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- PDB-8vdk: Crystal Structure of LPXTG-motif Cell Wall Anchor Domain Protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vdk
タイトルCrystal Structure of LPXTG-motif Cell Wall Anchor Domain Protein MSCRAMM_SdrD from Staphylococcus aureus
要素Serine-aspartate repeat-containing protein D
キーワードCELL ADHESION / microbial surface components recognizing adhesive matrix molecules (MSCRAMMs) / LPXTG-motif / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


SD-repeat containing protein, B domain / SdrD B-like domain / : / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily / YSIRK type signal peptide ...SD-repeat containing protein, B domain / SdrD B-like domain / : / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine-aspartate repeat-containing protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kim, Y. / Tan, A. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of LPXTG-motif Cell Wall Anchor Domain Protein MSCRAMM_SdrD from Staphylococcus aureus
著者: Kim, Y. / Tan, A. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
履歴
登録2023年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine-aspartate repeat-containing protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,68617
ポリマ－48,7131
非ポリマー97316
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.054, 72.825, 148.453
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Serine-aspartate repeat-containing protein D


分子量: 48713.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1 (黄色ブドウ球菌)
株: JH1 / 遺伝子: sdrD, SAV0562 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q99W47
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.16 M magnesium chloride, 0.08 TrisHCl pH8.5, 24 %(w/v) PEG4000, 20 % (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.33 Å / Num. obs: 44004 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 26.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3111 / CC1/2: 0.9 / Rpim(I) all: 0.228 / Rrim(I) all: 0.824 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→29.33 Å / SU ML: 0.2061 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.6432
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 2124 4.84 %
Rwork0.1785 41803 -
obs0.18 43927 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 55 324 3728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00353481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65644722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0518540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.05461272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.27541460.24752639X-RAY DIFFRACTION97.79
1.84-1.890.26731350.22012759X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.940.2371390.1892771X-RAY DIFFRACTION99.97
1.94-20.23711270.17752738X-RAY DIFFRACTION100
2-2.060.19161450.17812787X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.140.2381490.17832728X-RAY DIFFRACTION99.97
2.14-2.220.23411350.1772772X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.320.1981440.17422742X-RAY DIFFRACTION99.97
2.32-2.450.19991240.18842806X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.60.24181520.19392782X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.80.2211500.212783X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.080.23481480.20172801X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.530.2441460.18032833X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.440.17411250.15482866X-RAY DIFFRACTION99.97
4.44-29.330.17391590.15832996X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.843859387611-0.105371338129-0.7182476291861.351696618620.5849926912491.55264377404-0.00577618661793-0.06195460625470.01175579326060.147578141985-0.0537320706316-0.0140300339391-0.05157423754960.05457897812550.05843641721020.214097388158-0.0309999890805-0.0421234476490.2238613626340.02394366201570.21329294579711.4015141653-3.16493575737-15.9348726511
23.452694177812.009614381-1.432792787614.20538409766-0.8215827238122.918629645270.313839464687-0.5470512065120.02818771977830.70362375132-0.2747749850090.0217058953572-0.3239440790120.1246571029070.02010178529770.363155235039-0.0147486190923-0.008551998830820.2833768025350.001213507743060.205486130611-3.19015788829-4.1855553917511.5136233895
31.52810549823-0.503821532287-2.03750549730.5065763363680.9477979481344.049991269710.123436168080.02825413866990.1584360538850.05523949053460.00720133945691-0.0650112756737-0.139189908052-0.2906859705350.07787087404780.1967326804510.0184992598233-0.03987114382450.1977184297130.03468922318350.221741880664-4.36046996554-11.1157778435-12.9895958777
43.02023887526-0.271099432627-0.2268647315741.82618491880.03216274255161.480221430980.04439194170120.08565016979590.137333191155-0.0875622646906-0.0795725155431-0.03667312462320.0274285854046-0.019467180890.02413434701320.1923767076190.01276059216-0.01432548787330.176936697523-0.02441286719140.1855268765745.42886869952-26.0819347297-44.2789516982
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 170 )1 - 1701 - 170
22chain 'A' and (resid 171 through 281 )171 - 281171 - 281
33chain 'A' and (resid 282 through 340 )282 - 340282 - 333
44chain 'A' and (resid 341 through 439 )341 - 439334 - 432

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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