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万見
- PDB-8vbs: E. coli cysteine desulfurase SufS bound to SufE C51A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vbs
タイトルE. coli cysteine desulfurase SufS bound to SufE C51A
要素
  • Cysteine desulfurase
  • Cysteine desulfuration protein SufE
キーワードTRANSFERASE / pyridoxal 5'-phosphate / cysteine desulfurase / transpersulfurase / iron-sulfur cluster / persulfide
機能・相同性
機能・相同性情報


selenium compound metabolic process / Hydrolases; Acting on carbon-sulfur bonds; Acting on carbon-sulfur bonds / cysteine sulfinate desulfinase activity / selenocysteine lyase / selenocysteine lyase activity / sulfur compound metabolic process / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / iron-sulfur cluster assembly ...selenium compound metabolic process / Hydrolases; Acting on carbon-sulfur bonds; Acting on carbon-sulfur bonds / cysteine sulfinate desulfinase activity / selenocysteine lyase / selenocysteine lyase activity / sulfur compound metabolic process / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / iron-sulfur cluster assembly / pyridoxal phosphate binding / hydrolase activity / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfuration protein SufE / Fe-S metabolism associated domain, SufE-like / Fe-S metabolism associated domain / Cysteine desulfurase, SufS / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine desulfuration protein SufE / Cysteine desulfurase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Dunkle, J.A. / Frantom, P.A. / Gilbert, N.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142966 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112919 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The structure of the SufS-SufE complex reveals interactions driving protected persulfide transfer in iron-sulfur cluster biogenesis.
著者: Gogar, R.K. / Chhikara, N. / Vo, M. / Gilbert, N.C. / Dunkle, J.A. / Frantom, P.A.
履歴
登録2023年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase
C: Cysteine desulfuration protein SufE
B: Cysteine desulfurase
D: Cysteine desulfuration protein SufE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,0004
ポリマ－121,0004
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.492, 130.567, 101.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase


分子量: 44740.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: sufS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77444, cysteine desulfurase
#2: タンパク質 Cysteine desulfuration protein SufE


分子量: 15759.246 Da / 分子数: 2 / Mutation: C51A, E107C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: sufE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7Q7S7
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 24.5-31.5% w/v PEG2000 MME, 0.1 M KSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.31→79.97 Å / Num. obs: 15872 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 11.23 % / Biso Wilson estimate: 95.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 16.87
反射 シェル解像度: 3.31→3.51 Å / 冗長度: 12.08 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 4.28 / % possible all: 53.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.31→60.22 Å / SU ML: 0.437 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.292
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 2948 10.03 %
Rwork0.231 --
obs0.235 15754 84.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 148 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→60.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8374 0 0 0 8374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51411618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5463104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051505
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.31-3.370.4649780.3679718X-RAY DIFFRACTION48
3.37-3.420.3034840.3374777X-RAY DIFFRACTION52
3.42-3.490.4229940.2943865X-RAY DIFFRACTION57
3.49-3.550.3781970.2946894X-RAY DIFFRACTION61
3.55-3.630.36821090.2909992X-RAY DIFFRACTION65
3.63-3.70.31931220.29961035X-RAY DIFFRACTION71
3.7-3.790.35031250.29311123X-RAY DIFFRACTION74
3.79-3.890.37381300.29291188X-RAY DIFFRACTION80
3.89-3.990.33391400.27621252X-RAY DIFFRACTION84
3.99-4.110.31391540.27131355X-RAY DIFFRACTION90
4.11-4.240.27821630.27131445X-RAY DIFFRACTION98
4.24-4.390.26441640.27051503X-RAY DIFFRACTION99
4.39-4.570.25371700.23381451X-RAY DIFFRACTION99
4.57-4.780.29851610.23631468X-RAY DIFFRACTION99
4.78-5.030.28621610.24551492X-RAY DIFFRACTION99
5.03-5.340.33431640.23511471X-RAY DIFFRACTION99
5.34-5.750.29031620.24871471X-RAY DIFFRACTION99
5.75-6.330.2781710.261502X-RAY DIFFRACTION100
6.33-7.250.2611630.23921472X-RAY DIFFRACTION98
7.25-9.130.1951700.16781483X-RAY DIFFRACTION100
9.13-60.220.1991660.14811484X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5620.2788-0.16943.18910.70916.0137-0.2834-0.20150.4946-0.3146-0.07880.1524-2.6325-0.18340.32272.76190.453-0.39590.9843-0.09320.8462.36726.65821.849
27.8573-1.607-1.46814.7541-0.68890.5546-0.44250.3816-0.5426-0.13430.1320.0213-1.12920.17380.2922.01460.2969-0.13261.5753-0.08460.748820.76812.90151.722
32.68870.1357-0.25191.54380.24464.9026-0.4077-0.07950.33840.0415-0.0994-0.3669-1.45610.74530.51541.8873-0.1746-0.17670.94840.23680.810525.87711.3727.53
45.6861-1.0452-0.25562.99321.04150.40940.62650.69560.31930.3586-0.39670.294-1.8346-0.2028-0.25752.67440.48780.10751.8280.17230.83067.59223.491-24.944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 2:405 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C AND RESID 3:138 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 2:405 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND RESID 3:137 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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