PDB-8vf1: Crystal Structure of the Hendra Virus Attachment G glycoprotein (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vf1

タイトル

Crystal Structure of the Hendra Virus Attachment G glycoprotein (HeV-G)

要素

Glycoprotein G

キーワード

VIRAL PROTEIN / attachment protein

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-sialidase activity / host cell surface / host cell surface receptor binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Henipavirus hendraense (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Ve, T. / von Itzstein, M.S. / Winger, M. / Malde, A.K. / Holt, S. / McAtamney, S. / Hartley-Tassell, L. / Maggioni, A. / von Itzstein, M.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1047824	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP1094549	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DE17010078	オーストラリア

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nipah and Hendra Virus use an adjustable latch in Receptor Engagement
著者: von Itzstein, M.S. / Winger, M. / Malde, A.K. / Holt, S. / McAtamney, S. / Hartley-Tassell, L. / Ve, T. / Maggioni, A. / von Itzstein, M.

履歴

登録	2023年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	8vf1_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycoprotein G

B: Glycoprotein G

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.822, 80.155, 95.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.483, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Glycoprotein G

分子量: 50960.621 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 171-604 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Henipavirus hendraense (ウイルス)
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O89343

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30-36% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, and 0.1 M Tris pH 8.0-9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→45.61 Å / Num. obs: 16148 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 55.5 Å² / CC_1/2: 0.976 / R_merge(I) obs: 0.176 / R_pim(I) all: 0.114 / R_rim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / R_merge(I) obs: 0.636 / Num. unique obs: 2554 / CC_1/2: 0.634 / R_pim(I) all: 0.491 / R_rim(I) all: 0.808

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→45.61 Å / SU ML: 0.3674 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8888
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2659	853	5.29 %
R_work	0.2149	15261	-
obs	0.2176	16114	98.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→45.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6606	0	164	0	6770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	6931
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6275	9438
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0483	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	1190
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4099	2584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.19	0.3239	136	0.2597	2517	X-RAY DIFFRACTION	97.72
3.19-3.43	0.2891	129	0.2509	2498	X-RAY DIFFRACTION	97.99
3.43-3.78	0.3085	155	0.2303	2500	X-RAY DIFFRACTION	98.48
3.78-4.33	0.2773	136	0.2015	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.33-5.45	0.2225	153	0.1802	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.45-45.61	0.2418	144	0.218	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.70668494881	-0.915252657243	1.10986761188	1.93084883757	-0.527106175776	5.67931869322	0.0605956978869	0.0985785271903	0.231297598005	0.0783942753531	-0.229030946963	-0.423391381621	-0.122727635584	0.57696172001	0.145264726699	0.264083752355	-0.0606211593286	-0.0682069371771	0.358841607873	-0.0356612510758	0.300272407228	8.231	-9.377	-15.569
2	6.5725664582	-3.80310223178	-1.86349762734	3.25007373964	2.1952368408	4.73131950448	0.205113295801	0.662857883908	0.102996966718	-0.348711635182	-0.385875640992	-0.0170265954592	-0.34982181162	-0.361751407207	0.164517520138	0.307089595115	-0.00761128164191	-0.016948986361	0.274529810366	0.0343922490003	0.293180174201	-10.722	-8.603	-19.081
3	9.40101659757	-3.68673717757	-5.01324765986	3.85038849589	1.46931128245	2.93174486646	0.222391356396	1.33955303404	-0.760472849094	-0.608672848053	-0.666334240082	0.0869323230606	0.592052321871	-1.02648967767	0.493788215145	0.595053237394	-0.0315599618167	0.0340061187042	0.624607278008	-0.0508594406979	0.318257972604	-8.749	-20.038	-26.921
4	1.63224211891	0.190267591638	0.435074555887	1.65824379309	0.264221644205	1.82398321282	0.0340111375334	-0.0584203382714	0.173673451389	0.298409927648	-0.0696141098857	0.0645289289603	-0.106346812892	-0.295872556724	0.0150025166101	0.43724269128	0.0208221341071	0.0302312414885	0.36808885781	0.0304602956177	0.24727344329	-7.644	-8.222	0.979
5	5.21005343591	-0.0642407987583	0.69404666925	4.71733301128	-1.82615861938	6.5688565857	-0.143082821595	-0.00819896976239	0.0466138255638	0.315537281174	0.540545594885	-0.484235175574	-0.308566427548	-0.391679707676	-0.286671233215	0.316275927654	0.00564515008265	-0.0482514307632	0.408202310037	-0.0318587319093	0.227269671877	12.167	-10.692	-7.798
6	3.90618084954	-0.535876969271	0.164546582023	1.72617741855	-0.457088429064	4.66361545376	0.232948184388	0.0584785753991	0.323061561715	0.135123350237	0.0382035150216	-0.0347184407317	-0.408579286057	0.0291126649238	-0.219070483874	0.326646525863	-0.025205295955	0.0703535677402	0.359215998486	-0.0382322949168	0.275544658461	-41.276	-9.629	-36.503
7	2.3361009678	-1.86788818591	-0.396643257372	1.84069662483	0.489501711499	3.91029979206	-0.369079881911	-0.802286604487	0.357174527015	0.214326463313	0.362731649392	-0.181370167633	-0.0073967994923	0.84170406224	0.07758417343	0.419134188131	-0.0566563018803	-0.0505547259283	0.750854322285	0.0567357069225	0.308339922151	-23.4	-15.697	-33.85
8	3.00431252731	-0.407999601343	-4.66034700474	5.36813239383	-0.417541619956	7.5305476446	-0.0752297488331	-1.12833712373	0.323691899766	0.154610882809	0.0754938803809	-0.798565654205	-0.262254788336	1.32145286645	0.192528993162	0.469885332132	0.0397141342412	0.0549036511924	0.551308691149	0.0171326397791	0.532792433675	-28.929	-26.326	-27.168
9	3.051372244	0.252913558536	-0.815516125223	3.02261902904	-1.84155001225	5.21203236946	-0.186326111951	-0.0623511282492	0.0920150550256	-0.480768376276	-0.0631093545293	-0.528667488506	0.0585334699462	0.978460493676	0.228236824013	0.363151237678	-0.00368661171853	-0.0138294402831	0.544445279667	-0.0249349077913	0.411376048015	-16.397	-13.988	-52.576
10	4.22247859158	-0.346721801722	-0.243385846262	2.94872404038	-0.0572223343615	4.47577145652	0.147860109646	0.11774932471	0.0190025843504	-0.0895786057166	-0.0379407190646	0.0589982123324	0.0385322773823	0.0754070969165	-0.116520704602	0.306934767916	0.00162147482257	0.0509171985814	0.311914857131	-0.0174075418586	0.212743385806	-31.545	-10.824	-54.258
11	5.0391976715	1.32651766261	0.854616991	4.66038987153	1.08963679843	2.66045355053	-0.130615911974	0.97485190173	0.456008953678	-0.0766831130352	0.138514426249	0.218034280456	0.144336833259	0.109295101947	0.076196185725	0.337114209767	0.0268712853707	0.0463165939121	0.293278557893	0.0718469507381	0.322226661579	-44.859	-8.307	-43.73

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 186:271 )	A	186 - 271
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 272:320 )	A	272 - 320
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 321:341 )	A	321 - 341
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 342:560 )	A	342 - 560
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 561:603 )	A	561 - 603
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 185:271 )	B	185 - 271
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 272:320 )	B	272 - 320
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 321:341 )	B	321 - 341
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 342:417 )	B	342 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 418:560 )	B	418 - 560
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 561:602 )	B	561 - 602

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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+
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