PDB-8v90: TtgR variant 3A7 with naltrexone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v90

タイトル

TtgR variant 3A7 with naltrexone

要素

HTH-type transcriptional regulator TtgR

キーワード

TRANSCRIPTION / regulatory / TetR like

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida DOT-T1E (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Acheson, J.F. / Lee, D. / Ramen, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: TtgR variant 3A7 with naltrexone
著者: Acheson, J.F. / Lee, D. / Ramen, S.

履歴

登録	2023年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v90.cif.gz	599.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v90.ent.gz	418.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v90	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator TtgR

B: HTH-type transcriptional regulator TtgR

C: HTH-type transcriptional regulator TtgR

D: HTH-type transcriptional regulator TtgR

ヘテロ分子

98.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: HTH-type transcriptional regulator TtgR

B: HTH-type transcriptional regulator TtgR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: HTH-type transcriptional regulator TtgR

D: HTH-type transcriptional regulator TtgR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.100, 43.169, 115.826
Angle α, β, γ (deg.)	99.070, 97.020, 95.970
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator TtgR 分子量: 24118.732 Da / 分子数: 4 / 変異: A75L, L94W, N111M, H115F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida DOT-T1E (バクテリア) 遺伝子: ttgR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AIU0
#2: 化合物	ChemComp-YOE / nalterxone 分子量: 341.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.5 18- 20% MEPEG 2000, 200 mM MgSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→27.6 Å / Num. obs: 44735 / % possible obs: 91.56 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 38.14 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 9.34
反射シェル	解像度: 2.08→2.154 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 4030 / CC_1/2: 0.894 / % possible all: 81.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→27.6 Å / SU ML: 0.2328 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.9046
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2492	1799	4.03 %
R_work	0.2012	42878	-
obs	0.2031	44677	91.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→27.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6619	0	154	212	6985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	6928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8159	9421
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0323	1060
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	1198
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7525	1012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.14	0.2961	119	0.2531	2865	X-RAY DIFFRACTION	78.32
2.14-2.2	0.3286	131	0.2534	3250	X-RAY DIFFRACTION	91.18
2.2-2.27	0.3041	149	0.2451	3415	X-RAY DIFFRACTION	93.99
2.27-2.35	0.2785	146	0.2328	3278	X-RAY DIFFRACTION	92.82
2.35-2.45	0.2971	138	0.2336	3363	X-RAY DIFFRACTION	93.36
2.45-2.56	0.2778	142	0.2236	3344	X-RAY DIFFRACTION	91.69
2.56-2.69	0.3096	135	0.2245	3132	X-RAY DIFFRACTION	87.12
2.69-2.86	0.2514	138	0.2224	3419	X-RAY DIFFRACTION	95.03
2.86-3.08	0.2327	147	0.2414	3414	X-RAY DIFFRACTION	94.91
3.08-3.39	0.2728	143	0.2264	3364	X-RAY DIFFRACTION	94.05
3.39-3.88	0.2624	127	0.1877	3224	X-RAY DIFFRACTION	89.07
3.88-4.88	0.2069	145	0.164	3441	X-RAY DIFFRACTION	95.88
4.88-27.6	0.2129	139	0.1721	3369	X-RAY DIFFRACTION	93.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.21995117797	1.46097578009	-1.18437596376	8.40762894114	-1.5521835665	6.06931360321	0.0266943800101	-0.317396650737	0.0912845524649	0.251965294448	-0.0724108286986	0.270474241421	0.165725821434	-0.376515435134	0.0542080913511	0.255998000645	0.000826259165655	-0.0252042945237	0.409803783473	-0.0330666077296	0.230136782189	-12.2227722239	-11.3621869672	-11.5893299967
2	4.57456341163	-4.53425051655	-5.09820386086	8.31019770961	6.28393662256	9.78164240582	-0.358506831721	0.21256237143	-0.822935887149	0.0831961899928	-0.101088739221	0.635640109603	0.639053557437	-0.146693524559	0.519469485412	0.323866717802	-0.0639463201811	-0.0433227425195	0.553127730371	-0.0412009665065	0.361370435496	-12.6216263063	-9.49664676122	-39.9795762493
3	1.81604540653	-0.169263954726	0.396414904834	1.7877003898	0.584703056442	4.69165721468	-0.0289326620008	0.192357412866	0.000269704750471	-0.257455549223	0.0283173788052	0.0856440329533	-0.0611918923726	-0.0123197339997	0.028635224109	0.285921205184	-0.0857603681195	-0.0196648278137	0.380367700507	-0.00196513969305	0.285010125054	-1.8963340401	-4.94381222262	-35.5288774373
4	6.3663212409	5.00807206258	3.0468090799	9.17727260604	2.65093116364	5.12339488672	0.0848769029627	-0.134159534299	-0.40501538661	0.302691053749	-0.0434682638409	-0.617345967403	0.138379061278	0.283598649787	-0.0192030171962	0.282790024528	0.0257216469546	-0.0368843060998	0.442281960698	-0.0667382837718	0.24384541363	19.4442038063	4.5977253221	-9.41698296865
5	3.2588252992	0.142170079412	1.53926025161	1.9797121544	-1.37194499985	3.50996680359	-0.309702284842	0.422559473182	0.505893388432	-0.450619067903	0.375959523982	-0.172045652651	-0.253922826501	0.279615990648	0.0209933004105	0.429467814386	-0.10665808538	0.00151221106234	0.423679324437	-0.0632838900726	0.39996888688	16.3064868021	11.8166538639	-17.9816448135
6	2.00368186017	0.350608600312	-0.442384858682	1.97023371662	0.261470236228	2.91579202414	-0.055770136958	0.177969632691	0.268789179421	-0.24542709516	0.104345408175	-0.0510641049848	-0.330197719785	0.150021591738	-0.0538011716618	0.296920138075	-0.0771108437964	-0.0135099630643	0.344876194518	0.00252812865741	0.28435531743	8.87747899612	5.97596903383	-35.6795593858
7	8.15330222283	1.98225072101	-2.48115769591	7.69474947045	-1.91130713485	5.22263916861	-0.0678150230019	0.315755467872	0.282636541974	-0.518784236384	0.0595664369989	-0.0945909865927	-0.17515693034	0.208303143488	-0.0852721116478	0.429723852437	-0.00246433757753	-0.0311435757836	0.269910813201	0.0367796986598	0.234740299436	8.58673254509	13.1314712557	9.78476191145
8	0.852295672563	-0.224836879983	1.01483069847	0.256639940311	-0.823928338829	9.41934180259	-0.0834787007226	-0.198297235206	0.0809959067498	0.302396614106	-0.00613590141984	-0.312953234491	-0.140765879403	0.633613248858	0.121045609061	0.550111276072	-0.0487051014262	-0.0443865217187	0.360046873182	-0.0222572801511	0.327676720859	7.91019411508	11.2531454291	35.1500770089
9	5.86128189211	-3.33966970782	-1.61220931213	3.68701029613	4.49135610097	7.98614191952	0.0946681736057	0.106269774229	0.158957556922	-0.330404335585	0.205932970772	-0.499180140583	-0.390027721584	0.013996674853	-0.215871574981	0.360950436006	-0.0523442786494	-0.00639491954181	0.254837043238	0.0289304546154	0.254518269844	2.74313132956	3.04590539733	20.0417458251
10	2.56481086786	-0.680504802587	0.233126804516	3.41329926604	2.2222252096	5.64709530727	0.265310627778	-0.173356525036	0.0122734220242	0.355456652815	0.152275373977	-0.345417989555	-0.219196017338	0.446707723217	-0.329574036239	0.317325463793	-0.0632752925804	-0.0596593232347	0.287118475356	0.0263659026028	0.277009445805	12.7753739809	0.703780272976	39.457801398
11	5.87155842008	-1.61097333409	3.35831186074	3.75609469472	-0.532204583395	6.6048878372	0.161002150499	-0.370407243	-0.0188620990168	0.0917794086558	0.0237071724588	0.236184033013	0.0967872607067	-0.341202041047	-0.223601676632	0.361850629214	-0.0689964780537	-0.0133529760726	0.273069341164	0.0107729312613	0.274593390572	-1.95428161769	0.861224102649	40.4553534927
12	7.39991722264	3.17297035027	0.374591526473	8.43477838396	2.70085089395	4.30447511913	0.134720936795	0.0283483484728	-0.240856154907	-0.0717707633163	-0.0469806657365	0.112902704752	0.128798228619	-0.0973870972443	-0.0588758671945	0.39100142616	0.0189752819147	-0.0980912560156	0.272762286943	0.0138808520199	0.235461769461	-6.10578610991	-19.9994189824	9.63978946921
13	3.97408141472	-1.92927377762	-5.70976196086	2.87683684034	1.78137898091	9.30078851009	-0.0837881712577	0.417034834009	-0.984646146719	0.0671147058863	-0.0548839803352	0.743954360852	0.554656701147	-0.96301106324	0.143088806462	0.520301668534	-0.0697146309604	-0.085936744983	0.42414728964	0.0480747972874	0.668034334023	-9.94039725727	-19.7834784299	38.4240189104
14	2.4652168506	-0.114111815337	-0.149966407314	1.49724925462	-0.108975858116	2.62545587763	0.0485855806177	-0.250058557416	-0.229672262962	0.0144322030757	-0.0096990703185	0.215578825797	0.0964483228984	-0.251268065633	-0.0340456937306	0.419753082902	-0.067603447848	-0.0528283599231	0.325333479793	0.0382003231993	0.357295116117	-5.61169322606	-8.70674865283	34.7377525487

