 2252 - 219
995THRTHRGLYGLYEB8 - 2262 - 220
10105THRTHRGLYGLYDC8 - 2262 - 220
11116THRTHRVALVALEB8 - 2252 - 219
12126THRTHRVALVALCD8 - 2252 - 219
13137THRTHRGLYGLYEB8 - 2262 - 220
14147THRTHRGLYGLYBE8 - 2262 - 220
15158THRTHRVALVALDC8 - 2252 - 219
16168THRTHRVALVALCD8 - 2252 - 219
17179THRTHRGLYGLYDC8 - 2262 - 220
18189THRTHRGLYGLYBE8 - 2262 - 220
191910THRTHRVALVALCD8 - 2252 - 219
202010THRTHRVALVALBE8 - 2252 - 219

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12
7Local NCS retraints between domains: 13 14
8Local NCS retraints between domains: 15 16
9Local NCS retraints between domains: 17 18
10Local NCS retraints between domains: 19 20

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要素

#1: タンパク質
Tol-Pal system protein TolQ


分子量: 24112.875 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: tolQ, tolQ_1, tolQ_2, tolQ_4, A0141_RS10830, A7M90_09765, Aba9201_08940, ABR2091_2796, ABUW_0996, APD31_00525, APD33_17580, AUO97_01865, AW828_RS03605, AYR68_13685, B7L45_04995, BAA1790NC_ ...遺伝子: tolQ, tolQ_1, tolQ_2, tolQ_4, A0141_RS10830, A7M90_09765, Aba9201_08940, ABR2091_2796, ABUW_0996, APD31_00525, APD33_17580, AUO97_01865, AW828_RS03605, AYR68_13685, B7L45_04995, BAA1790NC_0859, C2U32_09640, C5U03_03335, CBL15_04350, CSB70_2719, CTZ19_04585, CV951_008080, D3X61_12465, D8O08_005770, DLI71_16240, DOL94_08825, DVA69_12350, E1A86_14605, E1A87_10600, EA686_06225, EA720_015070, EGM95_04675, F2P40_13060, F4T85_01675, F4U07_01760, FD896_04670, FDN00_16055, FE003_04410, FJU42_05940, FJU76_00580, GNY86_14120, GO909_05480, GSE42_15235, GUK62_07315, H0529_00070, HBK86_13640, HBM78_04335, HIN86_04650, I8Q59_19560, IAG11_03545, IHV20_13560, IMO23_13480, ITE13_00470, JHZ39_000281, NCTC13305_03361, NCTC13421_00953, SAMEA104305208_03115, SAMEA104305318_01018, SAMEA104305340_01728, SAMEA104305385_00524, SAMEA4394745_01250
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VAS0
#2: タンパク質・ペプチド Tol-Pal system protein TolR


分子量: 4471.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: tolR, C2U32_09645, JHZ39_000282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I8CU89
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TolQ-TolR inner membrane protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C43(DE3)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224768 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.34→3.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / WRfactor Rwork: 0.396 / SU B: 30.129 / SU ML: 0.455 / Average fsc overall: 0.7004 / Average fsc work: 0.7004 / ESU R: 0.816 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3955 60493 -
all0.396 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.999 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0140.0139268
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0159132
ELECTRON MICROSCOPYr_ext_dist_refined_d0.110.0134145
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.6931.6212548
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.7641.56820928
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.41651168
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg33.28122.482411
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.348151612
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg22.8381543
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1120.21241
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.0210379
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.022139
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.2160.25488
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1920.218734
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.1860.210288
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0840.29324
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.2310.2218
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0850.214
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.2939.8684690
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.2939.8674689
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it4.14314.7925852
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other4.14214.7945853
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it2.09710.3144578
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other2.09710.3144578
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it3.93115.316696
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other3.93115.3116697
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it11.513191.27239928
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other11.514191.25839927
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_10.20.0512446
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_20.2040.0512508
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_30.2150.0512424
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_40.1930.0512590
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_50.2130.0512244
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_60.2020.0512518
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_70.1950.0512504
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_80.2140.0512216
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_90.1940.0512492
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_100.2020.0512326
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.200380.05005
12EELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.200380.05005
23AELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.203730.05005
24DELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.203730.05005
35AELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.214570.05005
36CELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.214570.05005
47AELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.193430.05005
48BELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.193430.05005
59EELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.212610.05005
510DELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.212610.05005
611EELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.201670.05006
612CELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.201670.05006
713EELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.195110.05005
714BELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.195110.05005
815DELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.213790.05005
816CELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.213790.05005
917DELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.194230.05005
918BELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.194230.05005
1019CELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.202010.05005
1020BELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.202010.05005
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
3.36-3.4471.8544541.8544540.1511.85
3.447-3.5421.81243771.81243770.2691.812
3.542-3.6441.37542621.37542620.4221.375
3.644-3.7560.8541070.8541070.5720.85
3.756-3.8790.52439650.52439650.6820.524
3.879-4.0150.40939000.40939000.7540.409
4.015-4.1670.38737340.38737340.790.387
4.167-4.3370.38435830.38435830.8480.384
4.337-4.5290.40134130.40134130.8810.401
4.529-4.750.40733140.40733140.8950.407
4.75-5.0070.39830670.39830670.8980.398
5.007-5.310.36829710.36829710.8910.368
5.31-5.6760.34127820.34127820.8620.341
5.676-6.1290.33525970.33525970.8390.335
6.129-6.7130.35723880.35723880.830.357
6.713-7.5020.35821370.35821370.8180.358
7.502-8.6570.32519170.32519170.8810.325
8.657-10.590.25515890.25515890.9390.255
10.59-14.9220.19512440.19512440.9640.195
14.922-123.4320.3846920.3846920.9760.384

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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