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万見
- PDB-8vg3: Formerly degenerate seventh zinc finger domain from transcription... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vg3
タイトルFormerly degenerate seventh zinc finger domain from transcription factor ZNF711 rehabilitated by experimental NMR structure
要素Zinc finger protein 711ジンクフィンガー
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ZNF711 / CMPX1 / XLID97 / degenerate zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Generic Transcription Pathway / 遺伝子発現の調節 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Transcriptional activator, Zfx / Zfy domain / Zfx / Zfy transcription activation region / C2H2-type zinc-finger domain / Zinc finger, C2H2 type / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein 711
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Rua, A.J. / Alexandrescu, A.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Formerly degenerate seventh zinc finger domain from transcription factor ZNF711 rehabilitated by experimental NMR structure
著者: Rua, A.J. / Alexandrescu, A.T.
履歴
登録2023年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein 711
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3822
ポリマ－3,3171
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Zinc finger protein 711 / ジンクフィンガー


分子量: 3316.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y462
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic12D 1H-1H NOESY
222isotropic12D 1H-1H TOCSY
232isotropic12D 1H-15N SOFAST HMQC
141isotropic12D 1H-13C HSQC
252isotropic12D 1H-1H DQF-COSY
161isotropic12D 1H-1H TOCSY
171isotropic12D 1H-1H NOESY
181isotropic2DOSY
292isotropic32D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution12.4 mM Z711-7, 4.4 mM ZnSO4, 100% D2OSample for experiments and assignments in D2Osample_1100% D2O
solution22.4 mM Z711-7, 4.4 mM ZnSO4, 90% H2O/10% D2OSample used for most NMR assignments and experiments in H2Osample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.4 mMZ711-7none1
4.4 mMZnSO4none1
2.4 mMZ711-7none2
4.4 mMZnSO4none2
試料状態

イオン強度: 0 Not defined / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm

Conditions-ID詳細LabelpH温度 (K)
2These sample conditions were used for structure determination. The HN of Leu16 at ~11.1 ppm (which is important for assignments and structure) can only beseen clearly at the low temperature of 283 K (10 C).conditions 26.2 283 K
1Conditions for D2O sample (Sample 1)conditions 16.2 pD298 K
3Conditions for H2O sample (Sample 2) at 25 Cconditions_36.2 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001600 MHz MIT
Varian INOVAVarianINOVA6002600 MHz Storrs
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8003800 MHz UCHC

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 3
詳細: NESG script prot_sa_refine.inp -> obtained from here: https://nesgwiki.chem.buffalo.edu/index.php/Structure_Refinement_Using_XPLOR-NIH
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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