+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vlk | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the yeast cytosine deaminase containing both open and closed active sites | |||||||||
要素 | Cytosine deaminase | |||||||||
キーワード | ANTIFUNGAL PROTEIN / cytosine deaminase / resistance / heterodimer | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytidine metabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity / cytosine deaminase / : / cytosine deaminase activity / UMP salvage / cytosine metabolic process / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Picard, M.-E. / Grenier, J. / Despres, P.C. / Dube, A.K. / Landry, C.R. / Shi, R. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Compensatory mutations potentiate constructive neutral evolution by gene duplication 著者: Despres, P.C. / Dube, A.K. / Picard, M.-E. / Grenier, J. / Shi, R. / Landry, C.R. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vlk.cif.gz | 140.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8vlk.ent.gz | 109.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vlk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/8vlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/8vlk | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8vljC 8vllC 8vlmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17812.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: FCY1, YPR062W, YP9499.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12178, cytosine deaminase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG-4000, cryoprotected by the reservoir solution supplemented with 15% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1.27899 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.27899 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→94.49 Å / Num. obs: 58759 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 387827 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.86 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.883 / Num. measured all: 55282 / Num. unique obs: 8542 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.41 / Rrim(I) all: 1.055 / Net I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→52.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.748 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.805 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.76→52.74 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|