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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vfr | ||||||
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タイトル | The crystal structure of 4-methylbenzoic acid-bound GALQE CYP199A4 after soaking in 10 mM H2O2 for 5 minutes | ||||||
![]() | Cytochrome P450 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 enzyme / peroxygenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Podgorski, M.N. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Engineering Peroxygenase Activity into Cytochrome P450 Monooxygenases through Modification of the Oxygen Binding Region 著者: Podgorski, M.N. / Akter, J. / Churchman, L.R. / Bruning, J.B. / De Voss, J.J. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vf0C ![]() 8vf3C ![]() 8vfpC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 44628.480 Da / 分子数: 1 / 変異: A248G, G249A, D251Q, T252E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 272分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/4MA.gif)
![](data/chem/img/E5X.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/4MA.gif)
![](data/chem/img/E5X.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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#3: 化合物 | ChemComp-4MA / |
#4: 化合物 | ChemComp-E5X / |
#5: 化合物 | ChemComp-CL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: The crystallization buffer was 100 mM Bis-Tris buffer (adjusted to pH 5.0-5.75 with acetic acid), 0.2 M magnesium acetate and 20-32% PEG 3350 PH範囲: 5.0-5.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月24日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) liquid nitrogen cooled (DC) or channel-cut Si(111) liquid nitrogen cooled (CC) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95367 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→44.15 Å / Num. obs: 23259 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.244 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.264 / Χ2: 0.49 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 159873 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.07 Å / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.624 / Num. measured all: 9579 / Num. unique obs: 1562 / CC1/2: 0.553 / Rpim(I) all: 0.703 / Rrim(I) all: 1.774 / Χ2: 0.42 / Net I/σ(I) obs: 0.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.018→42.894 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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