+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vfp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of GALQE CYP199A4 bound to 4-methylbenzoic acid | ||||||
![]() | Cytochrome P450 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 enzyme / peroxygenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Podgorski, M.N. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Engineering Peroxygenase Activity into Cytochrome P450 Monooxygenases through Modification of the Oxygen Binding Region 著者: Podgorski, M.N. / Akter, J. / Churchman, L.R. / Bruning, J.B. / De Voss, J.J. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 67.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 987 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 986.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vf0C ![]() 8vf3C ![]() 8vfrC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44628.480 Da / 分子数: 1 / 変異: A248G, G249A, D251Q, T252E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-4MA / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.83 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: The crystallization buffer was 100 mM Bis-Tris buffer (adjusted to pH 5.0-5.75 with acetic acid), 0.2 M magnesium acetate and 20-32% PEG 3350 PH範囲: 5.0-5.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2023年3月8日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) water-cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→43.06 Å / Num. obs: 9702 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.324 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.35 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 66928 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.83 Å / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.323 / Num. measured all: 9138 / Num. unique obs: 1290 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.528 / Rrim(I) all: 1.426 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.06 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|