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- PDB-8vi8: Engineered glutamine binding protein and a cobaloxime ligand - no... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vi8
タイトルEngineered glutamine binding protein and a cobaloxime ligand - no GLN bound
要素Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Artificial Metalloprotein / swArM / Glutamine Binding Protein / Cobaloxime
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Glutamine-binding periplasmic protein GlnH, type 2 periplasmic binding protein fold / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X5Z / Glutamine-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Boggs, D.G. / Fatima, S. / Olshansky, L. / Bridwell-Rabb, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM138138 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Conformation-Dependent Hydrogen-Bonding Interactions in a Switchable Artificial Metalloprotein.
著者: Fatima, S. / Mehrafrooz, B. / Boggs, D.G. / Ali, N. / Singh, S. / Thielges, M.C. / Bridwell-Rabb, J. / Aksimentiev, A. / Olshansky, L.
履歴
登録2024年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
B: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
C: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
D: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
E: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
F: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,56435
ポリマ－151,5286
非ポリマー4,03629
水90150
1
A: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9085
ポリマ－25,2551
非ポリマー6534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9316
ポリマ－25,2551
非ポリマー6765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0508
ポリマ－25,2551
非ポリマー7957
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9085
ポリマ－25,2551
非ポリマー6534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8586
ポリマ－25,2551
非ポリマー6035
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9085
ポリマ－25,2551
非ポリマー6534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.067, 145.797, 123.443
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Amino acid ABC transporter substrate-binding protein / Glutamine ABC transporter substrate-binding protein GlnH / Glutamine ABC transporter substrate- ...Glutamine ABC transporter substrate-binding protein GlnH / Glutamine ABC transporter substrate-bindnig protein / Glutamine ABC transporter / periplasmic glutamine-binding protein (TC 3.A.1.3.2) / substrate-binding protein / Glutamine-binding periplasmic protein / Periplasmic glutamine-binding protein / Periplasmic glutamine-binding protein permease / Permease of periplasmic glutamine-binding protein


分子量: 25254.658 Da / 分子数: 6 / 変異: K23I, T72C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: glnH, A5U30_004091, A6592_04880, A8499_000176, A9X72_16950, AAG43_003583, ACN68_16860, ACN81_02400, ACU57_05845, AF998_000125, AM464_21485, APX88_17575, AT335_000554, AT845_002764, AW118_ ...