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- PDB-8vkt: Crystallographic structure of dimetalated DapE from Enterococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vkt
タイトルCrystallographic structure of dimetalated DapE from Enterococcus faecium
要素Probable succinyl-diaminopimelate desuccinylase
キーワードHYDROLASE / DapE / desuccinylase / Metalloenzymes
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-diaminopimelate desuccinylase / succinyl-diaminopimelate desuccinylase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine deformylase/Succinyl-diaminopimelate desuccinylase / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 1. / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / Peptidase M20, dimerisation domain / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable succinyl-diaminopimelate desuccinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.398 Å
データ登録者Gonzalez-Segura, L. / Diaz-Vilchis, A. / Terrazas-Lopez, M. / Diaz-Sanchez, A.G.
資金援助 メキシコ, 3件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)PN-2015-587 メキシコ
Facultad de QuimicaUNAM 5000-9129 メキシコ
Programa de Apoyo a Proyectos de Investigacion e Innovacion Tecnologica (PAPIIT)IN227920 メキシコ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: The three-dimensional structure of DapE from Enterococcus faecium reveals new insights into DapE/ArgE subfamily ligand specificity.
著者: Terrazas-Lopez, M. / Gonzalez-Segura, L. / Diaz-Vilchis, A. / Aguirre-Mendez, K.A. / Lobo-Galo, N. / Martinez-Martinez, A. / Diaz-Sanchez, A.G.
履歴
登録2024年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3586
ポリマ－43,9811
非ポリマー3775
水10,215567
1
A: Probable succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子

A: Probable succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,71712
ポリマ－87,9632
非ポリマー75410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area30270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.822, 44.914, 78.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

21A-1034-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable succinyl-diaminopimelate desuccinylase


分子量: 43981.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: B1P95_14080, GBM44_10270, KT858_002121 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: A0A1S8KJG1, succinyl-diaminopimelate desuccinylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE, 8% PEG4000, PH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0. 97918
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
101
2979181
反射解像度: 1.398→43.7 Å / Num. obs: 84770 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 16.64 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.47 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 10322 / CC1/2: 0.97 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.398→42.372 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1762 4239 5 %
Rwork0.1538 --
obs0.1549 84712 96.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.398→42.372 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2948 0 18 568 3534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0163276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4844482
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5261867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.398-1.41350.27051130.22141916X-RAY DIFFRACTION70
1.4135-1.43010.21431050.2072126X-RAY DIFFRACTION76
1.4301-1.44750.25491210.1962310X-RAY DIFFRACTION83
1.4475-1.46590.22171260.18972416X-RAY DIFFRACTION89
1.4659-1.48510.19561490.18462611X-RAY DIFFRACTION95
1.4851-1.50550.18471410.17652729X-RAY DIFFRACTION98
1.5055-1.5270.20291560.17312714X-RAY DIFFRACTION99
1.527-1.54980.21051400.17192763X-RAY DIFFRACTION98
1.5498-1.5740.21611220.16542693X-RAY DIFFRACTION99
1.574-1.59980.17331490.16642763X-RAY DIFFRACTION99
1.5998-1.62740.21081420.16352729X-RAY DIFFRACTION99
1.6274-1.6570.21061420.16982753X-RAY DIFFRACTION99
1.657-1.68890.17581300.17022723X-RAY DIFFRACTION99
1.6889-1.72330.16241490.16242728X-RAY DIFFRACTION99
1.7233-1.76080.18811370.16432764X-RAY DIFFRACTION99
1.7608-1.80180.18691490.16612776X-RAY DIFFRACTION99
1.8018-1.84680.20121590.16482703X-RAY DIFFRACTION99
1.8468-1.89680.17611420.15612780X-RAY DIFFRACTION99
1.8968-1.95260.18331290.16662806X-RAY DIFFRACTION99
1.9526-2.01560.17171390.15822729X-RAY DIFFRACTION99
2.0156-2.08770.20151440.15142762X-RAY DIFFRACTION99
2.0877-2.17120.18171690.15342759X-RAY DIFFRACTION100
2.1712-2.270.18371640.14762740X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.38970.16421520.1512793X-RAY DIFFRACTION100
2.3897-2.53940.17791520.15592774X-RAY DIFFRACTION99
2.5394-2.73550.20341340.15852758X-RAY DIFFRACTION99
2.7355-3.01070.18791450.15362836X-RAY DIFFRACTION100
3.0107-3.44620.16381440.14822798X-RAY DIFFRACTION100
3.4462-4.34110.1261350.1242836X-RAY DIFFRACTION99
4.3411-100.16451600.15082885X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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