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万見
- PDB-8vau: Nicotinamide Riboside and CD38: Covalent Inhibition and Live-Cell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vau
タイトルNicotinamide Riboside and CD38: Covalent Inhibition and Live-Cell Labeling
要素ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Nicotinamide Riboside / CD38 / Nucleoside / Inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / positive regulation of vasoconstriction / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / response to progesterone / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / female pregnancy / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / transferase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nicotinamide riboside / alpha-D-ribofuranose / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kao, G. / Zhang, X.N. / Nasertorabi, F. / Katz, B.B. / Li, Z. / Dai, Z. / Zhang, Z. / Zhang, L. / Louie, S.G. / Cherezov, V. / Zhang, Y.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM137901 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)R01EB031830 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA276240 米国
Other private
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2024
タイトル: Nicotinamide Riboside and CD38: Covalent Inhibition and Live-Cell Labeling.
著者: Kao, G. / Zhang, X.N. / Nasertorabi, F. / Katz, B.B. / Li, Z. / Dai, Z. / Zhang, Z. / Zhang, L. / Louie, S.G. / Cherezov, V. / Zhang, Y.
履歴
登録2023年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
B: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3386
ポリマ－59,5272
非ポリマー8114
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.627, 51.351, 100.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / 2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase 1 / ADPRC 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 29763.738 Da / 分子数: 2 / 変異: N100D, N164A, N209D, N219D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pFuse / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase
#2: 化合物 ChemComp-NNR / Nicotinamide riboside / 3-(aminocarbonyl)-1-beta-D-ribofuranosylpyridinium / ニコチンアミドリボシド


分子量: 255.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H15N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose / α-D-リボフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DRibfaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 % / 解説: Large two dimentional, thin platelets
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM HEPES pH 7.0, 14-16% PEG 3350 / PH範囲: 6.8 - 7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月6日 / 詳細: Flat side-deflecting, Rh-coated Si mirror.
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double-crystal Si(111) monochromator with a 0.01% energy bandpass
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→34.71 Å / Num. obs: 33411 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.1-2.214.40.6872.549650.8480.35599.2
2.21-2.350.4863.346420.9030.252
2.35-2.514.242950.9470.182
2.51-2.714.540480.9760.119
2.71-2.974.537400.9850.085

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
SCALAv. 3.3.22データスケーリング
XDSデータ削減
PHASERv. 2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→34.71 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 1710 5.12 %
Rwork0.1885 --
obs0.19 33368 97.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4049 0 54 300 4403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5325821
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.861586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004745
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.160.34381470.2882624X-RAY DIFFRACTION98
2.16-2.230.27561620.26192669X-RAY DIFFRACTION99
2.23-2.310.28221390.24772676X-RAY DIFFRACTION99
2.31-2.40.30481400.23322638X-RAY DIFFRACTION98
2.4-2.510.26771330.22542608X-RAY DIFFRACTION96
2.51-2.650.27371400.2132616X-RAY DIFFRACTION98
2.65-2.810.24211560.20592677X-RAY DIFFRACTION98
2.81-3.030.21021580.19972655X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.330.19911430.18192646X-RAY DIFFRACTION98
3.33-3.810.19091200.15822564X-RAY DIFFRACTION94
3.81-4.80.16641480.14252653X-RAY DIFFRACTION96
4.8-34.710.2061240.18072632X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5439-0.17020.11180.859-0.17820.2710.0267-0.0218-0.01460.0156-0.0081-0.0209-0.01430.004400.2289-0.0004-0.02080.2425-0.00790.2458-13.516-0.802-6.427
20.26260.00020.00211.2756-0.41430.6842-0.0127-0.00980.0223-0.0429-0.0426-0.14630.05830.0391-00.25850.02120.03540.2638-0.00210.2397-9.196-21.728-39.748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 44:292 OR RESID 401:402 ) )A44 - 292
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 44:292 OR RESID 401:402 ) )A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 44:293 OR RESID 401:402 ) )B44 - 293
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 44:293 OR RESID 401:402 ) )B401 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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