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- PDB-8vk9: Structure of UbV.d2.3 in complex with Ube2d2-S22R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vk9
タイトルStructure of UbV.d2.3 in complex with Ube2d2-S22R
要素
  • Ubiquitin variant D2.3
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
キーワードTRANSFERASE / Ubiquitin conjugating enzyme / Ubiquitin variant / E2 enzyme / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Peroxisomal protein import / Regulation of TNFR1 signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / protein modification process / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Middleton, A.J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural and biophysical characterisation of ubiquitin variants that inhibit the ubiquitin conjugating enzyme Ube2d2.
著者: McAlpine, J.M.R.B. / Zhu, J. / Pudjihartono, N. / Teyra, J. / Currie, M.J. / Tillett, Z.D. / Dobson, R.C.J. / Sidhu, S.S. / Day, C.L. / Middleton, A.J.
履歴
登録2024年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
B: Ubiquitin variant D2.3
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
D: Ubiquitin variant D2.3
E: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
F: Ubiquitin variant D2.3
G: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
H: Ubiquitin variant D2.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,90613
ポリマ－110,4468
非ポリマー4605
水6,521362
1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
B: Ubiquitin variant D2.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7043
ポリマ－27,6112
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
D: Ubiquitin variant D2.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7964
ポリマ－27,6112
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
3
E: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
F: Ubiquitin variant D2.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7043
ポリマ－27,6112
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11820 Å2
手法PISA
4
G: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
H: Ubiquitin variant D2.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7043
ポリマ－27,6112
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.850, 56.314, 117.499
Angle α, β, γ (deg.)86.48, 78.47, 60.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 2 / Ubiquitin-protein ligase D2 / p53-regulated ubiquitin-conjugating enzyme 1


分子量: 17188.605 Da / 分子数: 4 / 変異: C21S, S22R, C107S, C111S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Contains an N-terminal linker / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D2, PUBC1, UBC4, UBC5B, UBCH4, UBCH5B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62837, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質
Ubiquitin variant D2.3


分子量: 10422.864 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Contains N-terminal linker. Obtained from phage display.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.2 Å / Num. obs: 80451 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 63.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0528 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 7996 / CC1/2: 0.678 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1-4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→41.2 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2235 4061 5.05 %
Rwork0.1891 --
obs0.1908 80451 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7233 0 30 362 7625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72210103
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2391003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.41891590.36322606X-RAY DIFFRACTION96
2.02-2.050.35781310.32872534X-RAY DIFFRACTION97
2.05-2.070.36041430.31452651X-RAY DIFFRACTION96
2.07-2.10.33261510.30532590X-RAY DIFFRACTION97
2.1-2.130.34581290.27722617X-RAY DIFFRACTION97
2.13-2.160.29751670.25552616X-RAY DIFFRACTION96
2.16-2.190.27081250.24362616X-RAY DIFFRACTION99
2.19-2.220.27351370.23952648X-RAY DIFFRACTION97
2.22-2.260.29881510.23932637X-RAY DIFFRACTION97
2.26-2.30.30261540.23512626X-RAY DIFFRACTION99
2.3-2.340.26111430.2312609X-RAY DIFFRACTION96
2.34-2.390.271480.22682622X-RAY DIFFRACTION99
2.39-2.440.26811660.22352658X-RAY DIFFRACTION97
2.44-2.490.26141440.22782613X-RAY DIFFRACTION98
2.49-2.550.26341230.23222682X-RAY DIFFRACTION97
2.55-2.610.2801940.22522661X-RAY DIFFRACTION99
2.61-2.680.27071430.23022664X-RAY DIFFRACTION97
