PDB-8vkb: Crystal structure of Plasmodium vivax glycylpeptide N-tetradecano...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vkb

タイトル

Crystal structure of Plasmodium vivax glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase (N-myristoyltransferase, NMT) bound to myristoyl-CoA and inhibitor 10b

要素

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme / Inhibitor / Complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Staker, B.L. / Phan, I.Q. / Early, J. / Myler, P.J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI155536	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Exploring Subsite Selectivity within Plasmodium vivax N -Myristoyltransferase Using Pyrazole-Derived Inhibitors.
著者: Rodriguez-Hernandez, D. / Fenwick, M.K. / Zigweid, R. / Sankaran, B. / Myler, P.J. / Sunnerhagen, P. / Kaushansky, A. / Staker, B.L. / Grotli, M.

履歴

登録	2024年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vkb.cif.gz	877.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vkb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vkb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vkb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vkaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

141 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.1 kDa, 1 ポリマー

2

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー

3

C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.366, 119.781, 176.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 分子量: 45100.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア病原虫) 遺伝子: PVX_085815 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5K1A2

-
非ポリマー , 7種, 649分子

#2: 化合物	ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA 分子量: 977.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₆₂N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1AB8 / {1,5-dimethyl-4-[2-({(1P)-1-[2-(piperazin-1-yl)pyridin-4-yl]naphthalen-2-yl}oxy)ethyl]-1H-pyrazol-3-yl}(morpholin-4-yl)methanone 分子量: 540.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₃₆N₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2022年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→48.13 Å / Num. obs: 46174 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.46 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.096 / R_rim(I) all: 0.186 / Χ²: 0.59 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 166469
反射シェル	解像度: 2.43→2.52 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.696 / Num. measured all: 16760 / Num. unique obs: 4540 / CC_1/2: 0.559 / R_pim(I) all: 0.424 / R_rim(I) all: 0.82 / Χ²: 0.56 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.43→48.13 Å / SU ML: 0.2979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5578
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	2347	5.09 %
R_work	0.1849	43794	-
obs	0.1873	46141	98.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→48.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9485	0	380	620	10485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	10345
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.471	14054
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0415	1488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	1741
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5134	3834

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.48	0.2956	157	0.238	2569	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.48-2.53	0.2806	114	0.2355	2569	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.53-2.59	0.286	154	0.2331	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.59-2.66	0.2986	139	0.2438	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.66-2.73	0.2995	140	0.2354	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.73-2.81	0.2915	144	0.223	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.81-2.9	0.2714	128	0.2191	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.9-3	0.3049	123	0.2122	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3-3.12	0.2361	150	0.2016	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.12-3.27	0.247	132	0.1876	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.27-3.44	0.2344	159	0.1761	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.44-3.65	0.2131	137	0.1734	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.05
3.65-3.94	0.2251	129	0.1587	2573	X-RAY DIFFRACTION	97.51
3.94-4.33	0.1626	144	0.1475	2574	X-RAY DIFFRACTION	98.19
4.33-4.96	0.1859	147	0.1326	2559	X-RAY DIFFRACTION	96.95
4.96-6.24	0.1926	138	0.1716	2578	X-RAY DIFFRACTION	95.8
6.24-48.13	0.2382	112	0.1847	2543	X-RAY DIFFRACTION	89.12

