PDB-8vl8: Salmonella enterica Typhimurium taxis to serine and repellents (T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vl8

タイトル

Salmonella enterica Typhimurium taxis to serine and repellents (Tsr) ligand-binding domain with L-Ser, pH 7

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / chemoreceptor / chemotaxis / MCP / Tsr

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Glenn, S. / Baylink, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: eLife / 年: 2024
タイトル: Human Serum is a Potent Chemoattractant for Enterobacteriaceae Species Associated with Gastrointestinal Bleeding
著者: Glenn, S. / Gentry-Lear, Z. / Shavlik, M. / Harms, M.J. / Asaki, T.J. / Baylink, A.

履歴

登録	2024年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vl8.cif.gz	355.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vl8.ent.gz	242.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vl8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vl8_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vl8_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8vl8_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	8vl8_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/8vl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/8vl8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3atp 8fyv
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

C: Methyl-accepting chemotaxis protein

D: Methyl-accepting chemotaxis protein

E: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

95.7 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Methyl-accepting chemotaxis protein

D: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

E: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	126.022, 74.771, 128.931
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.140, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 18932.043 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: 14028 / 遺伝子: G0L35_02695 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A707MW50

-
非ポリマー , 5種, 243分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.5 ul protein at 7 mg per ml in 50 mM Tris pH 7.5, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, 0.5 ul of 6 mM L-serine, and 1.5 ul 1.62 M potassium phosphate pH 7 PH範囲: 7-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→62.38 Å / Num. obs: 72723 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.26 Å² / CC_1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 4.7 % / Num. unique obs: 4009 / CC_1/2: 0.568 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→61.5 Å / SU ML: 0.347 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.5126
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2734	2641	3.63 %
R_work	0.2257	70082	-
obs	0.2275	72723	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→61.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5524	0	53	220	5797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0126	5700
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2141	7726
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0515	842
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0107	1021
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.6751	2078

