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- PDB-8vik: EgtB-IV from Crocosphaera subtropica, a type IV sulfoxide synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vik
タイトルEgtB-IV from Crocosphaera subtropica, a type IV sulfoxide synthase involved in ergothioneine biosynthesis
要素Sulfoxide synthase EgtB-IV
キーワードOXIDOREDUCTASE / ergothioneine / sulfoxide / sulfur / non-heme iron
機能・相同性
機能・相同性情報


formylglycine-generating oxidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5-histidylcysteine sulfoxide synthase / : / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1-like domain / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Sulfatase-modifying factor enzyme domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Crocosphaera subtropica ATCC 51142 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 1.961 Å
データ登録者Ireland, K.A. / Davis, K.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1937971 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM147557 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the convergent evolution of sulfoxide synthase EgtB-IV, an ergothioneine-biosynthetic homolog of ovothiol synthase OvoA.
著者: Ireland, K.A. / Kayrouz, C.M. / Abbott, M.L. / Seyedsayamdost, M.R. / Davis, K.M.
履歴
登録2024年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfoxide synthase EgtB-IV
B: Sulfoxide synthase EgtB-IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,14211
ポリマ－109,7272
非ポリマー4159
水8,917495
1
A: Sulfoxide synthase EgtB-IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1026
ポリマ－54,8631
非ポリマー2385
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sulfoxide synthase EgtB-IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0405
ポリマ－54,8631
非ポリマー1764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.197, 94.511, 83.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sulfoxide synthase EgtB-IV


分子量: 54863.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crocosphaera subtropica ATCC 51142 (バクテリア)
遺伝子: cce_1041 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1WTS6

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非ポリマー , 5種, 504分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % / 解説: Thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1, 0.18 M ammonium acetate, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.961→29.43 Å / Num. obs: 66735 / % possible obs: 97.37 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0487 / Rpim(I) all: 0.0487 / Rrim(I) all: 0.06888 / Net I/σ(I): 9.17
反射 シェル解像度: 1.961→2.031 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.5962 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5237 / CC1/2: 0.549 / CC star: 0.842 / Rpim(I) all: 0.5962 / Rrim(I) all: 0.8431 / % possible all: 76.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSXDS-Apple_M1データ削減
XDSXDS-Apple_M1データスケーリング
PHASER1.20.1_4487位相決定
Coot0.9.8.7モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.961→29.43 Å / SU ML: 0.2693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.4199
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2191 972 1.46 %
Rwork0.1898 65593 -
obs0.1902 66565 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.961→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6890 0 18 495 7403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00387129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67199710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0447991
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.57342450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.961-2.060.33661170.30067986X-RAY DIFFRACTION83.34
2.06-2.190.30971430.25999539X-RAY DIFFRACTION99.62
2.19-2.360.29851410.24439512X-RAY DIFFRACTION99.19
2.36-2.60.25691410.19979588X-RAY DIFFRACTION99.97
2.6-2.980.21041420.19379632X-RAY DIFFRACTION99.91
2.98-3.750.22221420.17519590X-RAY DIFFRACTION99.87
3.75-29.430.16981460.16029746X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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