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- PDB-8vc7: Crystal Structure of Human BTN2A1 ectodomain in complex with Anta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vc7
タイトルCrystal Structure of Human BTN2A1 ectodomain in complex with Antagonist 2A1.9 Fab
要素
  • Butyrophilin subfamily 2 member A1
  • Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain
  • Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / Inhibitor / Complex / Antibody / Immune Recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / regulation of cytokine production / lipid metabolic process / T cell receptor signaling pathway / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 2 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Ramesh, A. / Roy, S. / Adams, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Mapping the extracellular molecular architecture of the pAg-signaling complex with α-Butyrophilin antibodies.
著者: Amrita Ramesh / Sobhan Roy / Tomasz Slezak / James Fuller / Hortencia Graves / Murad R Mamedov / Alexander Marson / Anthony A Kossiakoff / Erin J Adams /
要旨: Target cells trigger Vγ9Vδ2 T cell activation by signaling the intracellular accumulation of phospho-antigen metabolites (pAgs) through Butyrophilin (BTN)-3A1 and BTN2A1 to the Vγ9Vδ2 T cell ...Target cells trigger Vγ9Vδ2 T cell activation by signaling the intracellular accumulation of phospho-antigen metabolites (pAgs) through Butyrophilin (BTN)-3A1 and BTN2A1 to the Vγ9Vδ2 T cell receptor (TCR). An incomplete understanding of the molecular dynamics in this signaling complex hampers Vγ9Vδ2 T cell immunotherapeutic efficacy. A panel of engineered α-BTN3A1 and α-BTN2A1 antibody (mAb) reagents was used to probe the roles of BTN3A1 and BTN2A1 in pAg signaling. Modified α-BTN3A1 mAbs with increased inter-Fab distances establish that tight clustering of BTN3A1 is not necessary to stimulate Vγ9Vδ2 T cell activation, and that antagonism may occur through occlusion of a critical binding interaction between BTN3A1 and a yet unknown co-receptor. Finally, a panel of additional α-BTN2A1 antagonists utilize different biophysical mechanisms to compete with Vγ9Vδ2 TCRs for BTN2A1 binding. The complex structures of BTN2A1 ectodomain and Fabs from three antagonist mAbs provide molecular insights into BTN2A1 epitopes critical for pAg-signaling.
履歴
登録2023年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain
J: Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain
C: Butyrophilin subfamily 2 member A1
A: Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain
B: Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain
E: Butyrophilin subfamily 2 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,74811
ポリマ－147,6416
非ポリマー1,1065
水00
1
D: Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain
J: Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain
C: Butyrophilin subfamily 2 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4846
ポリマ－73,8213
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain
B: Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain
E: Butyrophilin subfamily 2 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2635
ポリマ－73,8213
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.915, 200.976, 206.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain


分子量: 23258.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Light chain of Herceptin Fab scaffold with CDR loops modified through phage-display evolution. (CDR1: VSSAV) (CDR2: IYSASSLY) (CDR3: SSSSLIT). N-terminal (S) residue is a linker/restriction ...詳細: Light chain of Herceptin Fab scaffold with CDR loops modified through phage-display evolution. (CDR1: VSSAV) (CDR2: IYSASSLY) (CDR3: SSSSLIT). N-terminal (S) residue is a linker/restriction enzyme artifact, disordered and not modeled.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 抗体 Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain


分子量: 24836.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Heavy chain of Herceptin Fab scaffold with CDR loops modified through phage-display evolution. (CDR1: NLYSSSI) (CDR2: YIYPSSGYTS) (CDR3: YYYTRGYPDGMDY). N-terminal (EISE) is a ...詳細: Heavy chain of Herceptin Fab scaffold with CDR loops modified through phage-display evolution. (CDR1: NLYSSSI) (CDR2: YIYPSSGYTS) (CDR3: YYYTRGYPDGMDY). N-terminal (EISE) is a linker/restriction enzyme artifact and first residue of Fab, and disordered and not modeled. Middle (SSKSTSG) and C-terminal (KSCDKTHT) residues were disordered and not modeled.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: タンパク質 Butyrophilin subfamily 2 member A1


分子量: 25725.307 Da / 分子数: 2 / Mutation: C219S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BTN2A1 ectodomain with C219S mutation, and N- and C-terminal linkers. N-terminal (ADL) and C-terminal (VSPSGSGLEVLFQ) residues are disordered and not modeled. 3 glycans are denoted as NAG.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN2A1, BT2.1, BTF1 / プラスミド: pAc-GP67a / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7KYR7
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 % / 解説: Overlapping large plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Optimized well-G9 from Morpheus MIDAS MD1-76-HT Screen: - 0.1M Buffer System 3, pH 8.3 (Buffer System 3 1M Stock: 50.3% 1M Bicine, 49.7% 1M Tris) - 0.1M Carboxylic Acids Mix (Carboxylic Acids ...詳細: Optimized well-G9 from Morpheus MIDAS MD1-76-HT Screen: - 0.1M Buffer System 3, pH 8.3 (Buffer System 3 1M Stock: 50.3% 1M Bicine, 49.7% 1M Tris) - 0.1M Carboxylic Acids Mix (Carboxylic Acids Mix 1M Stock: 0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate) - 20% Precipitant mix 1 (Precipitant mix 1 60% Stock: 40% v/v PEG500 MME; 20% w/v PEG20000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.195 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月31日
詳細: Mirror: Flat bent collimating Rh coated mirror, toroidal focussing mirror
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→39.46 Å / Num. obs: 49431 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.29 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.76→2.85 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.424 / Num. unique obs: 4503 / Rpim(I) all: 0.711 / Rrim(I) all: 1.595 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5015精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.76→39.46 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2607 1998 4.04 %
Rwork0.2177 --
obs0.2194 49406 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→39.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9727 0 70 0 9797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8983534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.830.38151360.33963375X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.910.38311460.31133274X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.990.36651420.28823400X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.090.37681290.28833287X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.20.30311410.2783377X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.330.32991470.28783298X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.480.23971420.22513374X-RAY DIFFRACTION99
3.48-3.660.28691430.21883339X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.890.25771420.20873365X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.190.22721370.19163401X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.610.20341470.15233391X-RAY DIFFRACTION100
4.61-5.280.17271470.15383404X-RAY DIFFRACTION99
5.28-6.640.22821450.19343503X-RAY DIFFRACTION100
6.64-39.460.24191540.20493620X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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