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万見
- PDB-8vf6: Crystal structure of Serine/threonine-protein kinase 33 (STK33) K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vf6
タイトルCrystal structure of Serine/threonine-protein kinase 33 (STK33) Kinase Domain in complex with inhibitor CDD-2211
要素Serine/threonine-protein kinase 33
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Kinase / STK33
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA damage checkpoint signaling / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding ...mitotic DNA damage checkpoint signaling / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein kinase 33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ta, H.M. / Kim, C. / Ku, K.A. / Matzuk, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationNV- 001902 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Reversible male contraception by targeted inhibition of serine/threonine kinase 33.
著者: Ku, A.F. / Sharma, K.L. / Ta, H.M. / Sutton, C.M. / Bohren, K.M. / Wang, Y. / Chamakuri, S. / Chen, R. / Hakenjos, J.M. / Jimmidi, R. / Kent, K. / Li, F. / Li, J.Y. / Ma, L. / Madasu, C. / ...著者: Ku, A.F. / Sharma, K.L. / Ta, H.M. / Sutton, C.M. / Bohren, K.M. / Wang, Y. / Chamakuri, S. / Chen, R. / Hakenjos, J.M. / Jimmidi, R. / Kent, K. / Li, F. / Li, J.Y. / Ma, L. / Madasu, C. / Palaniappan, M. / Palmer, S.S. / Qin, X. / Robers, M.B. / Sankaran, B. / Tan, Z. / Vasquez, Y.M. / Wang, J. / Wilkinson, J. / Yu, Z. / Ye, Q. / Young, D.W. / Teng, M. / Kim, C. / Matzuk, M.M.
履歴
登録2023年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 33
B: Serine/threonine-protein kinase 33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9384
ポリマ－65,0692
非ポリマー8692
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area25800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.210, 87.920, 98.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 33


分子量: 32534.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK33
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYT3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1AAY / {3-[([1,1'-biphenyl]-2-yl)ethynyl]-1H-indazol-5-yl}[(3R)-3-(dimethylamino)pyrrolidin-1-yl]methanone


分子量: 434.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→43.96 Å / Num. obs: 20575 / % possible obs: 96.77 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Num. unique obs: 1037 / CC1/2: 0.605 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5049: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→43.96 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2549 1038 5.04 %
Rwork0.2212 --
obs0.2229 20575 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4305 0 33 42 4380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6655984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3581610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004750
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.840.38671420.35022731X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.020.31771470.30222752X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.250.32361480.30172760X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.580.30261430.25472757X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.10.24621530.2142777X-RAY DIFFRACTION100
4.1-5.160.20261450.17642823X-RAY DIFFRACTION100
5.16-43.960.23431600.19522937X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2633-0.78250.21531.62871.27091.7802-0.10120.1186-0.1076-0.13210.0034-0.17290.1598-0.09330.00010.4384-0.0409-0.0040.4929-0.00710.426-13.468516.9518-39.6311
20.9071-0.1387-0.00761.34351.49542.5532-0.12950.07440.1796-0.26840.09910.2803-0.1842-0.1334-0.00020.3611-0-0.01690.4320.06710.5192-16.257432.7808-30.6189
30.1151-0.27650.4661.2157-0.97741.653-0.07-0.12970.22610.32790.1285-0.1565-0.21360.03970.00010.46970.0075-0.01690.4801-0.09990.571-11.972235.9174-12.2565
42.1563-0.04380.04223.16460.68011.12740.1130.3905-0.12390.0686-0.10740.35230.0819-0.053-0.00010.48560.00580.04820.52750.01550.4898-7.2258-12.1619-4.1143
51.1733-0.28020.331.75451.18431.8518-0.1091-0.29010.05110.3107-0.0443-0.29440.1993-0.0262-0.00420.37390.0287-0.04630.4036-0.03890.2856-3.7885-0.07369.3439
6-0.00230.0508-0.05020.7365-0.79290.7772-0.20960.1283-0.0180.4012-0.2295-0.4338-0.2092-0.1109-0.01080.4785-0.0409-0.10280.41780.07380.5278-4.411918.9998-7.6391
70.8904-0.7148-0.25091.5465-0.08121.5508-0.2099-0.39750.52890.0572-0.05940.0459-0.8098-0.4773-0.00180.77530.0979-0.12150.7125-0.21640.5787-8.919418.142213.8277
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 100 through 169 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 170 through 262 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 263 through 382 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 99 through 169 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 170 through 262 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 263 through 302 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 303 through 383 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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