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.52348901256	-1.38819076423	-2.05968511701	2.19708165813	3.1587464986	4.90793752772	0.169188597277	-0.442703702853	0.191850191329	-0.0023392287387	0.115846819219	0.0212783823907	-0.21981639755	0.313331258548	-0.284729864821	0.170895555773	-0.0522896345334	-0.0163588834952	0.288287882917	-0.0420889478242	0.327631155025	43.3813844341	33.9796028428	26.0852722698
2	3.94778545249	-0.192678459246	-1.14695113861	1.98525269425	-0.418798815812	2.2545435695	0.105572853266	0.0256312488119	-0.072863133173	-0.176491595368	-0.0348178146361	0.0361230717685	0.325237459466	0.129164499969	-0.0609630706389	0.261924309042	0.0197150639331	-0.0264189040153	0.126901641116	-0.0308399855795	0.219494130292	32.8880386511	13.7939664538	11.2628956644
3	1.2946501628	-1.1587375241	-0.547513812168	2.19265345249	2.24704993741	2.87742956438	0.0855531490398	0.103487238341	0.0317790970491	-0.225814020233	0.0966406022697	-0.294521544116	-0.0400774338686	0.104769264741	-0.15509547682	0.140104504963	-0.017995999467	0.0249479212502	0.196948117292	0.0295529440785	0.196322924787	34.9825146615	20.747208665	8.51310043189
4	2.12962768481	-2.27498083231	0.450145614029	7.63580947911	-0.466279860463	0.114278253902	0.0291338516895	-0.0858311775735	0.169213336865	0.272774686614	-0.149160041398	-0.148545452891	-0.0389717071265	-0.0372181851211	0.108779773557	0.245780620656	0.0267046503004	0.0681568394999	0.188863396297	0.00919349189704	0.170271779595	35.830595918	22.3003821362	18.5525608473
5	3.44488991277	0.179676387373	-2.4002766944	6.35634669696	-3.45088629771	3.9216526303	0.107256926949	0.0986771299126	0.0751747755659	-0.172648340866	-0.0830573716761	-0.0152377234128	0.129532925549	0.115650580719	-0.0158106115428	0.195538999095	-0.030249450228	-0.0523474407306	0.152403092647	-0.0391508006165	0.187092604006	40.6126701674	27.6306098638	14.0543067828
6	0.526604798731	0.548399016838	-0.384841256622	0.68786510083	-0.218683786477	0.601506429648	-0.0729142547305	-0.133543401509	0.00731503409713	0.0336906796157	0.0253530219068	0.0420490465535	0.0481111373408	-0.117237240709	0.040052175645	0.272229288403	0.00742952931527	0.0114149483181	0.223325468107	-0.00226863991054	0.311830680444	9.87561517329	16.6165118288	28.3742219301
7	2.54793576349	-0.375193451676	1.15980250753	1.26465849419	2.41184316754	6.02356943035	-0.0637560657485	0.0981566796903	-0.00227065030952	-0.127324239948	-0.0130424092239	0.0792816443568	-0.343975054058	-0.0251167628781	0.0725593829361	0.192709309781	-0.051125593036	0.0207287457464	0.153963865184	0.0514272124101	0.245974650542	16.7127138645	34.1644038035	12.3327495117
8	2.79492249801	-1.0722718163	-0.535348643382	4.20594224859	1.05659441567	1.84059762726	-0.0533305379906	0.188611168553	-0.0522102064499	0.176147693436	-0.0191446669553	0.232585014547	0.0476039535072	-0.097341032939	0.0556564104799	0.162077555981	-0.0269270585778	-0.0155914453901	0.173785346529	0.0182873469909	0.124527950512	9.7847042997	23.0693951022	21.2405651887
9	8.1919904853	1.69773938825	-2.35780769378	0.627466186899	-0.710959855126	1.60431469102	-0.01636838849	-0.29845666741	0.368611087946	-0.00614939673118	-0.0419431173731	0.12976435233	0.0542169145792	0.0974986286936	0.0581000991505	0.21616822629	-0.023050176314	-0.0332280615138	0.132701001969	0.00622459821776	0.202669905408	26.7192412786	29.2778215465	27.8528729475
10	2.51332551198	-0.642877703498	-2.00092088839	0.472914575393	1.75790958884	6.58550150087	-0.146091152077	-0.0102375920182	0.0142163628168	-0.015665355323	-0.0278666489296	0.0518945089906	0.466163795782	0.0122050984227	0.161676582033	0.195609261418	-0.0260647065983	-0.0479812120976	0.235932490196	-0.0738706105449	0.318460788832	-3.52899397149	42.0449029204	39.7878649544
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 27 through 59 )	A	A	27 - 59	1 - 33
2	2	chain 'A' and (resid 60 through 116 )	A	A	60 - 116	34 - 90
3	3	chain 'A' and (resid 117 through 150 )	A	A	117 - 150	91 - 124
4	4	chain 'A' and (resid 151 through 174 )	A	A	151 - 174	125 - 148
5	5	chain 'A' and (resid 175 through 198 )	A	A	175 - 198	149 - 172
6	6	chain 'A' and (resid 199 through 257 )	A	A	199 - 257	173 - 231
7	7	chain 'A' and (resid 258 through 296 )	A	A	258 - 296	232 - 270
8	8	chain 'A' and (resid 297 through 379 )	A	A	297 - 379	271 - 353
9	9	chain 'A' and (resid 380 through 410 )	A	A	380 - 410	354 - 384
10	10	chain 'B' and (resid 27 through 59 )	B	J	27 - 59	1 - 33
11	11	chain 'B' and (resid 60 through 116 )	B	J	60 - 116	34 - 90
12	12	chain 'B' and (resid 117 through 150 )	B	J	117 - 150	91 - 124
13	13	chain 'B' and (resid 151 through 198 )	B	J	151 - 198	125 - 172
14	14	chain 'B' and (resid 199 through 234 )	B	J	199 - 234	173 - 208
15	15	chain 'B' and (resid 235 through 257 )	B	J	235 - 257	209 - 231
16	16	chain 'B' and (resid 258 through 296 )	B	J	258 - 296	232 - 270
17	17	chain 'B' and (resid 297 through 386 )	B	J	297 - 386	271 - 360
18	18	chain 'B' and (resid 387 through 410 )	B	J	387 - 410	361 - 384
19	19	chain 'C' and (resid 26 through 59 )	C	W	26 - 59	1 - 34
20	20	chain 'C' and (resid 60 through 150 )	C	W	60 - 150	35 - 125
21	21	chain 'C' and (resid 151 through 215 )	C	W	151 - 215	126 - 190
22	22	chain 'C' and (resid 216 through 241 )	C	W	216 - 241	191 - 216
23	23	chain 'C' and (resid 242 through 386 )	C	W	242 - 386	217 - 361
24	24	chain 'C' and (resid 387 through 410 )	C	W	387 - 410	362 - 385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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