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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vig | |||||||||
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タイトル | EgtB-IV from Geminocystis sp. isolate SKYG4, an ergothioneine-biosynthetic type IV sulfoxide synthase in complex with hercynine | |||||||||
![]() | Sulfoxide synthase EgtB-IV | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ergothioneine / sulfoxide / sulfur / non-heme iron | |||||||||
機能・相同性 | 5-histidylcysteine sulfoxide synthase / : / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1 / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold / N,N,N-trimethyl-histidine / : / 5-histidylcysteine sulfoxide synthase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ireland, K.A. / Davis, K.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the convergent evolution of type IV sulfoxide synthase EgtB, an ergothioneine-biosynthetic homolog of ovothiol synthase OvoA 著者: Ireland, K.A. / Kayrouz, C.M. / Abbott, M.L. / Seyedsayamdost, M.R. / Davis, K.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 798.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 798.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 55134.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 452分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/AVJ.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AVJ.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FE / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-AVJ / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: Thin plates |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.7, 23% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→47.82 Å / Num. obs: 61246 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 19.52 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05404 / Rpim(I) all: 0.05404 / Rrim(I) all: 0.07642 / Net I/σ(I): 7.45 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 5990 / CC1/2: 0.509 / CC star: 0.821 / Rpim(I) all: 0.677 / Rrim(I) all: 0.9574 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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