[日本語] English
万見
- PDB-8v9q: Crystal structure of mGalNAc-T1 in complex with the mucin glycope... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v9q
タイトルCrystal structure of mGalNAc-T1 in complex with the mucin glycopeptide Muc5AC-13, Mn2+, and UDP.
要素
  • Mucin-5AC
  • Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 1 soluble form
キーワードTRANSFERASE / GT-A fold catalytic domain / Lectin domain / Golgi membrane / Mucin-type O-glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation via threonine / mucus layer / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 ...O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation via threonine / mucus layer / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / extracellular matrix structural constituent / Golgi cisterna membrane / Dectin-2 family / extracellular matrix / Golgi lumen / manganese ion binding / carbohydrate binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
N-acetylgalactosaminyltransferase / WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. ...N-acetylgalactosaminyltransferase / WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / : / SUCCINIC ACID / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 1 / Mucin-5AC
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Samara, N.L. / Collette, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)1-ZIA-DE000754-03 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: An unusual dual sugar-binding lectin domain controls the substrate specificity of a mucin-type O-glycosyltransferase.
著者: Collette, A.M. / Hassan, S.A. / Schmidt, S.I. / Lara, A.J. / Yang, W. / Samara, N.L.
履歴
登録2023年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 1 soluble form
D: Mucin-5AC
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 1 soluble form
F: Mucin-5AC
H: Mucin-5AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,15924
ポリマ－133,1875
非ポリマー3,97219
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.635, 72.761, 148.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 57 through 61 or resid 64...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 57 through 66 or resid 74...
d_1ens_2(chain "D" and (resid 2 through 9 or resid 11 through 16))
d_2ens_2(chain "F" and resid 2 through 16)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYGLYMETMETAA57 - 6157 - 61
d_12ens_1PROPROVALVALAA64 - 6664 - 66
d_13ens_1LYSLYSGLNGLNAA74 - 8374 - 83
d_14ens_1ALAALASERSERAA88 - 8988 - 89
d_15ens_1METMETILEILEAA91 - 12291 - 122
d_16ens_1HISHISASNASNAA125 - 126125 - 126
d_17ens_1ARGARGVALVALAA134 - 152134 - 152
d_18ens_1ASPASPLYSLYSAA156 - 164156 - 164
d_19ens_1PROPROPROPROAA166166
d_110ens_1SERSERLYSLYSAA169 - 172169 - 172
d_111ens_1LEULEULEULEUAA174174
d_112ens_1VALVALVALVALAA176 - 178176 - 178
d_113ens_1VALVALARGARGAA180 - 182180 - 182
d_114ens_1GLNGLNLEULEUAA185 - 194185 - 194
d_115ens_1SERSERVALVALAA200 - 204200 - 204
d_116ens_1THRTHRGLUGLUAA206 - 213206 - 213
d_117ens_1THRTHRTHRTHRAA215215
d_118ens_1GLYGLYILEILEAA217 - 226217 - 226
d_119ens_1HISHISVALVALAA228 - 233228 - 233
d_120ens_1CYSCYSGLYGLYAA235 - 257235 - 257
d_121ens_1PHEPHETRPTRPAA259 - 261259 - 261
d_122ens_1LEULEUALAALAAA263 - 292263 - 292
d_123ens_1LEULEUARGARGAA295 - 347295 - 347
d_124ens_1ALAALAPROPROAA349 - 351349 - 351
d_125ens_1ILEILESERSERAA361 - 385361 - 385
d_126ens_1VALVALTHRTHRAA388 - 389388 - 389
d_127ens_1VALVALARGARGAA391 - 403391 - 403
d_128ens_1LEULEUALAALAAA406 - 447406 - 447
d_129ens_1LYSLYSILEILEAA449 - 456449 - 456
d_130ens_1ASNASNGLYGLYAA458 - 463458 - 463
d_131ens_1ASNASNASNASNAA465 - 489465 - 489
d_132ens_1PROPROLEULEUAA491 - 495491 - 495
d_133ens_1CYSCYSLEULEUAA497 - 500497 - 500
d_134ens_1ASNASNGLUGLUAA503 - 507503 - 507
d_135ens_1ASPASPALAALAAA509 - 527509 - 527
d_136ens_1GLNGLNLEULEUAA533 - 555533 - 555
d_21ens_1GLYGLYVALVALBC57 - 6657 - 66
d_22ens_1LYSLYSSERSERBC74 - 8974 - 89
d_23ens_1METMETILEILEBC91 - 12291 - 122
d_24ens_1HISHISASNASNBC125 - 126125 - 126
d_25ens_1ARGARGLYSLYSBC134 - 164134 - 164
d_26ens_1PROPROLYSLYSBC166 - 172166 - 172
d_27ens_1LEULEULEULEUBC174174
d_28ens_1VALVALARGARGBC176 - 182176 - 182
d_29ens_1GLNGLNTHRTHRBC185 - 215185 - 215
d_210ens_1GLYGLYILEILEBC217 - 226217 - 226
d_211ens_1HISHISTRPTRPBC228 - 261228 - 261
d_212ens_1LEULEUARGARGBC263 - 347263 - 347
d_213ens_1ALAALAPROPROBC349 - 351349 - 351
d_214ens_1ILEILETHRTHRBC361 - 389361 - 389
d_215ens_1VALVALARGARGBC391 - 403391 - 403
d_216ens_1LEULEUILEILEBC406 - 456406 - 456
d_217ens_1ASNASNLEULEUBC458 - 495458 - 495
d_218ens_1CYSCYSLEULEUBC497 - 500497 - 500
d_219ens_1ASNASNLEULEUBC503 - 555503 - 555
d_11ens_2THRTHRTHRTHRDB2 - 92 - 9
d_12ens_2SERSERPROPRODB11 - 1611 - 16
d_21ens_2THRTHRPROPROFD2 - 162 - 16

