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万見
- PDB-8via: Protective effect of human non-neutralizing cross-reactive spike ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8via
タイトルProtective effect of human non-neutralizing cross-reactive spike antibodies elicited by SARS-CoV-2 mRNA vaccination
要素
  • (Spike protein ...) x 2
  • PVI.V5-4 heavy chain
  • PVI.V5-4 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / SARS-CoV-2 / spike
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Bajic, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI168178 米国
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Protective effect and molecular mechanisms of human non-neutralizing cross-reactive spike antibodies elicited by SARS-CoV-2 mRNA vaccination.
著者: Jordan J Clark / Irene Hoxie / Daniel C Adelsberg / Iden A Sapse / Robert Andreata-Santos / Jeremy S Yong / Fatima Amanat / Johnstone Tcheou / Ariel Raskin / Gagandeep Singh / Irene González- ...著者: Jordan J Clark / Irene Hoxie / Daniel C Adelsberg / Iden A Sapse / Robert Andreata-Santos / Jeremy S Yong / Fatima Amanat / Johnstone Tcheou / Ariel Raskin / Gagandeep Singh / Irene González-Domínguez / Julia E Edgar / Stylianos Bournazos / Weina Sun / Juan Manuel Carreño / Viviana Simon / Ali H Ellebedy / Goran Bajic / Florian Krammer /
要旨: Neutralizing antibodies correlate with protection against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Recent studies, however, show that binding antibody titers, in the absence of ...Neutralizing antibodies correlate with protection against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Recent studies, however, show that binding antibody titers, in the absence of robust neutralizing activity, also correlate with protection against disease progression. Non-neutralizing antibodies cannot directly protect against infection but may recruit effector cells and thus contribute to the clearance of infected cells. Additionally, they often bind conserved epitopes across multiple variants. Here, we characterize 42 human monoclonal antibodies (mAbs) from coronavirus disease 2019 (COVID-19)-vaccinated individuals. Most of these antibodies exhibit no neutralizing activity in vitro, but several non-neutralizing antibodies provide protection against lethal challenge with SARS-CoV-2 in different animal models. A subset of those mAbs shows a clear dependence on Fc-mediated effector functions. We have determined the structures of three non-neutralizing antibodies, with two targeting the receptor-binding domain and one that binds the subdomain 1 region. Our data confirm the real-world observation in humans that non-neutralizing antibodies to SARS-CoV-2 can be protective.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Protective effect and molecular mechanisms of human non-neutralizing cross-reactive spike antibodies elicited by SARS-CoV-2 mRNA vaccination.
著者: Jordan Clark / Irene Hoxie / Daniel C Adelsberg / Iden A Sapse / Robert Andreata-Santos / Jeremy S Yong / Fatima Amanat / Johnstone Tcheou / Ariel Raskin / Gagandeep Singh / Irene González- ...著者: Jordan Clark / Irene Hoxie / Daniel C Adelsberg / Iden A Sapse / Robert Andreata-Santos / Jeremy S Yong / Fatima Amanat / Johnstone Tcheou / Ariel Raskin / Gagandeep Singh / Irene González-Domínguez / Julia E Edgar / Stylianos Bournazos / Weina Sun / Juan Manuel Carreño / Viviana Simon / Ali H Ellebedy / Goran Bajic / Florian Krammer /
要旨: Neutralizing antibodies correlate with protection against SARS-CoV-2. Recent studies, however, show that binding antibody titers, in the absence of robust neutralizing activity, also correlate with ...Neutralizing antibodies correlate with protection against SARS-CoV-2. Recent studies, however, show that binding antibody titers, in the absence of robust neutralizing activity, also correlate with protection from disease progression. Non-neutralizing antibodies cannot directly protect from infection but may recruit effector cells thus contribute to the clearance of infected cells. Also, they often bind conserved epitopes across multiple variants. We characterized 42 human mAbs from COVID-19 vaccinated individuals. Most of these antibodies exhibited no neutralizing activity but several non-neutralizing antibodies protected against lethal challenge with SARS-CoV-2 in different animal models. A subset of those mAbs showed a clear dependence on Fc-mediated effector functions. We determined the structures of three non-neutralizing antibodies with two targeting the RBD, and one that targeting the SD1 region. Our data confirms the real-world observation in humans that non-neutralizing antibodies to SARS-CoV-2 can be protective.
履歴
登録2024年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Spike protein S1
C: Spike protein S2
H: PVI.V5-4 heavy chain
L: PVI.V5-4 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,3817
ポリマ－185,5144
非ポリマー8673
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Spike protein ... , 2種, 2分子 DC

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 74113.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: タンパク質 Spike protein S2 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 62353.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 PVI.V5-4 heavy chain


分子量: 25566.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 PVI.V5-4 light chain


分子量: 23481.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 3分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SARS-CoV-2 spike in complex with PVI.V5-4 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 500 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 52.51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120000 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 37.54 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0077748
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.266410538
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.08321195
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0111368
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.88521085

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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