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.55	0.3456	133	0.2947	3686	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.55-2.59	0.3581	147	0.2789	3705	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.59-2.65	0.3731	140	0.2829	3744	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.65-2.7	0.3591	151	0.2891	3699	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.71-2.77	0.3744	125	0.272	3666	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.77-2.84	0.3548	149	0.2672	3688	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.84-2.91	0.2866	123	0.2596	3754	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.91-3	0.3022	156	0.2524	3671	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3-3.1	0.2973	118	0.2405	3711	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.1-3.21	0.3203	162	0.2506	3700	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.21-3.34	0.3131	117	0.244	3687	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.34-3.49	0.2324	148	0.2261	3687	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.49-3.67	0.309	139	0.219	3682	X-RAY DIFFRACTION	99.04
3.67-3.9	0.2464	134	0.2052	3572	X-RAY DIFFRACTION	97.45
3.9-4.2	0.211	145	0.1802	3637	X-RAY DIFFRACTION	97.83
4.2-4.62	0.2175	145	0.1724	3692	X-RAY DIFFRACTION	99.66
4.63-5.29	0.1797	131	0.1782	3716	X-RAY DIFFRACTION	99.74
5.29-6.67	0.238	135	0.2117	3705	X-RAY DIFFRACTION	99.87
6.67-61.5	0.2146	143	0.1894	3680	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.99016769845	0.363574774388	0.369775734581	4.61121039123	-0.471509942181	2.92103353575	-0.258729033066	0.518889869264	0.622443578632	-0.348397776819	0.1296128431	0.110022030277	-0.162395135967	0.313742503894	0.104893234994	0.104499030539	0.00741074127134	-0.0514363893053	0.205544633618	0.0525241163673	0.187913938369	22.9323979656	13.8084659014	45.7169530141
2	2.36617741735	5.19805048333	-3.24156662254	5.64473281818	-2.65907378885	5.26423650436	-0.14197501729	0.947658564485	0.239181341226	-0.196083009513	0.113334071494	-0.0379798613052	-0.0471159274797	0.0568874044444	0.112398857998	0.179650995696	0.125076326614	-0.0478354532741	0.296787022624	-0.00858557737061	0.219072705675	21.4406012851	9.50445750794	39.7678978284
3	4.48649505847	1.84513405873	0.171405527433	1.95992169659	0.743361057774	2.65311100436	-0.428913052253	0.568137843759	0.012943988767	-0.696690874244	0.202128835441	-0.0477193736353	-0.0133250348647	0.449348273999	0.10925999442	0.101234777198	0.0526355642806	-0.016974720919	0.348532191435	0.0452580786479	0.13388059641	33.5775973058	9.32632397977	45.7745569669
4	7.70900271592	5.70389967857	-2.72138060417	6.98643304131	-4.44944106982	6.71520386003	0.403260734966	-0.291748488415	1.08446820392	0.66227749859	-0.229828784755	0.390282487018	-1.49081853788	0.530453237244	-0.0966584520224	0.384744570935	-0.105285199609	-0.0385782977535	0.388250250626	-0.0225914697929	0.31176092745	36.843487309	22.8997210477	50.4937908587
5	2.06034458483	-0.183456383997	-0.053779886721	4.84523371267	-2.22580696832	2.32037430056	-0.167493191223	0.186660582047	0.155101736802	0.240063210308	0.113469412907	-0.517869230406	-0.260580313673	-0.199974758843	-0.00020987120183	0.100064058742	-0.0184419659015	-0.0378158116346	0.178197607527	-0.0129864913687	0.167774479664	20.0492633868	15.5880450715	54.9897920998
6	0.960937853967	0.453927328197	0.0377121670064	8.61723082376	-6.55130756566	5.97562609803	-0.0950734808263	-0.204101987147	0.343294782808	0.743097386675	-0.384765005051	-0.479693660398	-0.945006810916	0.24447761265	0.424951235761	0.247396705208	-0.0333202226227	-0.0954460529522	0.268206003651	-0.0892956603766	0.333364379295	19.8446521219	23.3637394886	60.6429335358
7	2.07678215587	-0.970462863008	0.0496658230471	1.24526976201	1.19530695618	1.8490344683	0.56137216286	0.0365668212835	0.474028741114	0.348791671814	0.306831282191	-0.400058027089	-0.695360310541	0.0369549098281	-0.514342765262	1.35635511274	-0.327215137437	-0.245958892675	0.0369218043321	0.0979380387071	0.945118369827	21.4065762469	43.4671576121	46.6474209251
8	1.30956579145	-0.00816705509172	0.350404291107	7.15151559155	-4.0854360236	3.94217861064	0.0425692172964	-0.363116870963	0.182974763622	0.206124512801	0.00515349972939	0.687920530362	-0.261365825546	-0.201396324524	-0.129660464754	0.10703740129	0.0749535697343	-0.0103941464319	0.260964763624	-0.0600593357968	0.198746295812	9.26045751146	21.6536310844	53.9492812647
9	4.17644217309	0.485347053832	-0.589934936001	7.07372914279	-1.5023453095	4.77484296375	-0.0974026750295	-0.0990576378196	0.291690602215	-0.134980488739	-0.556584724628	-1.17513950339	-1.11945061081	0.879889908618	0.654693707762	0.443947509395	-0.0825257203265	-0.104698076441	0.366570903927	0.105012689641	0.312101173759	19.5685825833	29.9813064052	41.5373887037
10	2.10893262554	0.545319525299	-0.837969836984	1.64867717616	-0.396111201822	3.37474273756	0.133693411544	0.420871474985	-0.0537558466127	-0.267040429548	-0.157607039303	-0.0429363396676	0.436888336306	0.212584695838	0.0190679090303	0.307789729293	0.0749254699721	-0.0938918685965	0.467795624672	0.0400997361415	0.0203511588929	1.08966648006	25.7891799237	27.228399008
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16	9.15586536717	1.09072915305	-6.97649453632	2.8452206108	-1.05749406663	2.10567704087	0.0614687665615	-0.174291914642	0.341587059602	-0.13713761156	0.05179609917	-0.426194004448	-0.00171427303662	0.859499645628	0.0108136856546	0.257495681484	-0.0961276638297	-0.0627573793551	0.467785942368	-0.0147213764879	0.242301340474	12.1079424337	38.6233909317	34.0749945445
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21	2.65123752637	0.488910420681	-0.420523221482	7.03226129363	-7.894661568	8.79500358779	-0.121856809197	-0.21162861285	-0.0877271360593	-0.609772256804	0.48605385823	0.278458948803	0.537432555649	-1.44631763528	-0.440496853905	0.501424137142	0.0142895333352	-0.0687211775044	0.587066401823	-0.00644606360993	0.167580960253	-12.9482887353	36.1743023176	-2.38948451221
22	1.79396739169	-0.71217627496	0.446417952667	1.71129347023	-2.46971475305	3.94090272235	0.135449826639	-0.0543321895626	0.0416953736474	-0.157334706734	-0.0336265396803	0.611789513006	-0.135207160805	-0.547363804461	-0.0972773373193	0.40535540709	0.0666607148482	-0.032323212054	0.553632281113	-0.0342777704011	0.0996679233014	-10.4549968613	36.8533028811	9.01023209904
23	1.5803966761	-0.726893845905	0.599834625063	8.39921922764	-3.09391334326	3.25380812581	0.373813014888	-0.0236720260974	-0.464029862669	-1.65017107712	-0.283870106047	-0.0359819012661	0.627418272784	0.0287655419577	-0.111871395475	0.583860977798	0.0283467225236	-0.112594609241	0.453528274216	0.00122175767222	0.245410393474	-1.33853334605	25.6328724915	10.3477233351

