PDB-8veh: Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8veh

タイトル

Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Rickettsia bellii

要素

Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA

キーワード

LIPID TRANSPORT / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / LolA

機能・相同性

Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / lipoprotein localization to outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / GLYCINE / TRIETHYLENE GLYCOL / Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA

機能・相同性情報

生物種

Rickettsia bellii RML369-C (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of outer membrane lipoprotein carrier protein (LolA) from Rickettsia bellii
著者: Lovell, S. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2023年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8veh.cif.gz	324.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8veh.ent.gz	264.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8veh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8veh_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8veh_full_validation.pdf.gz	487.2 KB	表示
XML形式データ	8veh_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	8veh_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8veh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/8veh	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA

B: Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA

C: Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA

D: Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA

ヘテロ分子

96.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.802, 71.403, 78.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Outer membrane lipoprotein-sorting protein LolA 分子量: 24006.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia bellii RML369-C (バクテリア) 遺伝子: lolA, RBE_0046 / プラスミド: RibeA.17554.a.VH3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1RKI7
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus Fusion F5: 20% v/v PEG 500 MME; 10 % w/v PEG 20000, 0.04M Imidazole; 0.06M MES monohydrate (acid) pH 6.5, 0.02M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.02M DL-Alanine; 0.02M Glycine; 0.02M ...詳細: Morpheus Fusion F5: 20% v/v PEG 500 MME; 10 % w/v PEG 20000, 0.04M Imidazole; 0.06M MES monohydrate (acid) pH 6.5, 0.02M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.02M DL-Alanine; 0.02M Glycine; 0.02M DL-Lysine monohydrochloride; 0.02M DL-Serine, 0.5% w/v 1,2,4-butanetriol, 0.5% w/v 1,2,6-hexanetriol, 0.5% w/v 1,5 -pentanediol, 0.5% w/v 1,1,1-tris(hydroxymethyl)propane, 0.5% w/v meso-erythritol, RibeA.17554.a.VH3.PW39215 at 28.3 mg/mL. Plate 13404 well F5 drop 2. Puck: PSL-0710, Cryo: direct

結晶

マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.82 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus Fusion F5: 20% v/v PEG 500 MME; 10 % w/v PEG 20000, 0.04M Imidazole; 0.06M MES monohydrate (acid) pH 6.5, 0.02M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.02M DL-Alanine; 0.02M Glycine; 0.02M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月19日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.55 Å / Num. obs: 24006 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.153 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 164327
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.245 / Num. measured all: 20836 / Num. unique obs: 2916 / CC_1/2: 0.6 / R_pim(I) all: 0.501 / R_rim(I) all: 1.344 / Χ²: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5177: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→48.55 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2743	1256	5.24 %
R_work	0.2266	-	-
obs	0.2291	23986	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6165	0	19	60	6244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.82	8515
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.883	2331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	978
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1093

