PDB-8va3: Crystal structure of CapGH3b enzyme retrieved from capybara gut m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8va3

タイトル

Crystal structure of CapGH3b enzyme retrieved from capybara gut metagenome

要素

Glycoside hydrolase family 3

キーワード

HYDROLASE / metagenome

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Martins, M.P. / Morais, M.A.B. / Chinaglia, M. / Mandelli, F. / Lima, E.A. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: NPJ Biofilms Microbiomes / 年: 2024
タイトル: A functionally augmented carbohydrate utilization locus from herbivore gut microbiota fueled by dietary beta-glucans.
著者: Mandelli, F. / Martins, M.P. / Chinaglia, M. / Lima, E.A. / Morais, M.A.B. / Lima, T.B. / Cabral, L. / Pirolla, R.A.S. / Fuzita, F.J. / Paixao, D.A.A. / Andrade, M.O. / Wolf, L.D. / Vieira, P. ...

履歴

登録	2023年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8va3.cif.gz	615 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8va3.ent.gz	506.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8va3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8va3_validation.pdf.gz	494.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8va3_full_validation.pdf.gz	505.2 KB	表示
XML形式データ	8va3_validation.xml.gz	76.6 KB	表示
CIF形式データ	8va3_validation.cif.gz	108.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8va3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8va3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8va4C 8va7C 5jp0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 3

B: Glycoside hydrolase family 3

ヘテロ分子

176 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.055, 105.352, 190.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family 3 分子量: 86489.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 8種, 1388分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 6.5, PEG6000 (8% v/v), Glycerol (10% v/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97932 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.6 Å / Num. obs: 169561 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 13876 / CC_1/2: 0.604

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1 4487:000	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JP0

5jp0

解像度: 1.8→47.07 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1872	8479	5 %
R_work	0.155	-	-
obs	0.1566	169558	96.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11838	0	211	1354	13403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.242	4543
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1815
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	2185

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3462	208	0.3067	3956	X-RAY DIFFRACTION	72
1.82-1.84	0.3117	229	0.2842	4342	X-RAY DIFFRACTION	79
1.84-1.86	0.2817	251	0.256	4774	X-RAY DIFFRACTION	87
1.86-1.88	0.2711	279	0.2383	5306	X-RAY DIFFRACTION	96
1.88-1.91	0.2668	284	0.2208	5380	X-RAY DIFFRACTION	98
1.91-1.94	0.2468	285	0.2069	5414	X-RAY DIFFRACTION	98
1.94-1.96	0.2263	285	0.1891	5434	X-RAY DIFFRACTION	98
1.96-1.99	0.2219	287	0.1804	5435	X-RAY DIFFRACTION	98
1.99-2.02	0.2228	285	0.1775	5427	X-RAY DIFFRACTION	98
2.02-2.06	0.2152	285	0.1718	5420	X-RAY DIFFRACTION	98
2.06-2.09	0.2271	287	0.1648	5450	X-RAY DIFFRACTION	98
2.09-2.13	0.1865	286	0.1644	5421	X-RAY DIFFRACTION	98
2.13-2.17	0.2209	273	0.1646	5199	X-RAY DIFFRACTION	94
2.17-2.22	0.1972	289	0.1569	5484	X-RAY DIFFRACTION	99
2.22-2.26	0.1873	287	0.151	5447	X-RAY DIFFRACTION	99
2.26-2.32	0.2109	289	0.148	5488	X-RAY DIFFRACTION	99
2.32-2.37	0.1838	287	0.1449	5467	X-RAY DIFFRACTION	99
2.37-2.44	0.1881	290	0.1429	5505	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.51	0.1848	290	0.1412	5506	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.59	0.1879	289	0.1429	5497	X-RAY DIFFRACTION	99
2.59-2.68	0.1923	281	0.1453	5340	X-RAY DIFFRACTION	95
2.68-2.79	0.1878	291	0.1421	5523	X-RAY DIFFRACTION	99
2.79-2.92	0.1734	291	0.1457	5528	X-RAY DIFFRACTION	99
2.92-3.07	0.168	293	0.1442	5575	X-RAY DIFFRACTION	99
3.07-3.27	0.1701	293	0.1442	5571	X-RAY DIFFRACTION	99
3.27-3.52	0.1795	287	0.1459	5445	X-RAY DIFFRACTION	97
3.52-3.87	0.174	296	0.1383	5623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.43	0.1446	297	0.1288	5650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-5.58	0.1576	296	0.1431	5617	X-RAY DIFFRACTION	98
5.58-47.07	0.191	309	0.1741	5855	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3118	-0.2337	-0.0166	2.3063	-0.4077	2.2856	0.0006	0.1998	0.0846	-0.2647	0.0106	0.3349	-0.1473	-0.093	-0.0204	0.2311	0.0175	-0.0124	0.2236	0.013	0.1245	30.7094	63.3721	75.9771
2	0.2846	0.0422	-0.0054	0.5296	-0.0175	0.3271	-0.0011	0.069	-0.0261	-0.0474	-0.0024	0.0027	-0.0544	0.0057	0.0037	0.1651	0.0004	-0.0001	0.2143	-0.0193	0.1825	35.4914	47.4132	93.7479
3	0.549	0.1286	0.144	1.4765	0.6171	0.4391	0.0043	-0.0435	-0.0278	0.0481	0.0435	-0.1464	0.0059	0.0511	-0.0541	0.1283	-0.0011	-0.0095	0.158	-0.0087	0.1598	57.1889	44.402	109.0201
4	2.0114	0.7003	-0.2736	1.7315	0.1417	0.9888	0.0297	-0.25	-0.1763	0.2167	-0.0653	-0.2514	-0.0218	0.1531	0.0378	0.2616	0.0079	-0.0588	0.2432	-0.018	0.1602	51.4053	63.6236	152.3529
5	0.5326	0.0013	-0.015	0.4325	0.0409	0.4406	-0.0056	-0.0578	-0.0058	0.1053	0.0182	0.0335	-0.0146	-0.0341	-0.0125	0.1949	0.0147	0.0065	0.1622	0.0001	0.1493	31.9177	56.9702	138.4022
6	0.8616	0.3347	-0.467	0.9458	-0.5002	0.4193	-0.0119	0.2519	0.0669	-0.1388	0.0436	0.0413	-0.043	-0.1615	-0.035	0.2182	0.0126	-0.031	0.2532	0.0042	0.2015	17.1596	60.9041	118.0789
7	3.0441	0.4374	-1.4901	0.6896	-0.5285	1.5387	0.0181	0.0047	0.1589	0.0421	0.0161	0.0914	-0.1569	-0.1222	-0.0629	0.2525	0.0443	-0.0096	0.1717	-0.0068	0.1918	19.3238	77.9128	122.805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 130 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 131 through 612 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 613 through 780 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 20 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 131 through 612 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 613 through 664 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 665 through 780 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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