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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vkf | ||||||
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タイトル | The crystal structure of wild-type CYP199A4 bound to 4-propionylbenzoic acid | ||||||
![]() | Cytochrome P450 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / CYP199A4 | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Podgorski, M.N. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of wild-type CYP199A4 bound to 4-propionylbenzoic acid 著者: Podgorski, M.N. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 44587.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 458分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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#3: 化合物 | ChemComp-LVK / 分子量: 178.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.98 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: The crystallization buffer was 100 mM Bis-Tris buffer (adjusted to pH 5.0-5.75 with acetic acid), 0.2 M magnesium acetate and 20-32% PEG 3350 PH範囲: 5.0-5.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月12日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) water-cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→43.04 Å / Num. obs: 36229 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.189 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 234344 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.638 / Num. measured all: 12545 / Num. unique obs: 1906 / CC1/2: 0.67 / Rpim(I) all: 0.689 / Rrim(I) all: 1.781 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.913 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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