遺伝子: glnH, A5U30_004091, A6592_04880, A8499_000176, A9X72_16950, AAG43_003583, ACN68_16860, ACN81_02400, ACU57_05845, AF998_000125, AM464_21485, APX88_17575, AT335_000554, AT845_002764, AW118_24500, AW119_03915, AWP47_29145, B6R12_003536, B6R15_002883, B6R31_003222, B6R48_003973, B6R87_003886, BANRA_01322, BANRA_01764, BEA19_14205, BER14_07540, BF481_003043, BG944_004267, BGM66_000966, BHS81_04935, BJI68_11495, BJJ90_17825, BK292_21345, BK383_19105, BLM69_000575, BMC79_000611, BMT49_05685, BMT50_00560, BMT91_20520, BN17_06101, BO068_000746, BOH76_16995, BON63_24725, BON64_24190, BON65_04740, BON66_07455, BON67_25290, BON68_02720, BON69_08400, BON70_24775, BON71_14305, BON72_22420, BON73_01195, BON74_14830, BON75_15470, BON76_25420, BON77_09375, BON78_20655, BON79_20060, BON80_12630, BON81_19085, BON82_15305, BON83_05500, BON84_13940, BON86_21740, BON87_16800, BON88_07465, BON89_22820, BON90_14295, BON91_21900, BON92_22285, BON93_04225, BON94_25770, BON95_05775, BON96_27115, BON97_10525, BON98_19710, BR158_002878, BRV02_000648, BSR05_11095, BTB68_001717, BTQ06_26205, BUO55_004168, BvCmsF30A_02312, BvCmsHHP019_04964, BvCmsKKP061_03133, BvCmsKSNP073_02686, BVL39_24445, BXT93_09325, BZL69_00955, C0P57_004641, C1Q91_004053, C2121_002453, C2M16_01565, C2R31_002978, C2U48_05980, C3F40_08525, C5N07_02720, C5Y87_11455, C9114_21285, C9160_24490, C9E67_21255, C9Z68_13890, CA593_25060, CCS08_19690, CCV12_002704, CDC27_03365, CDL36_05995, CDL37_06170, CF22_003152, CG831_000699, CHM61_001352, CIG67_24135, CO706_26845, CQ986_002219, CR538_17365, CR539_08495, CR628_003110, CTR35_001347, CV83915_00768, CWS33_06680, CX938_000617, CXJ73_000498, CY655_04230, D0X26_05085, D1912_20655, D1H34_001169, D3822_09995, D3C88_05045, D3G36_03255, D3Y67_17015, D4N09_12520, D4U49_00030, D9D43_04855, D9D77_09815, D9E34_09280, D9E49_16110, D9H94_11690, D9J03_11000, D9J61_05355, DAH17_03825, DAH18_19240, DAH19_07490, DAH20_21020, DAH21_16625, DAH22_20195, DAH23_12545, DAH24_12625, DAH25_13880, DAH26_12570, DAH27_27195, DAH28_26570, DAH29_21215, DAH30_24830, DAH31_23660, DAH32_25755, DAH33_16740, DAH34_00565, DAH35_19590, DAH36_01785, DAH37_00035, DAH38_23920, DAH40_16855, DAH41_26115, DAH42_14420, DAH43_13740, DAH45_14115, DAH46_16030, DAH47_10645, DAH48_08930, DAH49_15255, DAH50_02775, DD762_19985, DEN86_16580, DEN87_25365, DEN88_18460, DEN89_18240, DEN90_15895, DEN91_18520, DEN92_25370, DEN93_25685, DEN94_25170, DEN95_25645, DEN96_14460, DEN97_05945, DEN98_14610, DEN99_03305, DEO00_15605, DEO01_16930, DEO02_15845, DEO03_02745, DEO04_17445, DEO05_17315, DEO06_16065, DEO07_16850, DEO08_10875, DEO09_17170, DEO10_17430, DEO11_17320, DEO12_17235, DEO13_25310, DEO14_25015, DEO15_18570, DEO17_18420, DEO18_14095, DEO19_25855, DEO20_09480, DIV22_24420, DKP82_24310, DM870_16080, DN627_03140, DNX30_21735, DRW19_18320, DS732_09030, DTL43_10730, DTL90_03445, DTM45_05760, DU321_00670, DXT69_17235, DXT70_03865, DXT71_08710, DXT73_10050, E0I42_20880, E2112_02675, E2113_01945, E2114_18730, E2115_17055, E2116_04330, E2117_24095, E2118_16300, E2119_12420, E2120_04215, E2121_18185, E2122_15175, E2123_15570, E2124_10840, E2125_18565, E2127_00470, E2128_04955, E2129_10405, E2130_05520, E2131_16230, E2132_01450, E2133_04840, E2134_04965, E2135_16085, E2136_14980, E2646_20010, E3O05_01530, E4K51_02810, E4T14_00550, E4T84_17465, E5H86_25390, E5M02_22525, E5P22_03440, E5P23_09650, E5P24_07820, E5P25_14380, E5P26_02375, E5P27_03730, E5P28_05135, E5P29_02255, E5P30_11875, E5P31_05030, E5P32_00405, E5P33_13470, E5P34_03095, E5P35_02485, E5P36_15665, E5P37_20315, E5P39_19970, E5P40_02695, E5P41_