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万見
- PDB-8vk5: Human Sputum Leucocyte Elastase (uncomplexed) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vk5
タイトルHuman Sputum Leucocyte Elastase (uncomplexed)
要素Neutrophil elastase
キーワードHYDROLASE / uncomplexed
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production ...leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of chemokine production / Antimicrobial peptides / pyroptotic inflammatory response / Activation of Matrix Metalloproteinases / cytokine binding / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Collagen degradation / extracellular matrix disassembly / Pyroptosis / phagocytosis / positive regulation of MAP kinase activity / response to UV / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / transcription repressor complex / secretory granule / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / protein catabolic process / positive regulation of immune response / negative regulation of inflammatory response / specific granule lumen / intracellular calcium ion homeostasis / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / peptidase activity / heparin binding / protease binding / : / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil elastase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Xu, J. / Rajasekaran, G. / Li, S. / Chen, L. / Camarero, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM113636 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM132072 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Sputum Leucocyte Elastase (uncomplexed)
著者: Rajasekaran, G. / Xu, J. / Li, S. / Chen, L. / Camarero, J.A.
履歴
登録2024年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Neutrophil elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2573
ポリマ－23,3191
非ポリマー9382
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.570, 73.570, 70.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-622-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Neutrophil elastase / Bone marrow serine protease / Elastase-2 / Human leukocyte elastase / HLE / Medullasin / PMN elastase


分子量: 23318.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08246, leukocyte elastase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→35.23 Å / Num. obs: 40278 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 10.59 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 12.67
反射 シェル解像度: 1.56→1.616 Å / 冗長度: 13.1 % / Num. unique obs: 3078 / CC1/2: 0.971 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1-4487モデル構築
PHENIX1.20.1-4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→35.23 Å / SU ML: 0.0942 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 14.6338
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1586 2005 6.5 %
Rwork0.1405 28851 -
obs0.1417 30856 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→35.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 62 332 2030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01311755
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1512392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0137311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2486643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.60.16591440.1422066X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.640.17091390.13712030X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.690.18131450.13872042X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.750.16751390.13832066X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.810.1631410.13622057X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.880.18551440.13282046X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.970.14651450.12722064X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.070.13441480.12862053X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.20.14921360.1312051X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.370.16311430.13012081X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.610.15851440.13292058X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.980.17191470.14932058X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.750.13871520.14242066X-RAY DIFFRACTION100
3.76-35.230.16711380.16022113X-RAY DIFFRACTION99.43
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2892057698-0.430916015684-0.4908760030011.310596297260.09712795280862.01551210912-0.0007257498743170.00904924881819-0.009107845604490.00537463664751-0.0170498367739-0.1868982879860.05242828492290.2084816019780.02270179676510.05774385126410.00506863118965-0.01708336093760.0480747631491-0.004267778378360.0812646017675-26.34908141270.511434403754-0.639470723622
21.83877521641-0.317286840469-0.1136813462072.73363903568-0.3642943347792.24997023508-0.0162356879349-0.3277785282920.05334606929280.1131662421240.0328390175269-0.5222968903740.2556011801890.7823388475470.1836045937310.09528694921190.0333686264768-0.05583796808220.156292783239-0.03385904866330.22259392039-17.8779468283-0.5291140516313.70769116005
32.18030716157-0.7065326316371.02061615042.112099975-0.5064212468682.23412485909-0.01629912118770.1724748667890.0205658999853-0.110394338643-0.0525009216896-0.2675566956040.04364510741590.2108297296360.06140326122710.09699159438440.01268838755020.02527271818970.0502355922796-0.02091607683340.0861858611231-26.1119889459-2.91013129087-9.3325674663
40.962227828134-0.398863646193-0.7138806763840.5722298797780.9190527253421.85885882201-0.1054135008630.213200463591-0.102008758034-0.0308931186427-0.0953486744460.1876101888630.14225974825-0.4029629743920.1855358120150.110341721565-0.0381719643377-0.003632787096370.132848567676-0.0202144616820.101121627523-44.024493397-4.36068593045-3.43194222019
52.506959345120.0566177155713-0.1620558772271.97276508643-0.3589416449591.47244512579-0.051563303268-0.03670929179330.258398773720.0871551473676-0.04829131453230.00610641812994-0.15536503892-0.1195881075720.07204517067810.07896667605110.0132513589124-0.0007003253202910.0194865425758-0.0106450082260.061513048785-38.48865601256.164882485282.53175190477
61.61675517021-0.691962300115-0.3603479349964.161700930210.5033111086073.238589512310.04040432944220.001153130133260.1889062728650.0717770669508-0.01487971067780.169347031803-0.121566308317-0.33272335124-0.03172481574510.04242523497870.00651911518092-0.01917929076320.0646267312984-0.002898615804240.0433640129457-39.19573784228.05325524034.74185447373
70.674682269361-0.0649695095022-0.3156050759280.4085687487810.5936205122382.138190434140.03314628992160.0956623223781-0.00886572823822-0.0967602736825-0.04819988054240.01883135706450.0684819832449-0.09134445188690.02244564046520.0603643496449-0.000223980251333-0.005569550638150.0474318996608-0.001213655865890.0539677003054-38.15507090070.320884641941-6.6121747004
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: E / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 1 through 47 )1 - 471 - 47
22chain 'E' and (resid 48 through 67 )48 - 6748 - 67
33chain 'E' and (resid 68 through 109 )68 - 10968 - 109
44chain 'E' and (resid 110 through 126 )110 - 126110 - 126
55chain 'E' and (resid 127 through 160 )127 - 160127 - 160
66chain 'E' and (resid 161 through 175 )161 - 175161 - 175
77chain 'E' and (resid 176 through 218 )176 - 218176 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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