[日本語] English
万見
- PDB-8vgb: Crystal Structure of Guanine Nucleotide-Binding Protein Alpha Sub... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vgb
タイトルCrystal Structure of Guanine Nucleotide-Binding Protein Alpha Subunit (G Protein) from Oryza sativa in complex with GDP
要素Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / G Protein / Alpha Subunit / OsGPA / Oryza sativa
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled receptor binding / defense response / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / heterotrimeric G-protein complex / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant G-protein, alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Indica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Lee, S.G. / Jez, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-function analysis of plant G-protein regulatory mechanisms identifies key G alpha-RGS protein interactions.
著者: Torres-Rodriguez, M.D. / Lee, S.G. / Roy Choudhury, S. / Paul, R. / Selvam, B. / Shukla, D. / Jez, J.M. / Pandey, S.
履歴
登録2023年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
B: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
C: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
D: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,86912
ポリマ－177,9994
非ポリマー1,8708
水00
1
A: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9673
ポリマ－44,5001
非ポリマー4682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9673
ポリマ－44,5001
非ポリマー4682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9673
ポリマ－44,5001
非ポリマー4682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9673
ポリマ－44,5001
非ポリマー4682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.393, 68.419, 167.977
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit / GP-alpha-1 / Protein Dwarf1


分子量: 44499.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Indica Group (イネ) / 遺伝子: GPA1, D1, GA1, RGA1, OsI_018808 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2Y3B5
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM sodium acetate trihydrate (pH 8.5), 100 mM Tris (pH 8.5), 30% (w/v) PEG-4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 31650 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 26.44
反射 シェル解像度: 2.99→3.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 1586 / CC1/2: 0.744 / CC star: 0.924 / Rpim(I) all: 0.362 / Rrim(I) all: 0.711 / Rsym value: 0.512