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.649065810825, 0.0768461421337, 0.756840963253), (0.0638519504132, -0.996877370214, 0.0464589838828), (0.758047822796, 0.0181708336123, -0.651945794648)-22.02229323, -23.7389064275, 53.4939415381
2given(0.644637248831, 0.0833229906839, 0.759934271265), (0.053531804031, -0.996522476943, 0.0638537305422), (0.76261206611, -0.000481840698532, -0.646855937944)-22.2891438545, -24.8655013455, 53.4319112414

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ABDFH

#1: タンパク質 Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 1 soluble form


分子量: 64340.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Galnt1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168 / 参照: UniProt: O08912
#2: タンパク質・ペプチド Mucin-5AC / MUC-5AC / Gastric mucin / Major airway glycoprotein / Mucin-5 subtype AC / tracheobronchial / ...MUC-5AC / Gastric mucin / Major airway glycoprotein / Mucin-5 subtype AC / tracheobronchial / Tracheobronchial mucin / TBM


分子量: 1501.591 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide is a repeat from the human mucin Muc5AC
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P98088

-
糖 , 4種, 7分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 149分子

#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 3350 and 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2023年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→30 Å / Num. obs: 55051 / % possible obs: 96.56 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 40.29 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.29→2.34 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 86 / CC1/2: 0.41 / Rpim(I) all: 0.545 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→29.9 Å / SU ML: 0.3514 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.1322
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 2757 5.01 %
Rwork0.2479 52265 -
obs0.2494 55022 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7922 0 251 137 8310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00298318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.698511215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04681266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.75533140
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.02765662468
ens_2d_2BDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.65346910283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.330.29311090.3111909X-RAY DIFFRACTION72.41
2.33-2.380.34891370.30672494X-RAY DIFFRACTION92.45
2.38-2.420.35611320.31722625X-RAY DIFFRACTION96.74
2.42-2.470.40811490.31992600X-RAY DIFFRACTION97.21
2.47-2.520.30231710.28852587X-RAY DIFFRACTION98.22
2.52-2.580.29511140.27912673X-RAY DIFFRACTION98.38
2.58-2.650.2821390.26262630X-RAY DIFFRACTION98.54
2.65-2.720.35421510.26762649X-RAY DIFFRACTION97.46
2.72-2.80.31811230.26732591X-RAY DIFFRACTION96
2.8-2.890.3211560.27542663X-RAY DIFFRACTION99.89
2.89-2.990.31891340.27712722X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.110.33051480.26472692X-RAY DIFFRACTION99.68
3.11-3.250.31811380.25482678X-RAY DIFFRACTION99.4
3.25-3.420.24331330.24672673X-RAY DIFFRACTION98.87
3.42-3.640.26111450.24322648X-RAY DIFFRACTION97.69
3.64-3.920.25891290.22372655X-RAY DIFFRACTION97.27
3.92-4.310.2141330.21442617X-RAY DIFFRACTION96.29
4.31-4.930.25881400.21472687X-RAY DIFFRACTION98.6
4.93-6.210.28081410.23942729X-RAY DIFFRACTION99.62
