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- PDB-8vj1: Structure of C-terminal domain of telomere resolvase, ResT, from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vj1
タイトルStructure of C-terminal domain of telomere resolvase, ResT, from Borrelia garinii
要素Telomere resolvase ResT
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Telomere resolvase / DNA-binding / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性Telomere resolvase ResT / Telomere resolvase ResT superfamily / Telomere resolvase ResT/TelK catalytic domain / Telomere resolvase ResT
機能・相同性情報
生物種Borreliella garinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Semper, C. / Savchenko, A. / Watanabe, N. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structure analysis of the telomere resolvase from the Lyme disease spirochete Borrelia garinii reveals functional divergence of its C-terminal domain.
著者: Semper, C. / Watanabe, N. / Karimullina, E. / Patel, D.T. / Di Leo, R. / Castellanos, M. / Patel, D.H. / Chaconas, G. / Savchenko, A.
履歴
登録2024年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomere resolvase ResT
B: Telomere resolvase ResT
C: Telomere resolvase ResT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0093
ポリマ－28,0093
非ポリマー00
水91951
1
A: Telomere resolvase ResT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3361
ポリマ－9,3361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Telomere resolvase ResT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3361
ポリマ－9,3361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Telomere resolvase ResT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3361
ポリマ－9,3361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.583, 114.583, 114.583
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Space group name HallP4acd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+3/4,-z+3/4,y+1/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+3/4,y+1/4,x+3/4
#6: -y+3/4,x+1/4,z+3/4
#7: y+3/4,-x+3/4,z+1/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+3/4,-y+3/4,x+1/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+3/4,z+1/4,y+3/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-110-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Telomere resolvase ResT


分子量: 9336.498 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella garinii (バクテリア)
遺伝子: BGAPBR_B0003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8F151
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.8M sodium citrate, 0.1M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 12747 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 104.8 % / Biso Wilson estimate: 27.23 Å2 / CC1/2: 0.902 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Num. unique obs: 628 / CC1/2: 0.947

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.26→40.51 Å / SU ML: 0.2739 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 24.6773 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 1991 10.1 %
Rwork0.1876 17719 -
obs0.1935 11356 86.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→40.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1872 0 0 51 1923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00771896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8542551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.75051163
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.310.382830.201635X-RAY DIFFRACTION2.28
2.31-2.380.3015580.2181519X-RAY DIFFRACTION35.82
2.38-2.450.28091360.19681189X-RAY DIFFRACTION80.94
2.45-2.530.24421610.20171457X-RAY DIFFRACTION99.32
2.53-2.620.29121680.20521452X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.720.23451680.20241460X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.850.30241620.1931474X-RAY DIFFRACTION100
2.85-30.23491690.17991459X-RAY DIFFRACTION99.88
3-3.180.24081650.1921469X-RAY DIFFRACTION99.94
3.18-3.430.2311690.18461452X-RAY DIFFRACTION99.75
3.43-3.770.23751660.1651446X-RAY DIFFRACTION99.51
3.77-4.320.2441560.16881471X-RAY DIFFRACTION99.57
4.32-5.440.21341620.16731445X-RAY DIFFRACTION98.47
5.44-40.510.26431480.23021391X-RAY DIFFRACTION93.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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