2.68-2.760.25561160.22372656X-RAY DIFFRACTION99
2.76-2.850.24071390.2142663X-RAY DIFFRACTION97
2.85-2.950.27261440.21762669X-RAY DIFFRACTION98
2.95-3.070.27971470.22172616X-RAY DIFFRACTION99
3.07-3.210.25041510.21342628X-RAY DIFFRACTION98
3.21-3.380.25131420.21162624X-RAY DIFFRACTION97
3.38-3.590.23531220.19272659X-RAY DIFFRACTION97
3.59-3.870.21431320.17432620X-RAY DIFFRACTION97
3.87-4.250.20241660.1532685X-RAY DIFFRACTION99
4.25-4.870.1751530.13442620X-RAY DIFFRACTION98
4.87-6.130.17551160.15422691X-RAY DIFFRACTION98
6.13-41.20.13651250.14922609X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6061-2.0042.00914.2829-0.42264.62150.5103-0.336-0.51950.1925-0.12160.12380.3891-0.2732-0.07380.6790.06470.04270.35370.02380.4512-31.4994-31.6864-34.0816
22.1847-2.32460.49824.6736-0.63482.39670.26020.33010.0709-0.3953-0.4506-0.0696-0.0418-0.13240.01840.65120.05670.03210.3775-0.02610.3599-35.5509-19.3007-37.3316
33.1782-2.62410.00424.5144-0.04842.29370.075-0.06510.11770.1286-0.16740.2126-0.2806-0.2180.04160.59030.07410.02040.3724-0.05960.3944-45.1253-11.2159-33.6384
43.2442-0.8994-0.89723.5779-0.043.51050.24550.5907-0.0958-0.5247-0.2327-0.77480.58470.5142-0.02320.67990.22130.07350.50280.03640.5061-15.9359-38.5443-40.9437
53.0852-1.06680.4671.2606-0.36342.87660.40130.50251.2052-0.4464-0.1548-1.5943-0.90750.61170.11250.95450.27930.40570.9130.31451.1227-9.0925-30.7785-47.9046
62.9048-1.0867-0.51411.0368-1.27683.70650.39310.49650.4209-0.6629-0.1874-0.9718-0.16410.2947-0.08890.66810.11290.19890.57750.15430.8083-14.0485-31.2856-44.1701
72.57230.031-0.17662.46480.34946.1640.0056-0.04680.34310.71190.1106-0.5839-0.05190.99440.01330.4916-0.1693-0.03420.3708-0.01090.4635-20.8978-16.4905-2.0167
81.64541.07890.20643.424-0.52693.0978-0.0343-0.0139-0.1314-0.01920.07860.08160.0839-0.0716-0.01220.2754-0.06890.00930.32130.01840.359-29.9079-28.1937-7.9912
91.43520.162-0.01521.2511-0.20672.29410.1077-0.0533-0.32960.1273-0.0817-0.20390.36130.076-0.04620.3305-0.07230.00190.3710.03190.4164-27.4009-37.607-2.5635
101.0215-0.78520.98374.01711.6894.56970.2601-0.2914-1.52830.2765-0.29850.44090.8042-0.2039-0.07140.6566-0.1639-0.06870.4230.08530.6848-36.3666-52.6381-6.0795
111.8538-0.76610.70624.1658-0.77032.6059-0.20890.694-0.0571-1.32140.20130.32850.2827-0.0756-0.14280.5927-0.1649-0.05370.3797-0.02660.5101-38.5504-44.7413-16.8212
123.2918-0.5232-0.45172.78821.00713.8262-0.04280.25250.37380.72160.0432-0.1938-0.0724-0.01620.14020.7524-0.1307-0.05420.2943-0.04120.4995-24.1283-8.5658-3.2374
131.9011-1.37150.58291.71031.00863.0739-0.2168-0.56791.49811.9693-0.0207-0.568-1.83180.6906-0.97171.3271-0.2522-0.150.1565-0.09550.6625-24.03090.8081-2.7571
143.06770.92580.66550.68890.05762.7738-0.12530.60951.03780.67040.17920.31-1.45850.42620.17010.7377-0.0228-0.02020.2620.09820.6218-26.45983.638-13.0809
152.12350.0780.50853.39950.13632.32240.25630.42550.2776-0.00530.76560.769-1.6834-1.0810.31721.21750.19910.2850.5380.14861.0807-37.15910.8065-5.6327
164.9609-3.50.69913.7799-0.08030.20910.0858-0.77230.88931.12820.34750.7071-1.1763-1.09940.34721.02140.20620.34770.591-0.06790.8517-35.6237-4.31041.3004
175.24812.561-1.71346.1724-4.08172.78270.00010.22760.60730.57540.73851.6503-0.5182-0.61460.03080.5428-0.0542-0.03910.34620.04260.6522-30.4585-2.6631-13.3117
184.0216-1.49541.0813.3214-0.25273.9121-0.12860.3473-0.1995-0.21240.05250.03160.26530.4391-0.02230.40430.01040.02250.51020.00040.4731-14.5074-35.366621.9789
193.5313-0.4580.83751.1293-0.533.0685-0.2209-0.10850.17580.20320.20290.0607-0.145-0.1717-0.01560.35650.00710.02260.45660.02540.3613-27.0695-31.412919.933
202.56420.25170.66551.392-0.01693.22360.0211-0.52430.47530.8720.31120.0184-0.54130.0578-0.06510.4147-0.01640.10090.70810.05160.496-38.8873-30.523722.8309
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222.53750.19290.6821.3154-0.86451.374-0.2744-0.5525-0.3330.25420.38430.36840.2195-0.537-0.08840.3862-0.03890.07580.68470.10570.4624-40.2479-38.698924.1604
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292.94761.24291.22122.7064-1.67055.3499-0.4273-1.25782.06680.83290.0357-0.1234-1.1184-0.47910.14360.48760.0092-0.13240.57880.0271.1289-9.9969-16.062424.2498
304.88460.8824-0.39325.1244-1.33865.8101-0.14410.69351.1583-0.9734-0.4543-0.328-0.24690.45490.09040.5423-0.0655-0.05220.63890.28340.7648-3.6721-22.24528.9324
311.7418-1.2979-0.12642.94830.80463.8197-0.4486-0.79160.47570.4960.6481-0.139-0.1982-0.0041-0.03020.68780.247-0.05740.6967-0.10030.4454-23.5058-28.978950.3391