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-30001.20.1_4487データ収集
PHASER位相決定
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.99→48.37 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 5.38 / 位相誤差: 32.9117
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3061 2079 6.88 %
Rwork0.266 28135 -
obs0.269 30214 95.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9801 0 116 0 9917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005110100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.091113586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05271494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00581674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.47771314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.070.37551140.32951750X-RAY DIFFRACTION77.61
3.07-3.150.39931320.33251840X-RAY DIFFRACTION81.78
3.15-3.240.35091350.34051932X-RAY DIFFRACTION84.85
3.24-3.350.34861350.3171904X-RAY DIFFRACTION86
3.35-3.470.31321350.31141972X-RAY DIFFRACTION87.96
3.47-3.610.33341390.28852096X-RAY DIFFRACTION90.78
3.61-3.770.32071370.27471996X-RAY DIFFRACTION91.27
3.77-3.970.27571410.282096X-RAY DIFFRACTION92.01
3.97-4.220.29871440.26942090X-RAY DIFFRACTION92.15
4.22-4.540.37921330.24162095X-RAY DIFFRACTION93.07
4.54-50.28241490.24432062X-RAY DIFFRACTION91.81
5-5.720.25461460.26952154X-RAY DIFFRACTION92.92
5.72-7.20.40681470.27242100X-RAY DIFFRACTION92.63
7.21-48.370.26181450.23232195X-RAY DIFFRACTION92.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.238579986470.9518048106191.116436229271.157721205-0.4719021555952.247232013950.34950585492-0.271099063709-0.06579072187140.323237055672-0.182214193529-0.5102623060540.1241237641170.21223646808-0.338610092020.838284914467-0.054301753122-0.04763758971540.53790846989-0.02097014943450.550399127714-57.0919063699-203.11047957666.5080998281
24.454405288940.754735245488-1.189286385612.14241347648-0.3022845144282.705135471120.438662679797-0.1015873748250.7895968011010.176944096391-0.137493443184-0.006645725172940.0794835080175-0.0454416669863-0.2361533483331.031316329620.01162423928910.227428390380.282746206748-0.02975007137790.509208280648-64.1993657656-187.01493911645.8808850272
32.000538812661.11360589564-0.3233986719630.629329033039-0.4402928383223.40195390230.09552755366010.02538266945820.0491448417130.531453464566-0.3495067479140.2881971958890.0479926182888-0.617990949899-0.352825108320.749088784395-0.1422086230890.1101416287540.9801732320560.01855831092520.403319562772-84.5649940578-205.09753216767.9491237068
41.05941483167-0.9157356128760.8202497455352.14805338242-1.54467997571.09025896036-0.1428853977030.02735236107390.0769407078594-0.3362786544010.0261905791022-0.251841677940.3159376066430.3162326241410.06439688630130.785522192254-0.171586912756-0.08098874865490.602305310742-0.05476910107020.644291189077-69.9837753741-224.59704530257.9167146578
52.668506044330.61580368099-1.181884648925.18111759157-1.163251916474.68147362591-0.105739295093-0.05116153441740.0653544256167-0.0545753092330.392645939020.410148127109-0.0768735975854-0.0853414393259-0.3268826253470.4280250652630.031493894227-0.01751765241420.5729037315710.08879500044470.354209755342-87.6549907281-210.78208151780.3233652389
61.42912226017-0.19426321222-0.1506454527281.80075145596-1.085567395441.937869357910.4640910365580.0519718163730.24178261324-0.0454953320994-0.2075051640750.1718873833360.0127964985671-0.08912815790550.04009992985521.012236171540.1225291689260.2477904715260.382445442186-0.05164712335760.51836024747-98.375278339-216.83932690320.2185428809
73.14991529320.3745062574390.991099682993.025230639751.757823960571.30774109472-0.106354409269-0.1428141125270.727850784804-0.7619297128440.0742952204328-0.863830463264-0.3594188279810.0964034789752-0.2073512803990.969092645404-0.03420061600560.1085834891220.733441795088-0.08286383350240.832980747689-81.7491211741-206.34624281115.5382468917
83.674898797641.22005838287-1.409057919850.530586454299-0.4128089706860.576357302054-0.4196254683360.593613409561-0.9540407305070.4656804774760.213141480628-0.422024278808-0.388272755372-0.987116811402-0.08481684616271.092519416810.294470202899-0.1139839929260.692130966889-0.06616573720640.491660294435-93.7547771649-218.37227412514.820394742
94.3074737356-0.901405062351.318927755081.235621732090.373599473293.888306546320.736277938011-0.1973121534790.22542446813-0.00476944115328-0.1688152944590.167948233175-0.274147828725-0.431035822509-0.2419055457710.990046158291-0.0131306747677-0.1079956499830.3403261588280.01388578628510.477655494921-102.187211368-223.20596959137.6187635393
104.91333983958-0.4268988897930.4114727208972.46236583119-0.3518109350041.794996035170.555400444648-0.204112300677-1.02540756318-0.15231479691-0.1921664194030.1972735421820.3802202408530.105065042947-0.171272464641.069929675810.0141903755571-0.1614883709420.242269533720.0142699395510.673958521536-96.2087846389-233.70911797339.0046549873
111.641431918191.06120670828-0.1463509711920.940100020917-0.4959325945662.547600362620.07629076443860.02039662440090.1513538956520.3098031682840.0735463162422-0.06037045781950.02683546856080.265484610677-0.161924693330.580343182970.268050318952-0.002053649689260.610400358064-0.01669551850050.577318954865-40.1617337438-199.85005008421.4465899831
122.23096203028-1.576307072630.7634614486054.9342873177-1.145958664125.05005744729-0.21275154375-0.399935546803-0.19345471826-0.1193796797130.6472031674540.618157306842-0.232629990899-0.296702324001-0.3258635935730.441710744327-0.02068837496560.06577154272480.6709779259560.1690534192530.385528213211-55.4704115819-201.6487725262.69279397666
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 40 through 197 )AA40 - 1971 - 145
22chain 'A' and (resid 198 through 375 )AA198 - 375146 - 288
33chain 'B' and (resid 39 through 72 )BD39 - 721 - 26
44chain 'B' and (resid 73 through 195 )BD73 - 19527 - 133
55chain 'B' and (resid 196 through 375 )BD196 - 375134 - 296
66chain 'C' and (resid 40 through 99 )CG40 - 991 - 60
77chain 'C' and (resid 100 through 163 )CG100 - 16361 - 112
88chain 'C' and (resid 164 through 197 )CG164 - 197113 - 146
99chain 'C' and (resid 198 through 289 )CG198 - 289147 - 212
1010chain 'C' and (resid 290 through 375 )CG290 - 375213 - 293
1111chain 'D' and (resid 40 through 238 )DJ40 - 2381 - 172
1212chain 'D' and (resid 239 through 375 )DJ239 - 375173 - 299

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る