16665, E5P42_12050, E5P43_17005, E5P44_18530, E5P45_22380, E5P46_16045, E5P47_19935, E5P48_15405, E5P49_19430, E5P50_22740, E5P51_16920, E5S34_18760, E5S35_18835, E5S36_04930, E5S37_23235, E5S38_16415, E5S39_18510, E5S43_19010, E5S44_19440, E5S45_23380, E5S46_22040, E5S47_18610, E5S48_18775, E5S51_14615, E5S52_10650, E5S53_16880, E5S54_25355, E5S55_16870, E5S56_20090, E5S57_09335, E5S58_12745, E5S61_14780, E5S62_04320, E6C80_01100, E6D34_16620, EA239_02055, EA435_03075, EAI46_17535, EAN77_08520, EAX79_16230, EC1094V2_3069, EC95NR1_05084, ECs0889, ED648_06680, EHD79_17160, EI021_00555, EIA08_01310, EIZ93_04910, EKI52_06410, EL79_3071, EL80_3032, ELT16_02415, ELT17_17330, ELT20_02820, ELT21_01480, ELT22_07560, ELT23_02015, ELT24_02785, ELT25_04925, ELT26_09185, ELT27_07495, ELT28_15430, ELT29_09190, ELT30_04155, ELT31_02235, ELT32_01320, ELT33_01125, ELT34_02155, ELT35_01150, ELT36_07860, ELT38_02015, ELT39_12720, ELT40_06625, ELT41_10995, ELT44_00485, ELT45_07655, ELT46_05645, ELT48_02765, ELT49_11575, ELT50_00370, ELT51_04720, ELT52_01735, ELT54_03790, ELT55_02630, ELT56_04370, ELT58_13405, ELT59_01975, ELT60_02685, ELT61_00525, ELT63_00400, ELT72_09395, ELU07_01290, ELU82_01275, ELU83_00030, ELU85_01090, ELU88_02755, ELU89_06090, ELU90_16660, ELU91_09660, ELU94_20245, ELU95_04135, ELU96_01710, ELU97_02075, ELU98_07325, ELU99_17975, ELV00_00990, ELV01_02685, ELV02_04500, ELV03_02685, ELV04_09130, ELV05_01070, ELV07_02685, ELV08_05490, ELV09_09705, ELV10_03635, ELV11_00495, ELV12_17700, ELV13_05135, ELV15_08005, ELV16_06920, ELV20_01690, ELV21_07280, ELV22_03390, ELV23_04940, ELV26_19830, ELV28_13395, ELV29_14030, ELV40_13070, ELX48_20960, ELX61_08885, ELX66_13645, ELX68_03535, ELX69_04805, ELX76_06605, ELX79_08650, ELX85_04825, ELX96_24945, ELY02_21695, ELY32_15660, ELY36_07870, ELY39_10000, ELY41_22740, ELY48_10875, EN85_004581, ERS085406_04011, ERS139208_02685, EWK56_11475, ExPECSC038_02876, EXX13_17615, EYV17_11920, EYV18_03835, F0L67_04275, F2N20_02135, F2N31_03410, F3N40_12265, F7F11_11485, F7N46_08470, F9413_07780, F9461_01305, F9B07_02710, F9S83_08475, F9V24_04485, F9X20_12650, FDM60_08540, FE584_14605, FE587_14715, FEJ01_13600, FFF58_04660, FGG80_18845, FHO90_02740, FHQ91_05095, FIJ20_11900, FJQ40_17745, FJQ51_03360, FJQ53_08590, FKO60_07285, FOI11_009340, FOI11_10705, FPI65_04950, FPJ29_13820, FPS11_01585, FQF29_02765, FV293_02200, FVB16_07150, FWK02_14955, FY127_05225, FZC17_24290, FZN31_16475, FZU14_07000, G3813_001838, G3V95_03410, G3W53_12740, G4A38_09725, G4A47_02555, G5603_02180, G7630_000206, G9448_06715, GAI66_11760, GAI89_13630, GAJ12_17235, GAJ26_02185, GF147_05165, GF699_09700, GFY34_01840, GIB53_03185, GJ11_04510, GJO56_05855, GKF66_09425, GKF89_13835, GNW61_02415, GNZ05_09120, GOP25_10140, GP711_00870, GP944_02795, GP965_17210, GP979_15650, GQM04_08380, GQM13_17840, GQM21_08920, GQN34_06325, GQW07_06480, GQW68_09320, GQW80_16390, GRC73_03245, GRO95_00200, GRW05_01550, GRW24_15895, GRW56_11730, GRW57_13110, GSM54_17415, GSY44_21500, GTP88_11170, GUC01_03260, GUI33_12255, H0O37_11575, H0O39_10830, H0O72_02630, HEP30_007075, HEP34_000682, HHH44_004674, HI055_001651, HIE29_000308, HIN64_003897, HJQ60_003183, HJU54_001291, HKA49_004171, HL563_07185, HL601_10425, HLV18_05320, HLX92_21635, HLZ50_00225, HmCms169_02183, HMJ82_04430, HMV95_02550, HMW38_01730, HNC36_00575, HNC59_02155, HNC66_13445, HNC99_06490, HND12_01310, HV109_16015, HV209_04855, HVV39_21020, HVW04_06960, HVW19_18030, HVW43_08305, HVY77_17775, HVZ71_16640, HX136_17495, I6H00_09980, I6H01_21610, I6H02_22350, IA00_002027, IFB95_003951, IH768_00950, IH772_11995, IT029_003785, J0541_000988, J4S20_005071, J5U05_002124, JE86ST02C_09210, JE86ST05C_09750, JFD_02409, JNP96_08670, NCTC10082_05067, NCTC10089_03418, NCTC10090_00382, NCTC10418_05048, NCTC10429_05756, NCTC10865_04252, NCTC11181_00607, NCTC12950_03687, NCTC13127_04610, NCTC13216_03355, NCTC4450_03842, NCTC7922_06781, NCTC7927_03810, NCTC7928_05513, NCTC8008_02951, NCTC8009_06196, NCTC8179_02263, NCTC8333_03962, NCTC8450_01827, NCTC8500_03700, NCTC8621_03555, NCTC8959_00379, NCTC8960_00488, NCTC9001_01370, NCTC9036_03440, NCTC9037_03540, NCTC9075_04560, NCTC9111_03455, NCTC9702_03882, NCTC9706_00702, NCTC9775_01675, NCTC9777_03409, NCTC9962_02368, ND22_002874, RG28_00455, SAMEA3472044_00248, SAMEA3472056_00231, SAMEA3472147_02754, SAMEA3751407_00314, SAMEA3752557_02233, SAMEA3753106_00906, TUM18780_29030, WP4S18E07_30170, WR15_25350, XU56_002013
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C3THM2
#2: 化合物
ChemComp-X5Z / AZIDOBIS (DIMETHYLGLYOXIMATO) PYRIDINECOBALT


分子量: 438.328 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23CoN8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12707 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12707 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→30.86 Å / Num. obs: 23471 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.79 % / Biso Wilson estimate: 105.15 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.81
反射 シェル解像度: 3.21→3.325 Å / Num. unique obs: 2375 / CC1/2: 0.925

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20230505データ削減
XDS20230505データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.21→30.86 Å / SU ML: 0.5453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.0634
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2898 1269 5.41 %
Rwork0.284 22188 -
obs0.2843 23457 96.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 103.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→30.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10578 0 191 50 10819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011511016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.560414938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10551628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01071902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.50324052
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.21-3.340.43171420.36752449X-RAY DIFFRACTION95.86
3.34-3.490.48051590.37972546X-RAY DIFFRACTION98.9
3.49-3.670.411330.36242498X-RAY DIFFRACTION98.58
3.67-3.890.41951240.35732323X-RAY DIFFRACTION93.5
3.93-4.20.35521190.3152236X-RAY DIFFRACTION96.28
4.2-4.620.28411730.25782484X-RAY DIFFRACTION99.77
4.62-5.290.27491170.24722593X-RAY DIFFRACTION99.67
5.29-6.650.20471550.2962532X-RAY DIFFRACTION99.19
6.65-30.860.23311470.23792527X-RAY DIFFRACTION96.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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