PDB-8vc9: Hybrid response regulator LvrB from Leptospira / phosphorylated R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vc9

タイトル

Hybrid response regulator LvrB from Leptospira / phosphorylated REC form

要素

Leptospira virulence regulator B (LvrB)

キーワード

SIGNALING PROTEIN / two component systems / hybrid response regulator / seudo-phosphorylated form

機能・相同性

PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

機能・相同性情報

生物種

Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Mechaly, A. / Buschiazzo, A.

資金援助

ウルグアイ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coiled coil formation and symmetry breaking activates the Leptospira virulence regulator LvrB, a hybrid response regulator
著者: Agustoni, E. / Mechaly, A. / Dalla Rizza, J. / Isaikina, P. / Trajtenberg, F. / Muntener, T. / Wunder, E. / Ko, A.I. / Schirmer, T. / Buschiazzo, A. / Hiller, S.

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vc9.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vc9.ent.gz	769.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vc9_validation.pdf.gz	6.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vc9_full_validation.pdf.gz	6.7 MB	表示
XML形式データ	8vc9_validation.xml.gz	89.1 KB	表示
CIF形式データ	8vc9_validation.cif.gz	112.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/8vc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/8vc9	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (2) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (2)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

B: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

C: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

D: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

E: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

F: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

B: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
88.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

D: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
88.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

F: Leptospira virulence regulator B (LvrB)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
88.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.074, 102.327, 184.476
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.490, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 3 through 17 or (resid 18...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 3 through 4 or (resid 5...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 3 through 4 or (resid 5...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 3 through 4 or (resid 5...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 3 through 4 or (resid 5...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 3 through 4 or (resid 5...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	LYS	LYS	ASP	ASP	A	A	3 - 107	3 - 107
d_1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	A	A	109 - 213	109 - 213
d_1	3	GLY	GLY	SER	SER	A	A	217 - 335	217 - 335
d_1	4	GLY	GLY	ASP	ASP	A	A	339 - 378	339 - 378
d_2	1	LYS	LYS	ASP	ASP	B	B	3 - 107	3 - 107
d_2	2	ILE	ILE	SER	SER	B	B	109 - 335	109 - 335
d_2	3	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	339 - 378	339 - 378
d_3	1	LYS	LYS	ASP	ASP	C	C	3 - 107	3 - 107
d_3	2	ILE	ILE	ARG	ARG	C	C	109 - 213	109 - 213
d_3	3	GLY	GLY	SER	SER	C	C	217 - 335	217 - 335
d_3	4	GLY	GLY	ASP	ASP	C	C	339 - 378	339 - 378
d_4	1	LYS	LYS	ASP	ASP	D	D	3 - 107	3 - 107
d_4	2	ILE	ILE	ARG	ARG	D	D	109 - 213	109 - 213
d_4	3	GLY	GLY	ASP	ASP	D	D	217 - 378	217 - 378
d_5	1	LYS	LYS	ASP	ASP	E	E	3 - 107	3 - 107
d_5	2	ILE	ILE	ARG	ARG	E	E	109 - 213	109 - 213
d_5	3	GLY	GLY	SER	SER	E	E	217 - 335	217 - 335
d_5	4	GLY	GLY	ASP	ASP	E	E	339 - 378	339 - 378
d_6	1	LYS	LYS	ASP	ASP	F	F	3 - 107	3 - 107
d_6	2	ILE	ILE	ARG	ARG	F	F	109 - 213	109 - 213
d_6	3	GLY	GLY	SER	SER	F	F	217 - 335	217 - 335
d_6	4	GLY	GLY	ASP	ASP	F	F	339 - 378	339 - 378

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999810614003, -0.0125120356753, 0.0149058743806), (0.0130037188137, -0.999358840107, 0.0333588368553), (0.0144789303749, 0.0335463509578, 0.99933227853)	93.4358866207, -12.7721868947, 0.291037527902
2	given	(0.300684508981, -0.952587831007, -0.0465322498542), (-0.953632016284, -0.300973920359, -0.000822667717643), (-0.013221330405, 0.0446220066894, -0.99891644943)	28.3117317895, 38.6095815672, 60.1311067128
3	given	(-0.325574032479, 0.941914559092, -0.0824530942167), (0.945166037264, 0.326587781875, -0.00125806733851), (0.0257431812065, -0.0783414583774, -0.996594152361)	70.3948564218, -47.4619438621, 57.2085350972
4	given	(0.654905638829, 0.753424312192, 0.0587401909024), (0.755678415228, -0.653614455475, -0.0416926414701), (0.00698118816807, 0.0716934403677, -0.997402282743)	-33.9294807817, -55.9520450811, 122.072844846
5	given	(-0.634535834491, -0.772887554619, 0.00301706195147), (-0.77280359389, 0.634516755491, 0.0127707584475), (-0.0117847366276, 0.00577190754945, -0.999913898826)	22.8084558472, 18.1116714578, 122.44796899

