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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vf3 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of GALQE CYP199A4 bound to 4-methoxybenzoic acid | ||||||
![]() | Cytochrome P450 enzyme (CYP199A4) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 peroxygenase | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION / 4-METHOXYBENZOIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Podgorski, M.N. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Engineering Peroxygenase Activity into Cytochrome P450 Monooxygenases through Modification of the Oxygen Binding Region 著者: Podgorski, M.N. / Akter, J. / Churchman, L.R. / Bruning, J.B. / De Voss, J.J. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vf0C ![]() 8vfpC ![]() 8vfrC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 44628.480 Da / 分子数: 1 / 変異: A248G, G249A, D251Q, T252E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 720分子 










#2: 化合物 | ChemComp-ANN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: The crystallization buffer was 100 mM Bis-Tris buffer (adjusted to pH 5.0-5.75 with acetic acid), 0.2 M magnesium acetate and 20-32% PEG 3350 PH範囲: 5.0-5.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月26日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) liquid nitrogen cooled (DC) or channel-cut Si(111) liquid nitrogen cooled (CC) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.469→45 Å / Num. obs: 60758 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 0.6 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.49 Å / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Num. measured all: 15554 / Num. unique obs: 2902 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.248 / Rrim(I) all: 0.601 / Χ2: 0.6 / Net I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.469→45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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