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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vc5 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of glutamyl-tRNA synthetase GluRS from Pseudomonas aeruginosa (Zinc bound) | |||||||||
要素 | Glutamate--tRNA ligase | |||||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / GLUTAMATE--TRNA LIGASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルタミン酸tRNAリガーゼ / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of glutamyl-tRNA synthetase GluRS from Pseudomonas aeruginosa (Zinc bound) 著者: Seibold, S. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Fenwick, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vc5.cif.gz | 398.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vc5.ent.gz | 325.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/8vc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/8vc5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 57857.371 Da / 分子数: 2 / 断片: PsaeA.01348.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: gltX, PA3134 / プラスミド: PsaeA.01348.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XCL6, グルタミン酸tRNAリガーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 121分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-2PE / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Berkeley D8: 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM MES / Sodium hydroxide pH 5.5, 100 mM Ammonium citrate dibasic, 5% (v/v) 2-Propanol. PsaeA.01348.a.B1.PW37887 at 46 mg/mL. plate 13731 well D8 drop 3. ...詳細: Berkeley D8: 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM MES / Sodium hydroxide pH 5.5, 100 mM Ammonium citrate dibasic, 5% (v/v) 2-Propanol. PsaeA.01348.a.B1.PW37887 at 46 mg/mL. plate 13731 well D8 drop 3. Puck: PSL-1902, Cryo: 80% crystallant + 20% ethylene glycol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月24日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→46.81 Å / Num. obs: 52286 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 528827 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.37 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 1.341 / Num. measured all: 43283 / Num. unique obs: 4476 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.444 / Rrim(I) all: 1.414 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→45.33 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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