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Leptospira virulence regulator B (LvrB) 分子量: 43426.566 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア) 遺伝子: lic11708 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 64分子

#2: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→49.3 Å / Num. obs: 94420 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 72.78 Å² / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4642 / R_pim(I) all: 0.493 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→49.27 Å / SU ML: 0.4637 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 33.8785
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	9089	4.91 %
R_work	0.2103	175875	-
obs	0.2124	94249	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 101.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→49.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17849	0	242	36	18127

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	18397
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1744	24907
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1102	2799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3173
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.111	6853

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.61666360638
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.8444545016
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.67039894396
ens_1	d_5	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	3.17300762508
ens_1	d_6	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.80182183136

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.68	0.4862	308	0.4436	5885	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.68-2.71	0.3989	264	0.3943	5817	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.71-2.74	0.4277	345	0.371	5907	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.74-2.78	0.4369	289	0.3572	5840	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.78-2.82	0.4188	292	0.341	5925	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.82-2.85	0.3602	272	0.3124	5821	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.85-2.9	0.3684	296	0.3003	5961	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.9-2.94	0.3789	316	0.2912	5759	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.94-2.98	0.3558	322	0.2843	5885	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.98-3.03	0.3519	315	0.3	5789	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.03-3.09	0.324	307	0.2961	5907	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.09-3.14	0.3643	359	0.3069	5786	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.14-3.2	0.3769	354	0.29	5780	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.2-3.27	0.3094	278	0.2787	5942	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.27-3.34	0.3258	318	0.2618	5790	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.34-3.42	0.308	294	0.2447	5942	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.42-3.5	0.3471	279	0.2409	5906	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.5-3.6	0.2709	292	0.2279	5773	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.6-3.7	0.2861	280	0.2252	5913	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.7-3.82	0.2695	337	0.2231	5862	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.82-3.96	0.2622	288	0.2019	5829	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.96-4.12	0.2239	316	0.1816	5916	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4.12-4.3	0.219	264	0.1673	5909	X-RAY DIFFRACTION	99.66
4.3-4.53	0.1891	311	0.1633	5826	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.53-4.81	0.1774	323	0.1516	5872	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.81-5.19	0.2347	271	0.1686	5894	X-RAY DIFFRACTION	99.63
5.19-5.71	0.2267	312	0.1972	5904	X-RAY DIFFRACTION	99.73
5.71-6.53	0.2343	275	0.202	5842	X-RAY DIFFRACTION	99.74
6.53-8.22	0.2243	303	0.185	5877	X-RAY DIFFRACTION	99.52
8.22-49.27	0.1797	309	0.1596	5816	X-RAY DIFFRACTION	98.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.91654324043	-0.415316767737	1.063124296	3.30700277338	-0.501741710118	8.53294743413	-0.00592758098907	-0.262385240982	0.0161163101331	0.649623340613	0.0983120627487	-0.349098370815	-0.158406162795	0.953506433492	-0.0966173109103	0.531896911621	-0.0913994968776	-0.114096516436	0.535013198066	0.0179922091143	0.718232552347	71.1080828867	0.250572258252	21.1096375234
2	0.560166686272	0.168820770696	-0.750345909223	-0.13748117751	-0.479507765004	6.04499351554	0.138247707345	-0.026547354393	0.0477012300728	0.420247020553	0.065195322554	-0.13358712805	-0.716980728187	-0.729572820801	-0.212715100445	1.49449541738	0.000202877920482	-0.0918392454576	0.664891958699	0.0214191871393	0.79099768583	54.2729566539	3.90627475363	58.8729936782
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 101 )	A	A	2 - 101	1 - 100
2	2	chain 'A' and (resid 102 through 179 )	A	A	102 - 179	101 - 178
3	3	chain 'A' and (resid 180 through 214 )	A	A	180 - 214	179 - 213
4	4	chain 'A' and (resid 215 through 380 )	A	A	215 - 380	214 - 379
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 212 )	B	F	1 - 212	1 - 212
6	6	chain 'B' and (resid 213 through 379 )	B	F	213 - 379	213 - 376
7	7	chain 'C' and (resid 1 through 178 )	C	K	1 - 178	1 - 178
8	8	chain 'C' and (resid 179 through 212 )	C	K	179 - 212	179 - 212
9	9	chain 'C' and (resid 213 through 378 )	C	K	213 - 378	213 - 378
10	10	chain 'D' and (resid 1 through 178 )	D	P	1 - 178	1 - 178
11	11	chain 'D' and (resid 179 through 212 )	D	P	179 - 212	179 - 212
12	12	chain 'D' and (resid 213 through 381 )	D	P	213 - 381	213 - 378
13	13	chain 'E' and (resid 3 through 212 )	E	U	3 - 212	1 - 210
14	14	chain 'E' and (resid 213 through 380 )	E	U	213 - 380	211 - 376
15	15	chain 'F' and (resid 3 through 212 )	F	Z	3 - 212	1 - 210
16	16	chain 'F' and (resid 213 through 380 )	F	Z	213 - 380	211 - 378

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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