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- PDB-8vhh: Engineered holo tryptophan synthase (Tm9D8*) derived from T. mari... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vhh
タイトルEngineered holo tryptophan synthase (Tm9D8*) derived from T. maritima TrpB
要素Tryptophan synthase beta chain 1
キーワードLYASE / enzyme / synthase / tryptophan synthases / engineered enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Tryptophan synthase beta chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Porter, N.J. / Johnston, K.E. / Almhjell, P.J. / Arnold, F.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0022218 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: A combinatorially complete epistatic fitness landscape in an enzyme active site.
著者: Johnston, K.E. / Almhjell, P.J. / Watkins-Dulaney, E.J. / Liu, G. / Porter, N.J. / Yang, J. / Arnold, F.H.
履歴
登録2024年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase beta chain 1
B: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7689
ポリマ－87,9102
非ポリマー8577
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area26310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.698, 165.698, 83.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain 1


分子量: 43955.160 Da / 分子数: 2 / 変異: multiple / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: trpB1, trpB, TM_0138 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50909, tryptophan synthase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.2 M sodium phosphate monobasic, 0.8 M potassium phosphate dibasic, 0.1 M N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid (CAPS), 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→45.99 Å / Num. obs: 61153 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 4440 / CC1/2: 0.596 / Rpim(I) all: 0.642

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6AM7

6am7


解像度: 2.15→45.99 Å / SU ML: 0.2898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.6438
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 2926 4.79 %
Rwork0.2143 58185 -
obs0.2153 61111 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→45.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5814 0 49 94 5957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00195981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48088109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00311039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7163844
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.190.36171400.3092728X-RAY DIFFRACTION98.73
2.19-2.220.30271430.29712733X-RAY DIFFRACTION99.79
2.22-2.260.38281370.30772746X-RAY DIFFRACTION99.31
2.26-2.310.3121230.28342784X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.350.33211210.26862751X-RAY DIFFRACTION99.93
2.35-2.410.29611490.26042764X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.460.25521500.26442725X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.520.26041560.25582766X-RAY DIFFRACTION99.97
2.52-2.590.26471440.24862805X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.670.31711090.26392752X-RAY DIFFRACTION99.97
2.67-2.750.29821310.26272782X-RAY DIFFRACTION99.93
2.75-2.850.33161330.24782776X-RAY DIFFRACTION99.39
2.85-2.970.29311670.24152735X-RAY DIFFRACTION99.97
2.97-3.10.29141710.24142728X-RAY DIFFRACTION99.97
3.1-3.260.26721400.23272778X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.470.26231090.21682793X-RAY DIFFRACTION99.97
3.47-3.740.2071350.1952798X-RAY DIFFRACTION99.97
3.74-4.110.17681280.19132795X-RAY DIFFRACTION99.73
4.11-4.710.16361380.16472786X-RAY DIFFRACTION99.93
4.71-5.930.19181600.1762806X-RAY DIFFRACTION99.97
5.93-45.990.20231420.17992854X-RAY DIFFRACTION99.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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