PDB-8vk2: X-ray crystal structure of human IgE 4C8 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vk2

タイトル

X-ray crystal structure of human IgE 4C8 Fab

要素

IgE 4C8 heavy chain
IgE 4C8 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IgE antibody / human immune system / human IgE antibody / anti Der p 2 antibody / IgE against dust mite

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.508 Å

データ登録者

Khatri, K. / Ball, A. / Smith, S.A. / Champan, M.D. / Pomes, A. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of human IgE monoclonal antibody epitopes on dust mite allergen Der p 2.
著者: Ball, A. / Khatri, K. / Glesner, J. / Vailes, L.D. / Wunschmann, S. / Gabel, S.A. / Mueller, G.A. / Zhang, J. / Peebles Jr., R.S. / Chapman, M.D. / Smith, S.A. / Chruszcz, M. / Pomes, A.

履歴

登録	2024年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vk2.cif.gz	424.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vk2.ent.gz	270.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vk2_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vk2_full_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示
XML形式データ	8vk2_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	8vk2_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vk1C 7mlhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

E: IgE 4C8 light chain

B: IgE 4C8 light chain

C: IgE 4C8 heavy chain

F: IgE 4C8 heavy chain

93.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: IgE 4C8 light chain

F: IgE 4C8 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: IgE 4C8 light chain

C: IgE 4C8 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.009, 80.664, 164.807
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	E
2	1	E
3	2	E
4	2	E

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	THR	THR	E	A	1 - 209	1 - 209
2	1	1	SER	SER	THR	THR	B	B	1 - 209	1 - 209
3	2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	1 - 222	1 - 222
4	2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	F	D	1 - 222	1 - 222

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: 抗体	IgE 4C8 light chain 分子量: 22562.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	IgE 4C8 heavy chain 分子量: 24374.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.1 M sodium formate, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→39.207 Å / Num. obs: 29122 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.158 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.171 / R_sym value: 0.158 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1423 / CC_1/2: 0.819 / CC star: 0.949 / R_pim(I) all: 0.307 / R_rim(I) all: 0.773 / R_sym value: 0.708 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 7MLH

7mlh

解像度: 2.508→39.207 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 27.653 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.961 / ESU R Free: 0.305 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	1465	5.04 %
R_work	0.1978	27603	-
all	0.2	-	-
obs	-	29068	99.818 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.385 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.485 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.508→39.207 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6247	0	0	190	6437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.011	6423
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.22	1.657	8789
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.417	1.569	13426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.665	5	851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.549	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.31	10	932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.465	10	224
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	855
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	5249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3214
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.307	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.036	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.547	3.613	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.541	3.614	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.031	6.486	4263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.032	6.487	4264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.995	3.848	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.994	3.849	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.714	6.953	4526
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.714	6.954	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.924	44.498	25936
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.917	44.455	25889
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.103	0.05	6066
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.106	0.05	6140

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10301	0.05009
1	2	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10301	0.05009
2	3	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10596	0.05009
2	4	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10596	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.508-2.572	0.342	90	0.3	1984	0.302	2095	0.92	0.95	98.9976	0.269
2.572-2.643	0.333	109	0.268	1944	0.271	2053	0.923	0.961	100	0.24
2.643-2.719	0.303	101	0.248	1907	0.251	2008	0.942	0.964	100	0.216
2.719-2.802	0.314	103	0.25	1845	0.253	1949	0.939	0.961	99.9487	0.221
2.802-2.894	0.34	81	0.248	1807	0.253	1888	0.922	0.961	100	0.22
2.894-2.995	0.319	82	0.233	1769	0.236	1852	0.93	0.965	99.946	0.204
2.995-3.107	0.277	89	0.222	1673	0.225	1762	0.954	0.97	100	0.196
3.107-3.233	0.292	78	0.225	1616	0.228	1694	0.948	0.97	100	0.201
3.233-3.376	0.263	68	0.204	1567	0.206	1635	0.958	0.976	100	0.185
3.376-3.539	0.23	103	0.195	1472	0.197	1575	0.971	0.978	100	0.177
3.539-3.729	0.25	77	0.181	1418	0.184	1495	0.959	0.981	100	0.164
3.729-3.953	0.233	78	0.174	1352	0.177	1431	0.972	0.982	99.9301	0.162
3.953-4.223	0.233	71	0.15	1277	0.154	1348	0.965	0.987	100	0.142
4.223-4.557	0.164	63	0.143	1173	0.145	1241	0.983	0.987	99.5971	0.138
4.557-4.985	0.18	71	0.144	1100	0.146	1171	0.983	0.988	100	0.138
4.985-5.562	0.215	59	0.16	1011	0.163	1071	0.967	0.986	99.9066	0.156
5.562-6.401	0.218	46	0.195	900	0.197	946	0.974	0.977	100	0.186
6.401-7.788	0.223	38	0.198	783	0.199	823	0.968	0.975	99.757	0.196
7.788-10.802	0.227	35	0.189	610	0.191	651	0.964	0.982	99.0783	0.193
10.802-39.207	0.302	23	0.312	395	0.312	421	0.958	0.948	99.2874	0.315

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5336	-0.1009	0.6865	1.9126	1.1528	3.9345	0.2646	-0.1441	-0.1322	0.0017	-0.184	0.0982	-0.1762	-0.3004	-0.0807	0.2051	0.0977	-0.0391	0.7782	-0.0477	0.0235	-21.328	30.583	-20.449
2	2.9167	-2.029	1.58	1.6445	-0.6451	1.7826	0.0382	0.1309	-0.1056	0.0152	-0.0628	0.1068	0.1086	-0.0143	0.0246	0.166	0.0039	0.0105	0.6103	0.0176	0.0554	4.953	13.053	-32.328
3	3.5709	-0.5263	0.6941	1.9194	-0.7648	5.0404	0.1535	-0.1483	-0.366	-0.1281	-0.0427	-0.0155	0.1761	0.0199	-0.1108	0.0799	-0.0498	-0.0272	0.6205	0.129	0.0619	21.475	32.191	-65.932
4	6.1391	2.0121	2.8701	1.9474	0.7374	3.5665	0.2149	0.0925	-0.4013	-0.0738	-0.1585	-0.16	0.6594	0.2158	-0.0564	0.2584	0.0731	0.0276	0.5409	-0.0101	0.0499	-6.739	13.843	-55.686
5	5.7093	1.6472	-1.2873	0.9346	-1.3711	2.53	-0.0311	0.0484	-0.1174	-0.1272	-0.0085	-0.0445	0.1921	-0.0878	0.0396	0.1577	0.0235	0.015	0.5823	0.0122	0.0047	8.029	37.663	-82.1
6	2.408	-0.4389	-0.3259	0.6518	-0.7984	5.6289	-0.1723	0.2282	0.0362	-0.0703	-0.0853	0.0485	0.0865	-0.1786	0.2576	0.204	-0.035	-0.0238	0.6971	-0.0083	0.0338	-18.239	25.899	-56.868
7	3.383	-0.6432	0.2937	1.8003	0.8498	3.1382	0.1231	-0.2169	-0.0464	0.1121	-0.1474	-0.0641	0.0072	-0.3843	0.0242	0.1853	-0.0111	-0.0278	0.725	-0.0437	0.011	-7.626	33.858	-3.854
8	2.4505	-0.7242	0.6886	1.5866	-1.7844	7.9126	-0.2488	0.1025	0.4477	0.1885	-0.2293	-0.3547	-0.0883	0.4544	0.4781	0.0666	-0.0176	-0.0426	0.563	0.1108	0.1563	18.275	23.111	-30.409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	1 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	E	102 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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