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.7	0.3696	123	0.3579	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.83	0.4122	149	0.3255	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.98	0.355	121	0.2928	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.16	0.3432	144	0.2865	2491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.41	0.3004	165	0.2692	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.75	0.286	149	0.221	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.29	0.2903	132	0.2035	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-5.41	0.1857	120	0.1684	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
5.41-48.55	0.2421	153	0.2077	2588	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8457	1.0326	-1.9138	3.5407	-2.6374	4.3088	-0.0784	-2.1143	0.1712	0.4428	-0.4485	-0.3606	-0.2827	-0.1926	0.5505	0.6341	-0.0521	-0.0387	1.0276	-0.056	0.5052	28.166	6.913	68.388
2	6.0971	0.7823	2.5906	4.0528	0.3692	5.4101	-0.1668	-1.0687	-1.0138	0.2803	-0.0099	0.4693	0.8768	-0.9743	0.2207	0.5187	-0.0882	0.0702	0.8247	0.1566	0.4943	23.297	0.173	62.913
3	3.0834	-1.5076	-0.5086	2.0903	0.4738	3.1071	-0.0184	0.1619	-0.1938	-0.2375	-0.134	-0.2844	0.3101	0.1499	0.0872	0.356	-0.0197	-0.062	0.3744	0.0187	0.5395	40.2	1.902	49.286
4	1.9998	2	1.9997	2	1.9998	2.0001	-2.4326	-3.1634	2.7231	10.851	0.009	7.2214	-6.246	-6.8304	2.4478	1.171	0.4889	-0.2446	0.7689	-0.0983	0.7633	7.876	-7.623	18.028
5	5.4076	1.3704	2.8313	2.178	1.6455	4.048	-0.304	0.2309	-0.016	0.1659	0.273	-0.2721	-0.7156	0.3094	0.0083	0.5232	-0.0778	-0.061	0.4116	0.0295	0.3488	48.128	4.861	23.573
6	3.5235	0.8012	1.9537	3.8606	-0.0867	4.112	0.0366	0.3218	-0.1325	-0.0573	-0.016	-0.3837	0.1686	0.6711	0.0043	0.2883	-0.0139	0.0242	0.5635	-0.1045	0.5124	56.028	-3.142	26.637
7	4.7155	-0.0438	-0.2909	2.8018	0.4213	1.7328	-0.7309	0.6105	1.1904	-0.5293	0.2523	0.1638	0.117	-0.2293	0.678	0.7258	-0.0347	-0.1621	0.5624	0.1805	0.5985	43.538	17.485	17.136
8	5.0906	0.8765	-2.3907	4.8518	-0.0093	8.7249	0.7574	-0.2095	0.2492	-0.2031	-0.4418	0.958	-2.3806	0.3646	-0.1403	0.6444	-0.1308	0.0605	0.4323	-0.0955	0.5877	37.356	18.541	-12.426
9	5.2095	1.4962	-0.1868	2.8391	-1.9354	5.4803	0.6538	-0.2919	-0.1759	0.0045	-0.0102	-0.0062	-0.266	-0.5424	-0.6298	0.3758	-0.005	0.0564	0.2517	0.0249	0.4955	20.113	2.886	-7.955
10	2.2267	0.3507	-1.5344	1.6107	-1.951	4.7187	0.3117	-0.5129	-0.6817	0.3103	-0.2329	-0.0103	0.7656	0.2467	-0.0893	0.6575	0.0255	-0.048	0.5449	0.1017	0.5436	24.253	-1.805	-0.115
11	3.2586	-0.0158	-1.339	5.1173	-0.8265	5.197	0.1277	-0.5523	-0.3011	0.6738	-0.1393	-0.2843	-0.2172	0.6583	-0.0723	0.352	-0.0599	-0.0228	0.4166	0.024	0.3231	37.682	10.039	-13.079
12	3.9559	1.6288	-0.4805	0.7601	-0.2137	3.7942	0.2277	0.1786	0.2352	0.4356	0.2564	0.2954	-0.4611	-0.0475	-0.1428	0.5297	0.0274	0.0999	0.2925	0.0225	0.4886	25.166	6.86	-12.345
13	2.3008	-2.0442	0.2009	1.6389	-0.7517	5.0585	0.4591	-0.3472	0.2024	0.2164	0.285	0.4814	0.3662	-1.1457	-0.6827	0.6056	-0.0609	0.0291	0.6665	0.1686	0.4879	10.867	4.044	1.072
14	1.9493	-1.0623	-0.4155	3.9239	0.7769	2.5268	0.1172	-0.2598	0.095	-0.4942	-0.1316	-0.1154	-0.3026	-0.1807	0.0044	0.2637	-0.0085	-0.0214	0.2658	0.0213	0.2976	11.689	-1.235	31.735
15	2.6467	1.2217	-0.8262	4.3848	-0.119	2.8273	-0.0491	0.5109	0.2601	-0.7558	-0.4156	0.2743	-0.1896	-0.5688	-0.0048	0.552	-0.0078	0.0243	0.4223	0.0668	0.4949	17.29	1.513	21.611
16	3.4781	-1.0989	1.488	5.7654	0.0897	5.1675	-0.0089	-0.2373	0.2323	-0.6352	0.0567	0.1522	-0.2036	0.2163	-0.054	0.3098	-0.0094	0.0463	0.3591	-0.0022	0.4656	-0.316	5.055	32.032
17	3.0409	-0.1546	0.6723	2.2594	-0.1397	2.8812	0.0076	-0.0389	-0.0247	-0.2624	-0.1511	-0.2282	0.1708	-0.039	0.1115	0.3109	0.0009	0.0097	0.2055	-0.0195	0.4123	20.954	-7.379	31.396
18	1.9942	1.4924	-1.1048	3.1491	-0.1016	2.0429	0.0321	-0.4749	-0.1037	0.3433	-0.006	0.1469	-0.1763	-0.3265	-0.0531	0.351	0.013	-0.076	0.4095	0.0296	0.3947	33.396	5.082	54.779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN D AND RESID 101:143 )	D	101 - 143
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN D AND RESID 144:165 )	D	144 - 165
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN D AND RESID 166:212 )	D	166 - 212
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN C AND RESID 301:301 )	C	301
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 23:112 )	A	23 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 113:181 )	A	113 - 181
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 182:212 )	A	182 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 20:37 )	B	20 - 37
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 38:81 )	B	38 - 81
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 82:112 )	B	82 - 112
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 113:154 )	B	113 - 154
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 155:181 )	B	155 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 182:212 )	B	182 - 212
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 22:85 )	C	22 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 86:112 )	C	86 - 112
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 113:165 )	C	113 - 165
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 166:214 )	C	166 - 214
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 23:100 )	D	23 - 100

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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