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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vag | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MnII/MnII CtCADD from Chlamydia trachomatis | ||||||
要素 | 4-aminobenzoate synthase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / MnII reconstituted form | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With oxygen as acceptor / small molecule metabolic process / sulfur compound metabolic process / toxin activity / host cell cytoplasm / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX (トラコーマクラミジア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å | ||||||
データ登録者 | Phan, H.N. / Swartz, P.D. / Makris, T.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024 タイトル: Assembly of a Heterobimetallic Fe/Mn Cofactor in the para -Aminobenzoate Synthase Chlamydia Protein Associating with Death Domains (CADD) Initiates Long-Range Radical Hole-Hopping. 著者: Phan, H.N. / Swartz, P.D. / Gangopadhyay, M. / Guo, Y. / Smirnov, A.I. / Makris, T.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vag.cif.gz | 119.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vag.ent.gz | 74.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vag.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vag_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vag_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8vag_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vag_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8vag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8vag | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8va9C 8vabC 8vaiC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27769.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX (トラコーマクラミジア) 遺伝子: CT_610 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O84616 #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 % / 解説: Hexagonal plates |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.2M Lithium citrate tribasic tetrahydrate, 20% w/v PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月31日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.61→17.14 Å / Num. obs: 17762 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 46.83 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.0484 / Rrim(I) all: 0.1464 / Net I/σ(I): 11.96 |
反射 シェル | 解像度: 2.61→2.703 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.8696 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique obs: 1761 / CC1/2: 0.792 / CC star: 0.94 / Rpim(I) all: 0.306 / Rrim(I) all: 0.9226 / % possible all: 99.89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→17.14 Å / SU ML: 0.4591 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.0141 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.61→17.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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