PDB-8vel: IsPETase - ACCCC mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vel

タイトル

IsPETase - ACCCC mutant

要素

Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PETase / protein engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Piscinibacter sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.624 Å

データ登録者

Joho, Y. / Royan, S. / Newton, S. / Caputo, A.T. / Ardevol Grau, A. / Jackson, C.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Enhancing PET Degrading Enzymes: A Combinatory Approach.
著者: Joho, Y. / Royan, S. / Caputo, A.T. / Newton, S. / Peat, T.S. / Newman, J. / Jackson, C. / Ardevol, A.

履歴

登録	2023年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vel.cif.gz	163.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vel.ent.gz	130.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vel_validation.pdf.gz	422.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vel_full_validation.pdf.gz	422.2 KB	表示
XML形式データ	8vel_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	8vel_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8vel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8vel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ve9C 8vekC 8vemC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.837, 68.385, 79.122
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase / PET-digesting enzyme 分子量: 28608.896 Da / 分子数: 1 / 変異: A179C, T198C, D186A, N233C, S282C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Piscinibacter sakaiensis (バクテリア) 遺伝子: ISF6_4831 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.138 M ammonium sulfate; 30 w/v polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.624→51.738 Å / Num. obs: 29388 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.155 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.624→1.739 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 1.698 / Num. unique obs: 1469 / CC_1/2: 0.513 / R_pim(I) all: 0.531 / R_rim(I) all: 1.784 / % possible all: 63.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
autoPROC		data processing
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.624→51.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.115 / SU R_free Blow DPI: 0.102 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.096

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1985	1413	-	RANDOM
R_work	0.1768	-	-	-
obs	0.1778	29388	82.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4269 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4992 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0723 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.624→51.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1919	0	10	287	2216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	4083	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.99	7375	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1255	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		694	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2093	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		291	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3711	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.52
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.03

LS精密化シェル

解像度: 1.624→1.69 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2879	24	-
R_work	0.2335	-	-
obs	-	-	14.12 %

精密化 TLS

Origin x: -7.5457 Å / Origin y: 18.3454 Å / Origin z: -14.0631 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0431 Å²	-0.0076 Å²	0.0001 Å²	-	-0.0385 Å²	0.0067 Å²	-	-	-0.0357 Å²
L	1.1845 °²	0.0594 °²	-0.143 °²	-	0.6111 °²	0.0477 °²	-	-	0.7053 °²
S	-0.0235 Å °	-0.0442 Å °	0.0033 Å °	-0.0442 Å °	0.063 Å °	-0.0372 Å °	0.0033 Å °	-0.0372 Å °	-0.0395 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	29 - 290
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	301 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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