[日本語] English
万見
- PDB-8vcn: GluER mutant - W66F F269Y Q293T F68Y T36E P263L -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vcn
タイトルGluER mutant - W66F F269Y Q293T F68Y T36E P263L
要素N-ethylmaleimide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / G OXYDANS / OLD YELLOW ENZYME / LACTAM CYCLASE / GLUER MUTANT
機能・相同性Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FMN binding / Aldolase-type TIM barrel / oxidoreductase activity / ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Alkene reductase
機能・相同性情報
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Sorigue, D.R. / Liu, Y. / Hyster, T.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM127703-08 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Asymmetric Synthesis of alpha-Chloroamides via Photoenzymatic Hydroalkylation of Olefins.
著者: Liu, Y. / Bender, S.G. / Sorigue, D. / Diaz, D.J. / Ellington, A.D. / Mann, G. / Allmendinger, S. / Hyster, T.K.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-ethylmaleimide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9447
ポリマ－40,1261
非ポリマー8186
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.887, 90.914, 74.872
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.131, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-680-

HOH

21A-687-

HOH

31A-809-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 N-ethylmaleimide reductase / NADH oxidase


分子量: 40126.031 Da / 分子数: 1 / 変異: T36E, W66F, F68Y, P263L, F269Y, Q293T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
遺伝子: nox, AD934_01855, AD950_09540, EDC20_102158 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1E8I9
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 4% v/v Tacsimate, pH 4.0, and 20% w/v polyethylene glycol 3350
Temp details: constant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: constant / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月25日
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→27.81 Å / Num. obs: 57386 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 12.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.47→1.51 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3661 / CC1/2: 0.711 / Rpim(I) all: 0.368 / Rrim(I) all: 0.831 / Χ2: 0.72 / % possible all: 85.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→27.81 Å / SU ML: 0.1313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.1978
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1838 2911 5.17 %RANDOM
Rwork0.1573 53420 --
obs0.1587 56331 97.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→27.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2765 0 24 443 3232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00542913
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88633969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.63481086
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.47-1.50.31811060.26851916X-RAY DIFFRACTION73.74
1.5-1.520.2581250.24812524X-RAY DIFFRACTION94.84
1.52-1.550.24921380.22982482X-RAY DIFFRACTION95.76
1.55-1.580.24141200.2132501X-RAY DIFFRACTION96.18
1.58-1.610.24461370.20562531X-RAY DIFFRACTION96.18
1.61-1.650.25561400.19412519X-RAY DIFFRACTION96.8
1.65-1.690.20981730.18772474X-RAY DIFFRACTION97.24
1.69-1.730.19581340.17822573X-RAY DIFFRACTION97.87
1.73-1.780.21841360.17442596X-RAY DIFFRACTION97.92
1.78-1.830.21231540.16632567X-RAY DIFFRACTION98.73
1.83-1.890.19391560.15732526X-RAY DIFFRACTION98.46
1.89-1.960.16351350.15152618X-RAY DIFFRACTION98.96
1.96-2.030.1671330.15172607X-RAY DIFFRACTION99.28
2.03-2.130.17721260.15242611X-RAY DIFFRACTION99.45
2.13-2.240.16421510.15082588X-RAY DIFFRACTION99.42
2.24-2.380.18121350.15162598X-RAY DIFFRACTION99.42
2.38-2.560.20221300.15442623X-RAY DIFFRACTION99.71
2.56-2.820.16861450.15722643X-RAY DIFFRACTION99.89
2.82-3.230.18041290.14542639X-RAY DIFFRACTION99.96
3.23-4.060.16151530.13062625X-RAY DIFFRACTION99.75
4.06-27.810.15231550.13432659X-RAY DIFFRACTION99.75

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る