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万見
- PDB-8vaj: Human Argonaute3 bound to cityRNA and target RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vaj
タイトルHuman Argonaute3 bound to cityRNA and target RNA
要素
  • Protein argonaute-3
  • RNA (5'-R(P*(SRA)P*AP*GP*CP*AP*CP*UP*UP*UP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*UP*UP*AP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Tiny RNA / Argonaute3 / cityRNA / RISC / gene silencing / RNA interference / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / regulation of stem cell proliferation / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / RISC complex / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / mRNA catabolic process / Transcriptional Regulation by VENTX / Regulation of MECP2 expression and activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RNA endonuclease activity / condensed nuclear chromosome / TP53 Regulates Metabolic Genes / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAPK6/MAPK4 signaling / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / positive regulation of gene expression / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-3 / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain ...Protein argonaute-3 / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Zhang, H. / Sim, G. / Adhav, V.A. / Nakanishi, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM138997 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Target cleavage and gene silencing by Argonautes with cityRNAs.
著者: Zhang, H. / Sim, G. / Kehling, A.C. / Adhav, V.A. / Savidge, A. / Pastore, B. / Tang, W. / Nakanishi, K.
履歴
登録2023年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-3
E: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*UP*UP*AP*G)-3')
F: RNA (5'-R(P*(SRA)P*AP*GP*CP*AP*CP*UP*UP*UP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1993
ポリマ－107,1993
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area40930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.142, 138.126, 143.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-3 / hAgo3 / Argonaute RISC catalytic component 3 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 3 / eIF2C 3


分子量: 97645.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGO3, EIF2C3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H9G7
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*UP*UP*AP*G)-3')


分子量: 4472.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*(SRA)P*AP*GP*CP*AP*CP*UP*UP*UP*AP*AP*A)-3')


分子量: 5081.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.14 M sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.8, and 18% (w/v) PEG 3350 supplemented with 4% (v/v) 1,3-Propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→48.23 Å / Num. obs: 17731 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 107.03 Å2 / Rrim(I) all: 0.239 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.45→3.573 Å / Num. unique obs: 1724 / Rrim(I) all: 1.527

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.45→48.23 Å / SU ML: 0.4351 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.7428
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 1804 10.21 %
Rwork0.206 15857 -
obs0.2109 17661 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 137.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→48.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6617 485 0 25 7127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00367313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.688410011
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04391134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00581205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.69532867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.540.42771080.37431199X-RAY DIFFRACTION99.47
3.54-3.640.38771440.31961203X-RAY DIFFRACTION99.63
3.64-3.760.33511420.29351187X-RAY DIFFRACTION99.63
3.76-3.90.28281500.24361171X-RAY DIFFRACTION99.1
3.9-4.050.30791220.22861231X-RAY DIFFRACTION99.56
4.05-4.240.25771370.20191192X-RAY DIFFRACTION99.25
4.24-4.460.23091340.19041194X-RAY DIFFRACTION98.66
4.46-4.740.24811310.18221230X-RAY DIFFRACTION99.85
4.74-5.10.23671620.18171213X-RAY DIFFRACTION100
5.1-5.620.23811290.17641221X-RAY DIFFRACTION99.93
5.62-6.430.29161360.2131253X-RAY DIFFRACTION100
6.43-8.090.22561460.20231251X-RAY DIFFRACTION99.57
8.09-48.230.20741630.17061312X-RAY DIFFRACTION99.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.355009956312-0.06197956174970.06197326144292.06401857604-0.2491986646811.14791634610.0899579994479-0.0469444704530.2232101102620.09274388853150.07627548199180.150738805586-1.156572941340.07975644139393.80379228558E-51.7148407916-0.118539765215-0.02303863677450.933799194489-0.03449003452841.03498810457-29.401-18.1318.466
20.397400116806-0.443800797407-0.4066263369330.9545241001031.676329192382.29805260032-0.151503941978-0.0390907550565-0.01282592420320.07136269381190.04976720066040.2185290026470.25255967466-0.0650946636962-9.08705197046E-51.18278550225-0.137556890243-0.05566065053120.8508457313940.03154602076840.943998522883-36.526-27.17833.833
31.548473611460.1081751964730.05161910905361.483193603330.2216702569331.117201657080.0263527405636-0.1781765482580.02646927873580.674401400446-0.0220139324933-0.440791945902-0.006494537906310.6088309338091.7205802503E-51.13523575057-0.11883308054-0.3325673859041.249289224860.08222768141831.14999616688-4.249-52.47921.85
42.193879283480.336850037560.3746860607031.43099434145-0.3154849919780.1295394791680.017898508481-0.2168330929040.3122477846930.788991177342-0.323101805914-0.308646275612-0.25831777780.245460015038-6.66583169868E-51.26723337115-0.248623047463-0.2530271950511.094156015340.1277926324751.03146414457-10.954-45.06916.407
50.9177827079990.280719020081-0.250503541120.1513237229170.0635169115950.2952963203770.12339376653-0.2267452484041.244564843930.99439859683-0.682488539932-0.873882932301-1.569415076680.0671590493841-0.001339702556342.12637365807-0.123330523329-0.2949662782061.31095790290.007491496097221.26407502277-21.457-43.98925.534
60.01402198159090.005085660449160.009561708128420.005081484494680.009851708544330.03637068214430.0342235436313-0.571892075081-0.1533962852580.0653487069188-0.334949697062-0.823165707906-0.5063633515910.222211921623-0.0007683928112211.398848832780.296585745637-0.07688393914461.34001585994-0.07841948533481.32423998217-24.93-68.48423.656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 13:196 )A13 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 197:421 )A197 - 421
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 422:723 )A422 - 723
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 724:861 )A724 - 861
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 1:14 )E1 - 14
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 12:16 )F12 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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