PDB-8vlc: Crystal structure of Zn-dependent hydrolase from Salmonella typhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vlc

タイトル

Crystal structure of Zn-dependent hydrolase from Salmonella typhimurium LT2

要素

HARLDQ motif MBL-fold protein

キーワード

HYDROLASE / Zn dependent hydrolase / putative beta-lactamase / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID

機能・相同性

Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / HARLDQ motif MBL-fold protein

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chang, C. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Zn-dependent hydrolase from Salmonella typhimurium LT2
著者: Chang, C. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2024年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vlc.cif.gz	125.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vlc.ent.gz	96.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vlc_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vlc_full_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示
XML形式データ	8vlc_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	8vlc_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/8vlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/8vlc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSBID-IDP02048

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HARLDQ motif MBL-fold protein

ヘテロ分子

32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.002, 121.002, 35.367
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-567- HOH

#1: タンパク質	HARLDQ motif MBL-fold protein 分子量: 32112.566 Da / 分子数: 1 / 変異: V95G, R249H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: G4J11_004745 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A734HI84
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEGMME 350, Tris-Cl,. PEG600

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 27989 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.9 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.137 / Χ²: 0.971 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 418261

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	4.4	0.834	1361	0.697	0.906	0.388	0.929	0.946	98.8
1.83-1.86	5.5	0.691	1408	0.847	0.958	0.293	0.756	0.981	99.8
1.86-1.9	6.5	0.8	1359	0.878	0.967	0.314	0.863	0.98	99.9
1.9-1.94	8.4	0.82	1383	0.949	0.987	0.288	0.87	0.994	100
1.94-1.98	10.5	0.831	1401	0.971	0.992	0.264	0.873	0.974	100
1.98-2.03	13.7	0.732	1380	0.983	0.996	0.204	0.76	1.015	100
2.03-2.08	14.5	0.615	1389	0.991	0.998	0.166	0.638	0.995	100
2.08-2.13	14.5	0.523	1374	0.991	0.998	0.141	0.542	1.011	100
2.13-2.2	14.9	0.409	1404	0.995	0.999	0.109	0.423	0.999	100
2.2-2.27	15.1	0.407	1383	0.994	0.998	0.107	0.421	1.006	100
2.27-2.35	15.2	0.395	1392	0.995	0.999	0.103	0.408	0.98	100
2.35-2.44	17.7	0.42	1400	0.996	0.999	0.102	0.433	0.957	100
2.44-2.55	19	0.417	1402	0.996	0.999	0.097	0.428	0.965	100
2.55-2.69	19.6	0.399	1402	0.996	0.999	0.092	0.41	0.947	100
2.69-2.86	18.6	0.289	1380	0.997	0.999	0.069	0.297	0.954	100
2.86-3.08	20.8	0.19	1416	0.998	1	0.043	0.195	0.965	100
3.08-3.39	20.3	0.124	1407	0.998	1	0.028	0.127	0.953	100
3.39-3.88	19.3	0.079	1419	0.999	1	0.018	0.081	0.993	100
3.88-4.88	20.5	0.059	1445	0.999	1	0.013	0.06	0.974	100
4.88-50	18.7	0.048	1484	0.999	1	0.011	0.049	0.893	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→39.61 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2162	1422	5.29 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1899	26877	95.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2086	0	17	167	2270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2182
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.829	2968
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.432	799
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	332
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	389

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.86	0.2953	108	0.2656	1736	X-RAY DIFFRACTION	66
1.86-1.94	0.3334	107	0.2508	2476	X-RAY DIFFRACTION	94
1.94-2.02	0.258	172	0.2364	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.13	0.2554	137	0.2153	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.26	0.2555	177	0.212	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.44	0.2588	155	0.2088	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.68	0.2232	129	0.2049	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-3.07	0.2169	155	0.1856	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.87	0.1633	165	0.1644	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-39.61	0.1706	117	0.1485	2808	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0203	1.3473	-0.3095	2.8337	-0.4776	0.9772	0.1259	-0.3099	0.1923	0.2671	-0.0498	0.1446	-0.0976	0.0932	-0.0889	0.2547	-0.1696	0.0788	0.2443	-0.0479	0.1878	-27.172	30.4551	-9.788
2	1.8916	0.0861	0.3262	1.6604	1.5877	2.0502	0.0726	-0.0407	-0.0217	0.0454	0.1834	-0.2424	0.0775	0.3257	-0.1772	0.1563	0.094	-0.0113	0.3651	-0.3591	0.271	0.6604	39.3023	-4.7183
3	0.8391	-0.0275	0.9109	0.5617	0.4578	1.6998	0.0055	-0.0274	-0.0191	-0.0398	0.0732	-0.0852	-0.006	0.1253	-0.0757	0.0669	0.1719	0.0409	0.3946	-0.3426	0.1535	-0.6652	41.5083	2.6957
4	1.1603	-0.318	0.3258	0.116	-0.1106	0.1056	0.0402	-0.0582	-0.189	0.0508	0.1887	-0.1663	0.2416	0.2964	-0.0375	0.1305	0.3682	-0.1184	0.3476	-0.1741	0.2732	-3.4671	34.3174	5.4473
5	1.4431	0.201	1.0647	0.9379	0.2796	2.3675	-0.0243	-0.3406	-0.1422	0.1911	0.2924	-0.1055	0.4031	0.0562	-0.1739	0.162	0.0848	0.0106	0.2177	-0.0354	0.1369	-16.5477	37.3306	6.4667
6	1.4075	0.324	-0.2206	1.4646	0.1782	1.3573	-0.0173	-0.0048	0.1206	-0.0776	0.2949	-0.1233	-0.0069	0.075	-0.0468	0.1097	0.0391	0.0384	0.1492	-0.0792	0.1261	-17.6982	45.2901	-2.3182
7	3.7018	1.1771	0.7024	1.0041	0.1438	0.7867	-0.0253	-0.0436	0.2279	-0.0665	0.1912	-0.1535	-0.2579	0.1946	-0.128	0.172	-0.0154	0.0313	0.143	-0.0703	0.1697	-14.6666	50.9116	-4.4141
8	1.0437	0.566	-0.2418	2.6149	2.5949	3.4913	0.0052	-0.0361	0.0639	-0.0728	0.1923	-0.3029	-0.1291	0.3924	-0.2477	0.2565	-0.1897	0.1179	0.4786	-0.3824	0.338	4.3832	51.8645	-7.8378
9	4.538	4.3679	5.2629	4.6599	4.7903	6.6328	-0.0848	0.22	0.3479	-0.4703	0.1114	0.0884	-0.4653	0.1007	0.0373	0.2993	0.0259	0.0327	0.1311	-0.0027	0.146	-18.5045	51.2441	-13.6127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 56 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 72 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 73 through 124 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 125 through 180 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 181 through 222 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 223 through 251 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 252 through 271 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 272 through 290 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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