321.15360.59110.34513.13810.49292.8924-0.4257-0.39090.50120.83880.4927-0.2101-0.1878-0.252-0.24930.63770.3878-0.06390.6876-0.09440.3023-17.1698-37.887450.98
337.2014-0.1831-1.1541.75221.88942.402-0.9752-0.3229-1.30421.44921.06240.52440.78020.13940.08580.72540.35330.00280.70530.07980.3923-17.3121-46.762848.6951
343.1953-1.9282-0.50423.26530.45235.0586-0.2438-1.1553-1.15160.94920.53780.04790.6026-0.2161-0.0480.82580.2869-0.02450.86630.050.4835-14.1171-48.915252.827
350.17820.16760.18770.99240.14210.3363-0.3707-0.8750.2131.04850.2174-0.23140.0564-0.0323-1.24981.19550.622-0.35291.1562-0.39280.5647-13.0482-35.343261.459
362.5164-0.6121-0.52840.4254-0.67082.256-1.0245-1.3780.48571.40411.0489-1.16740.2460.37140.31780.83850.3156-0.28010.9752-0.19260.6294-8.4211-40.544753.0795
374.5443-0.653-0.77733.37551.80550.9970.1027-0.7158-0.80681.3410.4719-0.6320.88080.26370.16690.85250.477-0.25150.967-0.08880.7157-2.1123-55.492352.2696
383.7529-2.01121.72272.712-1.08313.41450.12261.0514-0.316-0.8474-0.04510.03750.2810.5362-0.03160.71050.2433-0.05850.6797-0.18040.5723-7.841-52.017840.3818
390.98940.7756-0.13581.35540.69451.3943-1.0702-1.04250.81380.87771.11460.4805-0.8466-0.9537-0.46560.82220.67360.08551.1097-0.04360.64-39.7029-19.225250.6575
401.09531.36130.18832.733-0.66921.9539-0.2656-0.4275-0.8419-0.11250.20720.5679-0.0182-0.6955-0.15750.66220.1950.0541.01990.23691.0134-44.2762-29.142144.0561
411.72080.0326-0.62040.96040.87181.5985-0.5736-0.9503-0.60670.10890.54940.88570.0893-0.3307-0.1850.70570.26710.16350.95650.19030.8465-44.5688-26.688448.8785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 74 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 147 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 45 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 46 through 56 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 57 through 72 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid -3 through 15 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 16 through 74 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 75 through 120 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 121 through 130 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 131 through 147 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid -3 through 12 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 13 through 34 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 35 through 44 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 45 through 56 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 57 through 65 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 66 through 72 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid -2 through 24 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 25 through 74 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 75 through 84 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 85 through 98 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 99 through 130 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 131 through 147 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid -1 through 17 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 18 through 22 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 23 through 44 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 45 through 49 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 50 through 59 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 60 through 65 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 66 through 73 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid -1 through 38 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 39 through 65 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 66 through 74 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 75 through 84 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 85 through 98 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 99 through 120 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 121 through 130 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 131 through 147 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid -2 through 40 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 41 through 49 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 50 through 72 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る