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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vcr | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike S2 bound to Fab 54043-5 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 spike / S2 subunit / viral fusion / monoclonal antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Johnson, N.V. / McLellan, J.S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Discovery and Characterization of a Pan-betacoronavirus S2-binding antibody 著者: Johnson, N.V. / Wall, S.C. / Kramer, K.J. / Holt, C.M. / Periasamy, S. / Richardson, S. / Suryadevara, N. / Andreano, E. / Paciello, I. / Pierleoni, G. / Piccini, G. / Huang, Y. / Ge, P. / ...著者: Johnson, N.V. / Wall, S.C. / Kramer, K.J. / Holt, C.M. / Periasamy, S. / Richardson, S. / Suryadevara, N. / Andreano, E. / Paciello, I. / Pierleoni, G. / Piccini, G. / Huang, Y. / Ge, P. / Allen, J.D. / Uno, N. / Shiakolas, A.R. / Pilewski, K.A. / Nargi, R.S. / Sutton, R.E. / Abu-Shmais, A.A. / Parks, R. / Haynes, B.F. / Carnahan, R.H. / Crowe Jr., J.E. / Rappuoli, R. / Bukreyev, A. / Ross, T.M. / Sautto, G.A. / McLellan, J.S. / Georgiev, I.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vcr.cif.gz | 378 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vcr.ent.gz | 297.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vcr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/8vcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/8vcr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 43139MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65948.469 Da / 分子数: 3 変異: S704C, K790C, F817P, A892P, A899P, A942P, Q957E, K986P, V987P 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): Freestyle 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | 分子量: 25130.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23294.916 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126621 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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