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- PDB-8viq: Crystal structure of the N-terminal domain of fatty acid kinase A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8viq
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of fatty acid kinase A (FakA) from Staphylococcus aureus (Mg and AMP-PNP)
要素FATTY ACID KINASE A
キーワードLIGASE / Fatty Acid Kinase A / Staphylococcus aureus / MRSA / proline isomerization / fatty acid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerone kinase activity / glycerol metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Fatty acid kinase subunit A-like, middle domain / DAK2 domain-containing protein YloV / Uncharacterised protein, DhaK domain / Fatty acid kinase subunit A-like, C-terminal / Dak1_2 / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. ...: / Fatty acid kinase subunit A-like, middle domain / DAK2 domain-containing protein YloV / Uncharacterised protein, DhaK domain / Fatty acid kinase subunit A-like, C-terminal / Dak1_2 / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. / Dak2 / :
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Uncharacterized protein SAOUHSC_01193
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Bose, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Molecular insights into the structure and function of the Staphylococcus aureus fatty acid kinase.
著者: Myers, M.J. / Xu, Z. / Ryan, B.J. / DeMars, Z.R. / Ridder, M.J. / Johnson, D.K. / Krute, C.N. / Flynn, T.S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Schnicker, N. / Lovell, S. / Freudenthal, B.D. / Bose, J.L.
履歴
登録2024年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID KINASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3714
ポリマ－24,8161
非ポリマー5553
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.728, 56.433, 81.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FATTY ACID KINASE A


分子量: 24816.246 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (M1-A212) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAOUHSC_01193 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2FZ58
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Proplex D9: 15% (w/v) PEG 6000, 100 mM MES pH 6.5, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, Cryo: 85% crystallization solution and 15% (v/v) MPD, 2.5 mM MgCl2 and 2.5 mM AMP-PNP added to the ...詳細: Proplex D9: 15% (w/v) PEG 6000, 100 mM MES pH 6.5, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, Cryo: 85% crystallization solution and 15% (v/v) MPD, 2.5 mM MgCl2 and 2.5 mM AMP-PNP added to the protein prior to crystallization.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月30日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→46.45 Å / Num. obs: 81027 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 512550
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.133 / Num. measured all: 24635 / Num. unique obs: 3948 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.492 / Rrim(I) all: 1.237 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15_3460: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→34.065 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 12.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1417 3958 4.89 %
Rwork0.1254 --
obs0.1262 80922 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→34.065 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1543 0 33 229 1805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9882253
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.025963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.11340.22341340.22372701X-RAY DIFFRACTION100
1.1134-1.12750.24841470.21792764X-RAY DIFFRACTION100
1.1275-1.14240.20381260.19522700X-RAY DIFFRACTION100
1.1424-1.1580.18711460.1872681X-RAY DIFFRACTION100
1.158-1.17450.1841480.17792716X-RAY DIFFRACTION100
1.1745-1.19210.20231490.16552712X-RAY DIFFRACTION100
1.1921-1.21070.16981320.14952704X-RAY DIFFRACTION100
1.2107-1.23060.1781280.14352754X-RAY DIFFRACTION100
1.2306-1.25180.15031600.1392676X-RAY DIFFRACTION100
1.2518-1.27450.14921570.13372713X-RAY DIFFRACTION100
1.2745-1.29910.15361480.12882741X-RAY DIFFRACTION100
1.2991-1.32560.13881390.12082706X-RAY DIFFRACTION100
1.3256-1.35440.15161460.11522732X-RAY DIFFRACTION100
1.3544-1.38590.13131450.11282735X-RAY DIFFRACTION100
1.3859-1.42060.10821410.10652742X-RAY DIFFRACTION100
1.4206-1.4590.11281590.09552705X-RAY DIFFRACTION100
1.459-1.50190.12221410.0952735X-RAY DIFFRACTION100
1.5019-1.55040.11461440.09582730X-RAY DIFFRACTION100
1.5504-1.60580.11951270.09252768X-RAY DIFFRACTION100
1.6058-1.67010.1111270.10122753X-RAY DIFFRACTION100
1.6701-1.74610.12321360.10512769X-RAY DIFFRACTION100
1.7461-1.83810.13461410.11342760X-RAY DIFFRACTION100
1.8381-1.95330.14551270.11732797X-RAY DIFFRACTION100
1.9533-2.10410.11851260.11442764X-RAY DIFFRACTION100
2.1041-2.31580.11981570.11732777X-RAY DIFFRACTION100
2.3158-2.65080.12281330.12152822X-RAY DIFFRACTION100
2.6508-3.33920.14941400.12992846X-RAY DIFFRACTION100
3.3392-34.0650.16321540.14032961X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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