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 42 through 79 )	A	A	42 - 79	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 80 through 109 )	A	A	80 - 109	39 - 68
3	3	chain 'A' and (resid 110 through 155 )	A	A	110 - 155	69 - 114
4	4	chain 'A' and (resid 156 through 201 )	A	A	156 - 181	115 - 140
5	5	chain 'B' and (resid 42 through 86 )	B	B	42 - 86	1 - 45
6	6	chain 'B' and (resid 87 through 110 )	B	B	87 - 110	46 - 69
7	7	chain 'B' and (resid 111 through 118 )	B	B	111 - 118	70 - 77
8	8	chain 'B' and (resid 119 through 155 )	B	B	119 - 155	78 - 114
9	9	chain 'B' and (resid 156 through 201 )	B	B	156 - 181	115 - 140
10	10	chain 'C' and (resid 43 through 79 )	C	C	43 - 79	1 - 37
11	11	chain 'C' and (resid 80 through 110 )	C	C	80 - 110	38 - 68
12	12	chain 'C' and (resid 111 through 118 )	C	C	111 - 118	69 - 76
13	13	chain 'C' and (resid 119 through 155 )	C	C	119 - 155	77 - 113
14	14	chain 'C' and (resid 156 through 201 )	C	C	156 - 181	114 - 139
15	15	chain 'D' and (resid 42 through 86 )	D	D	42 - 86	1 - 45
16	16	chain 'D' and (resid 87 through 110 )	D	D	87 - 110	46 - 69
17	17	chain 'D' and (resid 111 through 118 )	D	D	111 - 118	70 - 77
18	18	chain 'D' and (resid 119 through 201 )	D	D	119 - 181	78 - 140
19	19	chain 'E' and (resid 42 through 78 )	E	E	42 - 78	1 - 37
20	20	chain 'E' and (resid 79 through 86 )	E	E	79 - 86	38 - 45
21	21	chain 'E' and (resid 87 through 110 )	E	E	87 - 110	46 - 69
22	22	chain 'E' and (resid 111 through 155 )	E	E	111 - 155	70 - 114
23	23	chain 'E' and (resid 156 through 201 )	E	E	156 - 180	115 - 139

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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