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 66 )	A	A	5 - 66	1 - 62
2	2	chain 'A' and (resid 67 through 102 )	A	A	67 - 102	63 - 98
3	3	chain 'A' and (resid 103 through 210 )	A	A	103 - 210	99 - 206
4	4	chain 'B' and (resid 4 through 41 )	B	D	4 - 41	1 - 38
5	5	chain 'B' and (resid 42 through 78 )	B	D	42 - 78	39 - 75
6	6	chain 'B' and (resid 79 through 210 )	B	D	79 - 210	76 - 207
7	7	chain 'C' and (resid 5 through 54 )	C	G	5 - 54	1 - 50
8	8	chain 'C' and (resid 55 through 102 )	C	G	55 - 102	51 - 98
9	9	chain 'C' and (resid 103 through 124 )	C	G	103 - 124	99 - 120
10	10	chain 'C' and (resid 125 through 159 )	C	G	125 - 159	121 - 155
11	11	chain 'C' and (resid 160 through 210 )	C	G	160 - 210	156 - 206
12	12	chain 'D' and (resid 3 through 66 )	D	H	3 - 66	1 - 64
13	13	chain 'D' and (resid 67 through 102 )	D	H	67 - 102	65 - 100
14	14	chain 'D' and (resid 103 through 210 )	D	H	103 - 210	101 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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