6.21-29.90.22891350.23882743X-RAY DIFFRACTION97.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02615533957-1.19240675943-1.125151953062.840760409721.869976993351.919456347080.8035368676130.1367519205430.1803433981230.122176050705-0.166418522922-0.4381563905630.118560922803-0.385543182553-0.4261410946992.011331328570.01999662049040.2843189881280.7406018730340.04598514304320.70641456002317.7979812797-50.350454030627.1824091927
24.3357894335-0.0420075805484-2.852552647923.41962252735-1.59292268442.645332700080.3978165287020.015416967501-0.1130281040631.11445407473-0.172728381696-0.321855525819-0.2864110805250.219298965875-0.380314911381.57764452931-0.02835008149720.3285608493150.778965390459-0.0009630421724890.38085645457730.4918617403-28.404733772810.1062234328
33.406442646811.72545712406-3.537473416567.78295445054-4.302989322819.233894331220.4150119403482.131301917010.763187211024-3.84068305166-0.970464692863-1.747651034871.373102359751.649799655140.4556374715811.19172457120.3154596202560.1960125154651.098958752310.1941343441050.74847620665621.212951906520.505624892855.6928120805
45.940135276891.55320264671-2.872718583646.51910218822-1.289065510282.375507449720.15004778088-0.9600972492460.7845318416820.558898212942-0.188948368970.178500426561-0.4739979793610.163593235460.02887015324970.3370879698270.029872602157-0.1635047632820.352503919097-0.0942923187320.36892275805313.57262588372.4652355214391.4665029234
51.854699929810.1958154744110.200417494781.39271288928-0.29414402241.598477714780.0641502638119-0.114921294521-0.221197450252-0.00126054193111-0.0229213081531-0.1594810314580.245818556523-0.114801126396-0.04808476397830.1844610039670.0121434923371-0.07527938661020.2134348318340.01015460089430.51396770762511.2661734248-15.318418304279.6673804292
60.8854454595890.1122181298411.379600289022.49908141804-2.312285191314.63665970520.06710070165820.2030262448280.0137897880603-0.145456263084-0.108277226213-0.6270032545710.08065073557720.3852523966740.134230639920.2495121454720.05497308170470.003030801600680.262266657417-0.03789022446090.65747664821521.3536078972-18.523848713270.1678640531
70.80510601543-0.57156247968-0.1989389670451.63950584316-0.9763941291573.10007937746-0.03409150616580.0789645267994-0.0576979487347-0.3465591375140.071930271431-0.04751760999730.197623742365-0.0528630895108-0.01116531071190.171683156349-0.0330229696376-0.09031749688980.200614039442-0.04403637630780.44942893727.85342491776-6.6614823676561.9071544751
81.55398096779-1.43235774199-0.6868499296454.56380949352-0.4311063764411.606063105410.03833930070070.07354077023060.046738418416-0.5827045703490.0813181385523-0.09285893810150.08028072572730.00023573446985-0.1201893863590.237409554992-0.0409385816549-0.08708721551210.276659219753-0.03489320772610.4351309704876.7478980694810.875523108549.3696215478
94.045357798390.554890275061-2.063413069033.40156180667-0.9216017930836.31816096601-0.001738661033870.2704802401750.273892800502-0.218008858573-0.04410519270890.0289635397466-0.57142445289-0.3296789703460.02608453046060.2546139331660.020181563677-0.1370942963070.225117473140.008547810698080.437821544782-0.58600429566726.340660587950.1416845309
101.791868018740.3860896167532.711365353253.554844099562.338794370844.99008444508-0.3375792119010.442616733097-0.105022275771-0.3986287879120.364147927565-0.374035226199-0.3047098598410.4057788618360.04501934732260.279960076968-0.10060605364-0.06472410365090.261657634041-0.09506600508540.56463997591211.39224830761.7786086437168.9924695793
115.20656780252-5.92459448029-2.614072935247.06934978022.386100508962.3653552899-0.0460299507152-0.163820019790.455051758104-0.04409090179860.3747471925840.482704767594-0.212831457262-0.965209928693-0.3206538454490.1868067751310.0586641519566-0.04826738246950.736170698950.009824346083590.6661119050360.4030480666248.2980513611971.1821233729
