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- PDB-8vdh: Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAGAAGGAAGTGGG) in T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vdh
タイトルHuman PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAGAAGGAAGTGGG) in Ternary Complex with DB2447
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*TP*AP*T)-3')
  • Transcription factor PU.1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Minor groove binder / DNA binding small molecule / diamidine / PU.1 / transcription factor / transcriptional inhibition / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / anatomical structure regression / pro-T cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / follicular B cell differentiation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / germinal center B cell differentiation ...positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / anatomical structure regression / pro-T cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / follicular B cell differentiation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / germinal center B cell differentiation / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / granulocyte differentiation / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / endothelial to hematopoietic transition / negative regulation of adipose tissue development / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / pericyte cell differentiation / immature B cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / defense response to tumor cell / positive regulation of p38MAPK cascade / oncogene-induced cell senescence / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of B cell differentiation / DNA-binding transcription repressor activity / STAT family protein binding / DNA-binding transcription activator activity / interleukin-6-mediated signaling pathway / NFAT protein binding / cellular response to ethanol / macrophage differentiation / somatic stem cell population maintenance / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein sequestering activity / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / erythrocyte differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Transcription factor PU.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
DNA molecule (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Terrell, J.R. / Ogbonna, E.N. / Poon, G.M.K. / Wilson, W.D.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111749 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL155178 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB2028902 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137160 米国
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2024
タイトル: Single GC base pair recognition by a heterocyclic diamidine: structures, affinities, and dynamics.
著者: Ogbonna, E.N. / Terrell, J.R. / Paul, A. / Farahat, A.A. / Poon, G.M.K. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D.
履歴
登録2023年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*TP*AP*T)-3')
F: Transcription factor PU.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6074
ポリマ－22,2323
非ポリマー3751
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.049, 61.062, 44.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.306, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')


分子量: 5060.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*TP*AP*T)-3')


分子量: 4735.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#3: タンパク質 Transcription factor PU.1 / 31 kDa-transforming protein


分子量: 12436.583 Da / 分子数: 1 / Fragment: ETS-Domain UNP residues 165-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17947
#4: 化合物 ChemComp-A1AAQ / 4,4'-[pyridine-2,6-diylbis(methyleneoxy)]di(benzene-1-carboximidamide)


分子量: 375.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→24.18 Å / Num. obs: 25020 / % possible obs: 97.21 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 20.88 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06574 / Rpim(I) all: 0.0366 / Rrim(I) all: 0.07556 / Net I/σ(I): 11.37
反射 シェル解像度: 1.64→1.699 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / Num. unique obs: 2501 / CC1/2: 0.97 / CC star: 0.992 / Rpim(I) all: 0.1676 / Rrim(I) all: 0.3482 / % possible all: 98.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→24.18 Å / SU ML: 0.1512 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8996
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2076 1932 7.89 %
Rwork0.1819 22558 -
obs0.184 24490 97.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→24.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数757 634 28 216 1635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00921521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22632171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0569227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0117163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.4647636
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.680.27271350.22161612X-RAY DIFFRACTION98.7
1.68-1.730.25391560.2081626X-RAY DIFFRACTION99.28
1.73-1.780.2371190.20961665X-RAY DIFFRACTION99.44
1.78-1.830.25651440.20951628X-RAY DIFFRACTION99.77
1.83-1.90.26581360.23231629X-RAY DIFFRACTION98.38
1.9-1.980.41191150.31941331X-RAY DIFFRACTION80.6
1.98-2.070.23351500.20471640X-RAY DIFFRACTION99.89
2.07-2.170.26911230.21341664X-RAY DIFFRACTION99.78
2.18-2.310.27441330.23341477X-RAY DIFFRACTION89
2.31-2.490.23031360.18151652X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.740.19971510.18061656X-RAY DIFFRACTION99.89
2.74-3.130.21721400.18021651X-RAY DIFFRACTION99.5
3.14-3.950.17461410.15481643X-RAY DIFFRACTION97.7
3.95-24.180.14251530.14141684X-RAY DIFFRACTION99.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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