PDB-8vi1: Crystal structure of c-Met-D1228N in complex with KIN-7615

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vi1

タイトル

Crystal structure of c-Met-D1228N in complex with KIN-7615

要素

Hepatocyte growth factor receptor

キーワード

TRANSFERASE / c-Met D1228N KIN-7615

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling ...negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of stress fiber assembly / MET activates PTK2 signaling / positive chemotaxis / branching morphogenesis of an epithelial tube / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / MET activates RAS signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / molecular function activator activity / excitatory postsynaptic potential / Negative regulation of MET activity / liver development / receptor protein-tyrosine kinase / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / postsynapse / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.11 Å

データ登録者

Ouyang, X. / Kania, R. / Cox, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of KIN-8741, a Highly Selective Type IIb c-Met Kinase Inhibitor with Broad Mutation Coverage and Quality Drug-Like Properties for the Treatment of Cancer.
著者: Ouyang, X.S. / Grandinetti, K.B. / Boren, M. / Chakravorty, S. / Chopade, S. / Jiang, P. / Kanouni, T. / Koudriakova, T. / Makwana, O. / Pack, S.K. / Perez, M. / Suriben, R. / Timple, N. / ...

履歴

登録	2024年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年6月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8vi1.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vi1_validation.pdf.gz	871.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vi1_full_validation.pdf.gz	879.1 KB	表示
XML形式データ	8vi1_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	8vi1_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/8vi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/8vi1	HTTPS FTP

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関連構造データ

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#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (3)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
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オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hepatocyte growth factor receptor

B: Hepatocyte growth factor receptor

ヘテロ分子

70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.660, 69.820, 78.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met 分子量: 34841.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1AB1 / N-(3,5-difluoro-4-{[6-(2-hydroxyethoxy)-7-methoxyquinolin-4-yl]oxy}phenyl)-4-methoxypyridine-3-carboxamide 分子量: 497.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₁F₂N₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 12.5% PEG4000, 10% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.11→43.83 Å / Num. obs: 11252 / % possible obs: 78.3 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 3.11→3.32 Å / R_merge(I) obs: 0.372 / Num. unique obs: 384

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.11→43.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.877 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.804 / SU B: 64.504 / SU ML: 0.488 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.669 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29791	500	4.4 %	RANDOM
R_work	0.25112	-	-	-
obs	0.2531	10751	78.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.851 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	-0 Å²	0.26 Å²
2-	-	0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.11→43.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4545	0	72	0	4617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	4732
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4418
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.61	1.654	6408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.23	1.565	10276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.335	5	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.509	10	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.965	10	819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.029	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	943
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.344	3.859	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.344	3.859	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.649	5.783	2837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.649	5.785	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.163	3.867	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.163	3.867	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.349	5.808	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.314	49.546	5360
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.313	49.542	5361
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.11→3.19 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	4	-
R_work	0.282	74	-
obs	-	-	7.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9436	-2.1928	0.147	8.0594	-3.2772	2.9681	0.1259	0.0631	-0.0046	-0.2517	-0.107	-0.0423	-0.0898	-0.0566	-0.0189	0.3851	-0.113	-0.0115	0.487	-0.0258	0.3042	8.6416	14.9793	27.1084
2	4.2851	1.1378	2.8615	9.1466	3.9785	4.7692	0.0553	0.2735	-0.0365	-0.1554	0.1597	-0.2384	0.1055	0.5191	-0.215	0.1873	-0.059	0.0648	0.3552	0.0455	0.1868	17.7583	-3.5941	16.0126
3	3.1179	0.7444	-2.8838	4.5725	0.6978	4.1147	0.6068	0.2325	0.7807	0.2004	-0.2802	-0.6653	-1.1773	-0.0145	-0.3266	0.6546	-0.2839	-0.1545	0.6314	0.0975	0.9362	10.9636	2.0667	25.1511
4	3.9024	1.4393	-1.4271	4.6029	0.2558	4.7308	0.1128	0.1186	-0.1567	0.0207	-0.2093	-0.9561	0.2881	0.5021	0.0965	0.221	-0.0463	-0.0054	0.2329	0.0766	0.2223	4.6983	-14.8797	27.3634
5	5.1691	-7.1303	4.0764	9.9053	-5.6136	3.2455	-0.6346	-0.0938	0.3044	0.8867	0.3318	-0.328	-0.6178	-0.0154	0.3028	0.5887	-0.2033	-0.0565	0.7335	0.095	0.5078	-3.3755	-1.5184	16.8843
6	7.0294	-5.5733	0.916	6.3147	-0.6846	5.8889	0.1167	-0.1233	-0.3786	-0.1614	-0.0087	0.432	-0.124	0.0587	-0.108	0.0298	-0.0337	0.0103	0.0605	-0.0319	0.0481	-10.3065	-12.9698	21.9167
7	3.7653	-0.4203	1.5114	4.1529	-0.2722	6.1416	0.0865	-0.1316	-0.6178	0.122	0.0753	0.5792	0.5222	-0.0942	-0.1617	0.1408	-0.0837	0.0549	0.1132	-0.003	0.189	-11.5516	-22.356	26.2291
8	0.8968	-2.698	-0.8962	12.209	0.4066	2.3038	0.2349	-0.0979	0.1507	-0.7612	-0.1298	-0.2531	-0.0969	0.5583	-0.1051	0.422	-0.0453	0.0297	0.724	0.1153	0.5103	-16.3449	37.6619	-1.4561
9	1.5401	-3.3184	0.6828	9.4728	0.0424	5.4598	-0.1938	-0.0131	-0.1776	0.4998	-0.1184	0.6523	-0.5512	-0.0235	0.3122	0.2835	-0.2025	-0.0186	0.2697	-0.0623	0.4425	-17.3482	29.1612	13.4605
10	1.1689	0.4947	0.476	7.5064	-2.1929	2.4693	0.0951	-0.1814	0.1372	0.0969	0.1818	0.6556	-0.29	-0.0486	-0.2769	0.0738	-0.0255	0.0579	0.2449	-0.0313	0.422	-26.2098	19.7728	9.0014
11	0.607	-0.4284	1.7166	3.8192	0.1017	6.7813	0.214	0.1977	0.1154	-1.1077	0.1239	0.3299	-0.0311	0.3689	-0.3378	0.395	0.0241	0.0878	0.2926	0.141	0.6009	-21.5438	11.5861	2.5775
12	5.3467	-2.1016	0.4514	6.0354	-0.4387	3.7581	0.1486	0.0993	-0.1035	-0.8187	-0.0246	1.1238	0.4569	-0.3496	-0.124	0.2876	-0.1437	-0.1824	0.1235	0.0269	0.3173	-26.3489	-2.8086	5.7036
13	6.5522	5.4147	-4.1662	10.2577	-9.3307	8.6478	-0.008	-0.0591	0.1083	0.0838	0.1023	0.1034	-0.096	-0.146	-0.0943	0.1567	-0.0119	-0.0734	0.3131	0.0041	0.3727	-41.3194	3.4751	9.0189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1053 - 1072
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1073 - 1091
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1092 - 1152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1153 - 1217
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1218 - 1238
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1243 - 1278
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1279 - 1346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1050 - 1075
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1076 - 1117
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1118 - 1197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1198 - 1261
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	1262 - 1329
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	1330 - 1345

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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