127.22222358058-1.41894547612-0.04295047660698.986297461621.762285303243.54021580147-0.574483899198-0.296295302516-0.7847787030830.847187586190.0901959280016-0.2109017847540.06293896792510.607769508398-0.1190380109770.2332411964740.124194120698-0.1176498519980.6164672999780.0622207187420.543900099989-10.51429981116.006356788163.1215179329
133.46617539395-0.811853960702-0.6796664238032.41691405350.5765944181061.397125054290.3860146121850.4096223902410.338058407306-0.6704449304440.0983925424576-0.598292138445-0.7772671675750.501300283383-0.365550920591.38116753015-0.1146055018390.1907430144680.937284246629-0.003520661438480.80656225217144.5303721511-10.49251855365.53171341262
141.546636724710.79656537960.1589372744162.823287455330.2964341563051.42466464277-0.200585366816-0.3475911720420.119872459604-0.2680097161170.268061778471-0.2108583871570.02919486510310.412785993505-0.1093377149981.863535699730.09473195907340.3402475740140.887099375871-0.01932962640250.62292366554133.9353174767-7.868861896813.5172839148
150.6364987431110.6442300231050.5836401664570.6994562057920.2244776794943.996312823060.0375832665763-0.5471937517440.334446617252-0.7690389336990.238381934199-0.566430074033-0.7362821894260.727438273719-0.2496230339121.536617278330.1238676254440.2938760372771.00104513127-0.06186385568480.73389071546131.2339859233-13.495882562921.9286159334
161.62710599171.571530278291.327590872273.767438546272.191747086711.457544638190.0369767856284-0.4633126104210.1649428846770.310743707481-0.5591718366630.3249702066691.26107059588-0.3545702483020.396675571711.72299942902-0.0144977727710.462763107540.859204560031-0.03879882043170.74995346460620.2387891062-19.446774875330.7639141593
172.00523873329-0.609792694511-0.2020759360593.86967118214-0.2943648316850.05319870278750.219412656053-0.4987066012610.04555564995111.039777525290.105265529583-0.7211892007450.9259045800070.507500006324-0.1185276243432.132759529170.1434467023330.08238367865670.8874855328610.002508590762350.69778341201827.1149622066-45.131666703528.4692767097
181.98920492450.173967194409-0.03271963972191.694863001990.5965891968480.2113847302020.312774555590.3304365612270.3515541102460.451068953428-0.1431415661410.3792534716160.635560217242-0.432368815899-0.2534807786062.392538309070.07953737478410.4829656092390.8487615033430.02065514773960.70132520893617.1928242943-42.441833818918.0274674026
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 526 through 555 )BD526 - 555425 - 449
22chain 'F' and (resid 1 through 15 )FE1 - 151 - 14
33chain 'H' and (resid 10 through 16 )HG10 - 161 - 7
44chain 'A' and (resid 56 through 80 )AA56 - 801 - 25
55chain 'A' and (resid 81 through 173 )AA81 - 17326 - 118
66chain 'A' and (resid 174 through 198 )AA174 - 198119 - 143
77chain 'A' and (resid 199 through 396 )AA199 - 396144 - 341
88chain 'A' and (resid 397 through 480 )AA397 - 480342 - 425
99chain 'A' and (resid 481 through 555 )AA481 - 555426 - 500
1010chain 'D' and (resid 1 through 5 )DB1 - 51 - 5
1111chain 'D' and (resid 6 through 10 )DB6 - 106 - 10
1212chain 'D' and (resid 11 through 16 )DB11 - 1611 - 16
1313chain 'B' and (resid 57 through 140 )BD57 - 1401 - 71
1414chain 'B' and (resid 141 through 305 )BD141 - 30572 - 218
1515chain 'B' and (resid 306 through 363 )BD306 - 363219 - 269
1616chain 'B' and (resid 364 through 432 )BD364 - 432270 - 336
1717chain 'B' and (resid 433 through 467 )BD433 - 467337 - 369
1818chain 'B' and (resid 468 through 525 )BD468 - 525370 - 424

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る